黄毛草莓（Fragarian nilgerrensis Schldl）EST-SSR引物开发及遗传多样性研究
发布时间：2020-12-19 06:01
黄毛草莓（Fragaria nilgerrensis Schltdl）隶属于蔷薇科（Rosaceae）草莓属（Fragaria L.）,是西南地区重要的野生草莓资源,是栽培草莓遗传改良的重要来源。本研究采集了中国西南地区16个居群169个个体的野生黄毛草莓资源,利用EST-SSR分子标记技术,从DNA水平上深入探讨其遗传结构和遗传多样性,为野生黄毛草莓资源的有效利用和保护提供重要的理论依据,同时为拓宽栽培草莓的遗传基础提供参考。主要研究结果如下:1.黄毛草莓EST-SSR引物开发。通过对总计序列长度为64777606 bp,共计82537条UniGene序列进行筛选,共检测出了 11722个SSR位点,分布在9785条UniGene中,平均每5526bp出现一个SSR位点。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸是黄毛草莓主要的SSR重复类型,分别占44.3%、32.3%和22.4%;四至六核苷酸占比均不足1%。A/T、AG/CT、AAG/CCT是黄毛草莓SSR的优势基序,分别占比43.6%、23.8%、7.8%。合成的125对引物中,有38对引物能扩增出清晰的条带,扩增效率为30.4%,其中有2...
【文章来源】：云南大学云南省 211工程院校
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
一不同生境条件下生长的黄毛草往
培草莓遗传背景的重要遗传资源［６１］。??ｍｍ??图１－２不同生境条件下生长的黄毛草莓??Ａ：昆明轿子雪山；Ｂ：西藏林芝：Ｃ：四川都江埋；Ｄ：大理剑川：Ｅ：香格里拉红山林场??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｆｒａｇａｒｉａ?ｎｉｌｇｅｒｒｅｎｓｉｓ?＾ｃｈｌｔｄｌ?ｇｒｏｗ?ｉｎ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｈａｂｉｔａｔ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ??正如课题组在野外调查中所见，黄毛草莓生境差异大，沿海拔梯度的表型分化??也较为明显，不同海拔居群叶片面积、浆果大小、茸毛多少、克隆繁殖强弱、株型??匍匐亦或是直立等性状不同，而这些表型差异和抗逆性密切相关（如图１－２）。此??夕卜，不同生境下由于光照温度不同，导致黄毛草莓浆果蜜桃香味在不同生境中的差??别也较大，比如川西地区黄毛草莓蜜桃味显著浓于滇西北地区可见生态地理??差异是影响西南地区黄毛草莓遗传多样性和种群分化的重要因素，那么黄毛草莓??群体遗传多样性及其分布格局如何？遗传多样性分布中心处于何处？这些信息将??１０??
检测到的ＳＳＲｓ数?１１７２２??含有ＳＳＲ的序列数?９７８５??含有超过一个ＳＳＲ位点的序列数?１５６９??含有二至六核苷酸序列数?６０７??黄毛草莓ＥＳＴ－ＳＳＲ基序重复类型有单核苷酸至六核苷酸重复，其中单核苷酸??类型最为丰富，占４４．３％，其次是二核苷酸和三核苷酸重复类型较多，分别占３２．３％??和２２．４％；四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸数量较少，占比均不足１％。不同ＥＳＴ－??ＳＳＲ基序数量和分布差别较大，单核苷酸数量最多且重复分布范围最广，重复数在??９－２４之间，但主要为９－１２次重复，其次为１３－１６次重复；二核苷酸数量仅次于单??核苷酸，重复数在５－１２之间，主要是为５－８次重复；三核苷酸数量次于二核苷酸，??主要为５－８次重复；四至六核苷酸均为５－８次重复，但数量均远远低于单核苷酸、??二核苷酸和三核苷酸。??５０％??
