柑橘精细定位平台构建及其在多胚和色泽芽变研究中的应用
发布时间:2021-02-03 13:48
随着组学技术和生物信息方法的进步,植物基因组学研究取得了快速的发展。柑橘作为最重要的果树作物之一,基因组学平台不断完善。在此基础上,对控制重要性状基因的遗传定位、基因发掘和变异机制研究已成为柑橘领域的研究热点。本研究对代表原始、野生和栽培柑橘进行比较基因组学和群体基因组学分析,解析了柑橘进化过程中的选择和变异。综合使用对遗传群体的集群分离分析法测序(BSA-seq)和自然群体局部区域关联分析方法,对控制柑橘珠心多胚位点进行了遗传定位,通过继代保存的夏橙愈伤材料间的比较,解析了离体无性系变异对体细胞胚胎发生能力的影响。对琯溪蜜柚色泽芽变材料使用基因组、转录组整合分析,进行柑橘色泽芽变特点和规律的研究。主要研究结果如下:1.原始、野生和栽培柑橘的比较基因组和群体基因组分析(1)本实验室在此课题前已完成了酒饼簕、宜昌橙、枸橼和柚四个柑橘基因组的从头组装和注释,再结合已发表的甜橙和克里曼丁橘两个基因组,用于柑橘比较基因组分析。酒饼簕属于原始柑橘,此外的五个柑橘属于真正柑橘组。其中,宜昌橙是野生柑橘,枸橼、柚、甜橙和克里曼丁橘都是现代栽培柑橘。通过基因组序列比较发现真正柑橘组的柑橘物种的基因组大...
【文章来源】:华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:143 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
正选择信号
图 2-1 原始、野生和栽培柑橘的系统发生、基因组、果实和种子。(a) 柑橘亚族系统发生和基因组。星号表示本实验室从头组装的基因组,圆圈表示已发表的基因组。紫色表示原始柑橘,绿色表示野生柑橘,棕色表示柑橘中的三个基本种。(b) 原始、野生和栽培柑橘的果实和种子的差异。Fig. 2-1 Phylogeny, genomes, fruits and seeds of primitive, wild and cultivated citrus. (a)
图 2-3 柚相对酒饼簕基因组中特异区段中的基因的 GO 富集分析。(a)生物学过程水平富集的 GO 类别。(b)分子功能水平富集的 GO 类别。Fig. 2-3 The Gene Ontology enrichment analysis for genes in the unique regions in pummelorsus atalantia. (a) The over-represented GO terms for biological process. (b) The over-representedGO terms for molecular function.通过基因组序列比较和重测序数据过滤筛选,检测出高置信度的 SNV。将酒饼
【参考文献】:
期刊论文
[1]枳砧红绵蜜柚嫁接黄化苗的光合特性及其CgSGR基因克隆与表达分析[J]. 何文,王燕,陈清,徐世荣,汤浩茹,潘东明,王小蓉. 西北植物学报. 2018(05)
[2]常绿果树体细胞胚胎发生体系研究进展[J]. 司园园,李娟,罗小燕,刘振,陈杰忠,赵春香,张登杰. 热带作物学报. 2018(03)
[3]三红蜜柚体细胞胚胎的诱导[J]. 林亮亮. 浙江农业科学. 2018(02)
[4]利用SSR、SRAP分子标记鉴定桃早熟芽变[J]. 冯涛,刘娟,华夏雪. 江苏农业科学. 2017(06)
[5]江苏淮北地区小麦品种资源籽粒硬度基因等位变异的KASP检测[J]. 杨子博,顾正中,周羊梅,王安邦,高平中,熊正海,刘畅,蒋学祥,沈业松. 麦类作物学报. 2017(02)
[6]基于高通量测序的植物群体基因组学研究进展[J]. 王云生. 遗传. 2016(08)
[7]三红蜜柚生物学特性及栽培技术[J]. 曾蔚,刘国辉. 现代农业科技. 2016(09)
[8]蜜柚不同砧穗组合苗期嫁接亲和性评价[J]. 龚艳箐,祁有恒,伏晓科,杨芮,陈涛,汤浩茹,王小蓉. 热带亚热带植物学报. 2016(03)
[9]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[10]红肉蜜柚果实品质评价及遗传鉴定[J]. 朱东煌. 东南园艺. 2015(06)
博士论文
[1]柑橘胚胎发生过程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR标记开发[D]. 孟海军.华中农业大学 2006
[2]柑橘体细胞胞质遗传及叶绿体SSR引物开发研究[D]. 程运江.华中农业大学 2004
[3]用分子标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系和枳的遗传多样性[D]. 庞晓明.华中农业大学 2002
