北方三省区番茄病毒病病原分子鉴定及番茄花叶病毒全基因组序列分析
发布时间：2021-01-06 10:48
番茄在世界各地区均有种植,作为果蔬植物深受人们的喜爱。但近几年随着番茄栽培面积逐渐扩大,病毒病也在不断蔓延,成为产量及质量的重要限制因素。为了明确山东省、山西晋中、内蒙古呼市等大部分番茄栽培区侵染番茄的病毒种类、病毒复合侵染情况以及主次关系,本研究利用PCR法对采自山东省、山西晋中、内蒙古呼市等9个地区的425份番茄样品进行15种病毒的检测与鉴定,并对ToMV全基因组序列进行克隆以及测序,从而将所获得的23条全基因组序列与Genbank数据库内的ToMV序列进行一致性比对以及对移动蛋白、外壳蛋白、全基因组序列进行系统发育分析。研究结果如下:（1）利用15种特异引物采用PCR法检测425份番茄样品,共检测出7种病毒,分别为:ToMV（Tomato mosaic virus）、ToCV（Tomato chlorosis virus）、TMV（Tobacco mosaic virus）、CMV（Cucumber mosaic virus）、PVY（Potato virus Y）、TYLCVNβ（Tomato yellow leaf curl vietnam betasatellite）、TY...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
符号说明
中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 番茄病毒病病原种类及危害简介
1.1.1 番茄黄化曲叶病毒的分类及病原特征
1.1.2 番茄褪绿病毒的分类及病原特征
1.1.3 番茄花叶病毒的分类及病原特征
1.2 番茄病毒病的防治措施
1.3 番茄病毒病的检测技术研究概况
1.3.1 生物学检测法
1.3.2 血清学检测法
1.3.3 分子生物学检测法
1.4 本研究的目的与意义
2 材料与方法
2.1 实验材料与仪器
2.1.1 病毒样品的采集
2.1.2 菌株和载体
2.1.3 生化及分子生物学试剂
2.1.4 实验所需仪器
2.1.5 实验试剂的配制方法
2.2 感病植株病毒病中DNA、RNA病毒的检测与鉴定
2.2.1 植物基因组DNA的提取
2.2.2 病毒基因组RNA的提取
2.2.3 引物的设计及合成
2.2.4 反转录cDNA的合成
2.2.5 PCR扩增
2.2.6 PCR产物的克隆和测序
2.2.7 序列分析
2.3 番茄双生病毒的检测与鉴定
2.3.1 样品DNA提取
2.3.2 引物合成
2.3.3 双生病毒的RCR扩增
2.3.4 PCR产物的克隆及测序
2.3.5 序列分析
2.4 番茄花叶病毒全基因组PCR的扩增
2.4.1 感病植株RNA的提取
2.4.2 引物的设计及合成
2.4.3 反转录cDNA的合成
2.4.4 ToMV全基因组PCR的扩增
2.4.5 PCR产物的克隆及测序
2.4.6 序列分析
3 结果与分析
3.1 北方三省区番茄感病样品DNA病毒病原的检测结果
3.1.1 北方三省区侵染番茄的DNA病毒种类检测情况
3.1.2 北方三省区番茄DNA病毒病检出率
3.1.3 北方三省区番茄TYLCV病毒病分布情况
3.2 北方三省区番茄感病样品RNA病毒病原的检测结果
3.2.1 北方三省区番茄RNA病毒病检出率
3.2.2 北方三省区番茄病毒病分布情况
3.3 北方三省区番茄病毒病复合侵染情况
3.4 番茄花叶病毒分离物的全基因组扩增及序列分析
3.4.1 北方三省部分地区番茄花叶病毒分离物全基因组序列扩增
3.4.2 ToMV全基因组结构分析
3.4.3 ToMV与Tobamovirus属病毒部分分离物的一致性比较
3.5 番茄GS100分离物与Tobamovirus属部分分离物进行一致性比较分析
3.6 ToMV全基因组序列突变分析
4 ToMV分离物的核苷酸系统进化关系分析
4.1 ToMV分离物的CP和MP蛋白核苷酸系统进化分析
4.2 ToMV全基因组的核苷酸系统进化分析