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国华北和东北地区杏种质资源遗传多样性分析[J]. 刘硕,刘宁,章秋平,张玉萍,张玉君,徐铭,马小雪,刘威生. 园艺学报. 2019(06)
[2]江西野生毛花猕猴桃群体SSR遗传多样性研究[J]. 钟敏,陶俊杰,黄春辉,黄清,邹梁峰,廖光联,陈璐,徐小彪. 核农学报. 2019(05)
[3]基于遗传多样性评估燕麦品种的农艺性状[J]. 王建丽,马利超,申忠宝,刘杰淋,朱瑞芬,韩微波,钟鹏,邸桂俐,韩贵清,郭长虹. 草业学报. 2019(02)
[4]94个茶树种质资源遗传多样性与亲缘关系分析[J]. 杨军,王让剑,孔祥瑞,郑国华,邱陈华. 茶叶学报. 2018(04)
[5]不同来源中国李(Prunus salicina L.)的多样性与近缘种关系[J]. 魏潇,章秋平,刘宁,张玉萍,徐铭,刘硕,张玉君,马小雪,刘威生. 中国农业科学. 2019(03)
[6]植物SSR标记开发及应用研究进展[J]. 刘会,彭春钰,武忠亮,苗贵东. 科学技术创新. 2018(36)
[7]植物EST-SSR研究进展[J]. 陈思,吴广文,吴建忠,黄文功,刘岩,杨学. 黑龙江农业科学. 2018(12)
[8]中国草莓属植物种质资源的研究、开发与利用进展[J]. 苏代发,童江云,杨俊誉,陈杉艳,罗志伟,沈雪梅,赖泳红,Arslan Jamil,魏世杰,崔晓龙. 云南大学学报(自然科学版). 2018(06)
[9]DNA分子标记技术的研究与应用[J]. 陈星,高子厚. 分子植物育种. 2019(06)
[10]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建[J]. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 中国农业大学学报. 2018(09)
本文编号：2925389
【文章来源】：云南大学云南省 211工程院校
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
一不同生境条件下生长的黄毛草往
培草莓遗传背景的重要遗传资源［６１］。??ｍｍ??图１－２不同生境条件下生长的黄毛草莓??Ａ：昆明轿子雪山；Ｂ：西藏林芝：Ｃ：四川都江埋；Ｄ：大理剑川：Ｅ：香格里拉红山林场??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｆｒａｇａｒｉａ?ｎｉｌｇｅｒｒｅｎｓｉｓ?＾ｃｈｌｔｄｌ?ｇｒｏｗ?ｉｎ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｈａｂｉｔａｔ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ??正如课题组在野外调查中所见，黄毛草莓生境差异大，沿海拔梯度的表型分化??也较为明显，不同海拔居群叶片面积、浆果大小、茸毛多少、克隆繁殖强弱、株型??匍匐亦或是直立等性状不同，而这些表型差异和抗逆性密切相关（如图１－２）。此??夕卜，不同生境下由于光照温度不同，导致黄毛草莓浆果蜜桃香味在不同生境中的差??别也较大，比如川西地区黄毛草莓蜜桃味显著浓于滇西北地区可见生态地理??差异是影响西南地区黄毛草莓遗传多样性和种群分化的重要因素，那么黄毛草莓??群体遗传多样性及其分布格局如何？遗传多样性分布中心处于何处？这些信息将??１０??
检测到的ＳＳＲｓ数?１１７２２??含有ＳＳＲ的序列数?９７８５??含有超过一个ＳＳＲ位点的序列数?１５６９??含有二至六核苷酸序列数?６０７??黄毛草莓ＥＳＴ－ＳＳＲ基序重复类型有单核苷酸至六核苷酸重复，其中单核苷酸??类型最为丰富，占４４．３％，其次是二核苷酸和三核苷酸重复类型较多，分别占３２．３％??和２２．４％；四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸数量较少，占比均不足１％。不同ＥＳＴ－??ＳＳＲ基序数量和分布差别较大，单核苷酸数量最多且重复分布范围最广，重复数在??９－２４之间，但主要为９－１２次重复，其次为１３－１６次重复；二核苷酸数量仅次于单??核苷酸，重复数在５－１２之间，主要是为５－８次重复；三核苷酸数量次于二核苷酸，??主要为５－８次重复；四至六核苷酸均为５－８次重复，但数量均远远低于单核苷酸、??二核苷酸和三核苷酸。??５０％??
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国华北和东北地区杏种质资源遗传多样性分析[J]. 刘硕,刘宁,章秋平,张玉萍,张玉君,徐铭,马小雪,刘威生. 园艺学报. 2019(06)
[2]江西野生毛花猕猴桃群体SSR遗传多样性研究[J]. 钟敏,陶俊杰,黄春辉,黄清,邹梁峰,廖光联,陈璐,徐小彪. 核农学报. 2019(05)
[3]基于遗传多样性评估燕麦品种的农艺性状[J]. 王建丽,马利超,申忠宝,刘杰淋,朱瑞芬,韩微波,钟鹏,邸桂俐,韩贵清,郭长虹. 草业学报. 2019(02)
[4]94个茶树种质资源遗传多样性与亲缘关系分析[J]. 杨军,王让剑,孔祥瑞,郑国华,邱陈华. 茶叶学报. 2018(04)
[5]不同来源中国李(Prunus salicina L.)的多样性与近缘种关系[J]. 魏潇,章秋平,刘宁,张玉萍,徐铭,刘硕,张玉君,马小雪,刘威生. 中国农业科学. 2019(03)
[6]植物SSR标记开发及应用研究进展[J]. 刘会,彭春钰,武忠亮,苗贵东. 科学技术创新. 2018(36)
[7]植物EST-SSR研究进展[J]. 陈思,吴广文,吴建忠,黄文功,刘岩,杨学. 黑龙江农业科学. 2018(12)
[8]中国草莓属植物种质资源的研究、开发与利用进展[J]. 苏代发,童江云,杨俊誉,陈杉艳,罗志伟,沈雪梅,赖泳红,Arslan Jamil,魏世杰,崔晓龙. 云南大学学报(自然科学版). 2018(06)
[9]DNA分子标记技术的研究与应用[J]. 陈星,高子厚. 分子植物育种. 2019(06)
[10]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建[J]. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 中国农业大学学报. 2018(09)
本文编号：2925389
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