[4]柑桔和苹果等果树种质资源的离体保存及其遗传变异[D]. 郝玉金.华中农业大学 2000
硕士论文
[1]玉米体细胞胚胎发生的转录组分析及相关基因克隆[D]. 丁美琪.吉林大学 2017
[2]长期继代的柑橘愈伤组织中转座子激活研究[D]. 许海丹.华中农业大学 2016
[3]琯溪蜜柚色泽突变体类胡萝卜素代谢特征分析[D]. 张亚卿.华中农业大学 2013
[4]‘红肉蜜柚’与‘红绵蜜柚’汁胞差异蛋白质组学研究[D]. 伍洋.福建农林大学 2013
本文编号:3016612
【文章来源】:华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:143 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
正选择信号
图 2-1 原始、野生和栽培柑橘的系统发生、基因组、果实和种子。(a) 柑橘亚族系统发生和基因组。星号表示本实验室从头组装的基因组,圆圈表示已发表的基因组。紫色表示原始柑橘,绿色表示野生柑橘,棕色表示柑橘中的三个基本种。(b) 原始、野生和栽培柑橘的果实和种子的差异。Fig. 2-1 Phylogeny, genomes, fruits and seeds of primitive, wild and cultivated citrus. (a)
图 2-3 柚相对酒饼簕基因组中特异区段中的基因的 GO 富集分析。(a)生物学过程水平富集的 GO 类别。(b)分子功能水平富集的 GO 类别。Fig. 2-3 The Gene Ontology enrichment analysis for genes in the unique regions in pummelorsus atalantia. (a) The over-represented GO terms for biological process. (b) The over-representedGO terms for molecular function.通过基因组序列比较和重测序数据过滤筛选,检测出高置信度的 SNV。将酒饼
【参考文献】:
期刊论文
[1]枳砧红绵蜜柚嫁接黄化苗的光合特性及其CgSGR基因克隆与表达分析[J]. 何文,王燕,陈清,徐世荣,汤浩茹,潘东明,王小蓉. 西北植物学报. 2018(05)
[2]常绿果树体细胞胚胎发生体系研究进展[J]. 司园园,李娟,罗小燕,刘振,陈杰忠,赵春香,张登杰. 热带作物学报. 2018(03)
[3]三红蜜柚体细胞胚胎的诱导[J]. 林亮亮. 浙江农业科学. 2018(02)
[4]利用SSR、SRAP分子标记鉴定桃早熟芽变[J]. 冯涛,刘娟,华夏雪. 江苏农业科学. 2017(06)
[5]江苏淮北地区小麦品种资源籽粒硬度基因等位变异的KASP检测[J]. 杨子博,顾正中,周羊梅,王安邦,高平中,熊正海,刘畅,蒋学祥,沈业松. 麦类作物学报. 2017(02)
[6]基于高通量测序的植物群体基因组学研究进展[J]. 王云生. 遗传. 2016(08)
[7]三红蜜柚生物学特性及栽培技术[J]. 曾蔚,刘国辉. 现代农业科技. 2016(09)
[8]蜜柚不同砧穗组合苗期嫁接亲和性评价[J]. 龚艳箐,祁有恒,伏晓科,杨芮,陈涛,汤浩茹,王小蓉. 热带亚热带植物学报. 2016(03)
[9]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[10]红肉蜜柚果实品质评价及遗传鉴定[J]. 朱东煌. 东南园艺. 2015(06)
博士论文
[1]柑橘胚胎发生过程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR标记开发[D]. 孟海军.华中农业大学 2006
[2]柑橘体细胞胞质遗传及叶绿体SSR引物开发研究[D]. 程运江.华中农业大学 2004
[3]用分子标记研究柑橘属及其近缘属植物的亲缘关系和枳的遗传多样性[D]. 庞晓明.华中农业大学 2002
[4]柑桔和苹果等果树种质资源的离体保存及其遗传变异[D]. 郝玉金.华中农业大学 2000
硕士论文
[1]玉米体细胞胚胎发生的转录组分析及相关基因克隆[D]. 丁美琪.吉林大学 2017
[2]长期继代的柑橘愈伤组织中转座子激活研究[D]. 许海丹.华中农业大学 2016
[3]琯溪蜜柚色泽突变体类胡萝卜素代谢特征分析[D]. 张亚卿.华中农业大学 2013
[4]‘红肉蜜柚’与‘红绵蜜柚’汁胞差异蛋白质组学研究[D]. 伍洋.福建农林大学 2013
本文编号:3016612
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