5 ToMV分离物的氨基酸系统进化关系分析
5.1 ToMV分离物的CP和MP蛋白氨基酸系统进化分析
5.2 ToMV分离物的全基因组氨基酸系统进化分析
6 结论与讨论
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]山东烟台地区发生番茄斑萎病毒病危害[J]. 李洁,迟胜起,杨勤民,丁天波,褚栋. 植物保护. 2017(01)
[2]番茄褪绿病毒的研究进展[J]. 金凤媚,薛俊,宋建,王姝,张越. 天津农业科学. 2017(01)
[3]油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析[J]. 王德富,张西梅,杨锋,牛颜冰. 植物病理学报. 2016(05)
[4]番茄褪绿病毒RT-PCR检测技术的优化及河南分离物的鉴定[J]. 冯佳,孙晓辉,高利利,刘灵芝,乔宁,刘永光,竺晓平. 植物保护. 2016(04)
[5]李宝聚博士诊病手记(九十三) 番茄斑萎病毒病在宁夏的发现与防治[J]. 曹金强,谢学文,柴阿丽,李宝聚. 中国蔬菜. 2016(04)
[6]番茄黄化曲叶病毒的鉴定与群体进化分析[J]. 周莹,尚巧霞,罗晨,乔广行,刘梅,张玮,燕继晔. 植物保护. 2016(01)
[7]天津地区番茄褪绿病毒的分子检测和鉴定[J]. 高利利,孙国珍,王勇,高苇,张春祥,张安胜,竺晓平. 华北农学报. 2015(03)
[8]天津地区番茄病毒病发生情况调查及其毒源ELISA检测[J]. 王勇,高苇,张春祥. 天津农业科学. 2014(12)
[9]侵染番茄的番茄褪绿病毒山东泰安分离物的分子鉴定和序列分析[J]. 赵黎明,李刚,刘永杰,刘永光,孙国珍,竺晓平. 植物保护. 2014(05)
[10]警惕番茄褪绿病毒在我国的传播和危害[J]. 周涛,杨普云,赵汝娜,师迎春,原锴,范在丰. 植物保护. 2014(05)
硕士论文
[1]侵染我国烟草的野生番茄花叶病毒分离株（WTMV-XC-1）的鉴定[D]. 孙航军.黑龙江八一农垦大学 2015
[2]园艺植物几种病毒病的分子检测与鉴定[D]. 李刚.山东农业大学 2014
[3]番茄花叶病毒外壳蛋白与烟草IP-L蛋白的互作分析[D]. 李婷婷.西南大学 2013
[4]番茄花叶病毒外壳蛋白与烟草铁氧还蛋白Ⅰ及IP-L蛋白的互作分析[D]. 武改霞.西南大学 2012
[5]进境台湾十字花科蔬菜有害生物风险分析及番茄斑萎病毒快速检测方法研究[D]. 林授锴.福建农林大学 2008
本文编号：2960435
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
符号说明
中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 番茄病毒病病原种类及危害简介
1.1.1 番茄黄化曲叶病毒的分类及病原特征
1.1.2 番茄褪绿病毒的分类及病原特征
1.1.3 番茄花叶病毒的分类及病原特征
1.2 番茄病毒病的防治措施
1.3 番茄病毒病的检测技术研究概况
1.3.1 生物学检测法
1.3.2 血清学检测法
1.3.3 分子生物学检测法
1.4 本研究的目的与意义
2 材料与方法
2.1 实验材料与仪器
2.1.1 病毒样品的采集
2.1.2 菌株和载体
2.1.3 生化及分子生物学试剂
2.1.4 实验所需仪器
2.1.5 实验试剂的配制方法
2.2 感病植株病毒病中DNA、RNA病毒的检测与鉴定
2.2.1 植物基因组DNA的提取
2.2.2 病毒基因组RNA的提取
2.2.3 引物的设计及合成
2.2.4 反转录cDNA的合成
2.2.5 PCR扩增
2.2.6 PCR产物的克隆和测序
2.2.7 序列分析
2.3 番茄双生病毒的检测与鉴定
2.3.1 样品DNA提取
2.3.2 引物合成
2.3.3 双生病毒的RCR扩增
2.3.4 PCR产物的克隆及测序
2.3.5 序列分析
