番茄组蛋白乙酰转移酶（HAT）的全基因组鉴定与分析

发布时间：2021-03-08 22:51

　　组蛋白乙酰化修饰在基因表达调控方面扮演着重要角色。为深入挖掘番茄组蛋白乙酰转移酶（HAT）基因,本研究运用生物信息学方法,共鉴定出26个番茄HAT。聚类分析发现,这些HAT可以分为7组,分别为HAG、HAG1、HAG2、MCC1、HAM、HAF和HAC。其中,GNAT家族（GCN5、HAT1、MCC1） 18个、p300/CBP家族4个、MYST和TAFII250家族各1个。6对同源基因Ka/Ks值均小于1,说明其进化中经历了纯化选择。不同家族HAT理化性质存在差异,但均为亲水蛋白质,主要定位于细胞核,蛋白质二级结构主要包括α螺旋和无规则卷曲,具有典型的保守基序和特征结构域。染色体定位发现,番茄HAT基因不均匀地散布于12条染色体上,且呈两端分布,其中1号和9号染色体最多,部分基因经串联重复形成基因簇。基因表达分析发现,GNAT家族番茄特有的HAT和HAG2组基因在病菌、盐和热胁迫下具有较高的表达水平,一些基因具有病菌诱导特异性和耐盐（热）与盐（热）敏材料上表达差异性。可见,番茄HAT在结构、性质和功能上具有多样性,其在全基因组水平上的鉴定与分析为相关基因克隆利用提供了依据。 

【文章来源】：江苏农业学报. 2020,36(03)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

番茄和拟南芥组蛋白乙酰转移酶(HAT)系统发生树

基因结构分析发现,GNAT家族基因整体较小、外显子数较少,Solyc10g045390.2.1基因较大但氨基酸数较少,推测主要由非编码区组成;而MYST、TAFII250和p300/CBP家族基因较大、外显子数较多。GNAT家族基因主要是1/2位内含子,MYST是0/1位内含子,TAFII250和p300/CBP是0/1/2位内含子,同时,部分基因的部分外显子为非对称外显子(图3)。基序分析发现,20个蛋白质保守基序大小为21～50,不同家族HAT所含基序种类不同,如GNAT组1主要含Motif 1、Motif 7、Motif 8和Motif 17,GNAT组2主要含Motif 14、Motif 18和Motif 19;MYST和TAFII250家族与GNAT组2相似;p300/CBP家族主要含Motif2～Motif6、Motif 9～Motif 13、Motif 15～Motif 16和Motif 20,同一家族成员存在基序丢失情况。另外,不同家族HAT具有典型的特征结构域,如GNAT家族的Acetyltransf_1和Hat1_N,MYST家族的zf-MYST和MOZ_SAS,p300/CBP家族的HAT_KAT11和zf-TAZ。图3 番茄组蛋白乙酰转移酶(HAT)基因结构

番茄组蛋白乙酰转移酶(HAT)基因结构

【参考文献】：
期刊论文
[1]蔷薇科植物MLO蛋白家族的生物信息学分析[J]. 向贵生,王开锦,晏慧君,李淑斌,周宁宁,唐开学,邱显钦.  基因组学与应用生物学. 2018(05)
[2]辣椒类甜蛋白基因家族鉴定及表达分析[J]. 刘潮,韩利红,宋培兵,王德琴,王海波,唐利洲.  江苏农业学报. 2018(01)
[3]番茄HDACs家族基因在胁迫条件下的表达分析[J]. 李涛,苏慧慧,李植良,徐小万,王恒明,李颖,黎振兴.  热带作物学报. 2015(11)
[4]番茄NBS-LRR抗病基因家族全基因组分析[J]. 刘云飞,万红建,韦艳萍,李志邈,叶青静,王荣青,阮美颖,姚祝平,周国治,杨悦俭.  核农学报. 2014(05)



本文编号：3071794