2.4 番茄花叶病毒全基因组PCR的扩增
2.4.1 感病植株RNA的提取
2.4.2 引物的设计及合成
2.4.3 反转录cDNA的合成
2.4.4 ToMV全基因组PCR的扩增
2.4.5 PCR产物的克隆及测序
2.4.6 序列分析
3 结果与分析
3.1 北方三省区番茄感病样品DNA病毒病原的检测结果
3.1.1 北方三省区侵染番茄的DNA病毒种类检测情况
3.1.2 北方三省区番茄DNA病毒病检出率
3.1.3 北方三省区番茄TYLCV病毒病分布情况
3.2 北方三省区番茄感病样品RNA病毒病原的检测结果
3.2.1 北方三省区番茄RNA病毒病检出率
3.2.2 北方三省区番茄病毒病分布情况
3.3 北方三省区番茄病毒病复合侵染情况
3.4 番茄花叶病毒分离物的全基因组扩增及序列分析
3.4.1 北方三省部分地区番茄花叶病毒分离物全基因组序列扩增
3.4.2 ToMV全基因组结构分析
3.4.3 ToMV与Tobamovirus属病毒部分分离物的一致性比较
3.5 番茄GS100分离物与Tobamovirus属部分分离物进行一致性比较分析
3.6 ToMV全基因组序列突变分析
4 ToMV分离物的核苷酸系统进化关系分析
4.1 ToMV分离物的CP和MP蛋白核苷酸系统进化分析
4.2 ToMV全基因组的核苷酸系统进化分析
5 ToMV分离物的氨基酸系统进化关系分析
5.1 ToMV分离物的CP和MP蛋白氨基酸系统进化分析
5.2 ToMV分离物的全基因组氨基酸系统进化分析
6 结论与讨论
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]山东烟台地区发生番茄斑萎病毒病危害[J]. 李洁,迟胜起,杨勤民,丁天波,褚栋. 植物保护. 2017(01)
[2]番茄褪绿病毒的研究进展[J]. 金凤媚,薛俊,宋建,王姝,张越. 天津农业科学. 2017(01)
[3]油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析[J]. 王德富,张西梅,杨锋,牛颜冰. 植物病理学报. 2016(05)
[4]番茄褪绿病毒RT-PCR检测技术的优化及河南分离物的鉴定[J]. 冯佳,孙晓辉,高利利,刘灵芝,乔宁,刘永光,竺晓平. 植物保护. 2016(04)
[5]李宝聚博士诊病手记(九十三) 番茄斑萎病毒病在宁夏的发现与防治[J]. 曹金强,谢学文,柴阿丽,李宝聚. 中国蔬菜. 2016(04)
[6]番茄黄化曲叶病毒的鉴定与群体进化分析[J]. 周莹,尚巧霞,罗晨,乔广行,刘梅,张玮,燕继晔. 植物保护. 2016(01)
[7]天津地区番茄褪绿病毒的分子检测和鉴定[J]. 高利利,孙国珍,王勇,高苇,张春祥,张安胜,竺晓平. 华北农学报. 2015(03)
[8]天津地区番茄病毒病发生情况调查及其毒源ELISA检测[J]. 王勇,高苇,张春祥. 天津农业科学. 2014(12)
[9]侵染番茄的番茄褪绿病毒山东泰安分离物的分子鉴定和序列分析[J]. 赵黎明,李刚,刘永杰,刘永光,孙国珍,竺晓平. 植物保护. 2014(05)
[10]警惕番茄褪绿病毒在我国的传播和危害[J]. 周涛,杨普云,赵汝娜,师迎春,原锴,范在丰. 植物保护. 2014(05)
硕士论文
[1]侵染我国烟草的野生番茄花叶病毒分离株（WTMV-XC-1）的鉴定[D]. 孙航军.黑龙江八一农垦大学 2015
[2]园艺植物几种病毒病的分子检测与鉴定[D]. 李刚.山东农业大学 2014
[3]番茄花叶病毒外壳蛋白与烟草IP-L蛋白的互作分析[D]. 李婷婷.西南大学 2013
[4]番茄花叶病毒外壳蛋白与烟草铁氧还蛋白Ⅰ及IP-L蛋白的互作分析[D]. 武改霞.西南大学 2012
[5]进境台湾十字花科蔬菜有害生物风险分析及番茄斑萎病毒快速检测方法研究[D]. 林授锴.福建农林大学 2008
本文编号：2960435
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