普通白菜春化响应基因表达谱分析
发布时间：2021-04-01 20:42
普通白菜是一种种子春化型植物,其抽薹开花需要经过一段时间的春化处理。普通白菜春季栽培过程中往往会因低温造成先期抽薹,影响其商品价值,因此进行普通白菜的春化相关研究具有实践价值。植物春化机理在拟南芥、大白菜、小麦等植物中已经进行了较多研究,然而在普通白菜方面仍然较为缺乏,其春化基因参与的春化过程及机理需要进一步研究。本试验利用RNA-Seq技术,以大白菜基因组为参考,对春化及对照普通白菜茎尖在低温处理后和花芽分化前分别进行基因表达谱分析,通过比较筛选春化与对照植株之间在二个时期的差异表达基因,分析差异表达基因的功能注释,挖掘普通白菜春化相关基因,为春化机理的研究奠定基础,主要结论如下：1)通过测序低温处理后春化与对照植株、花芽分化前春化与对照植株4个文库分别获得9.68、11.25、11.06和10.16 M reads,各得到493.43、573.82、564.03和517.85 M总碱基,各获得11111314、11268910、11072438和10169936条total reads,其中分别有82.94%、84.80%、85.08%和84.77%可以被参考基因组注释。2)低温处...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA电泳图
图３测序饱和度分析图??Ｆ＂ｉｇ．?３?Ｔｈｅ?ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?Ｈａｒａｒｙ??２．２．３?ｃＤＮＡ片段随机性检验??测序随机性检验是通过比对到参考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情况进行评估，??即如果比对到基因序列上的ｒｅａｄｓ比较均匀地分布在整个基因上，则可Ｗ认为测序随机??性比较可靠。我们通过随机性分布图来评估整体的测序随机性，从图４可Ｗ看出，随机??性分布曲线较为平坦，测序随机性较好。试验采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））进行??ｍＲＮＡ的俘获，会倾向于测到更多的３＇端序列，因此３＇端测序覆盖比例会出现偏高的情??况。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??
测序随机性检验是通过比对到参考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情况进行评估，??即如果比对到基因序列上的ｒｅａｄｓ比较均匀地分布在整个基因上，则可Ｗ认为测序随机??性比较可靠。我们通过随机性分布图来评估整体的测序随机性，从图４可Ｗ看出，随机??性分布曲线较为平坦，测序随机性较好。试验采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））进行??ｍＲＮＡ的俘获，会倾向于测到更多的３＇端序列，因此３＇端测序覆盖比例会出现偏高的情??况。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??？?０，５?ｆ??０．０??０，００?０．２５?０．巧?０．巧?１．００??Ｒｅａｄｓ在端巧的相对位晋（５＇?－３＞?）??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇ州ｅｓ（５＇?－３＇）??图４?ｃＤＮＡ片段的随机性检验图??Ｆｉｇ．?４?民ａｎｄｏｍ?ｃｈｅｃｋ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆＶａｇｍｅｎｔｓ??－１５－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]菊花开花抑制基因CmFLC-like1的克隆及表达特性分析[J]. 展妍丽,王萃铂,亓钰莹,陈发棣,蒋甲福. 园艺学报. 2015(07)
[2]植物MAPK级联途径及其功能研究进展[J]. 张振才,梁燕,李翠. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2014(04)
[3]辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析[J]. 刘峰,谢玲玲,弭宝彬,欧阳娴,茆振川,邹学校,谢丙炎. 园艺学报. 2014(02)
[4]春化时间对不结球白菜现蕾、抽薹和开花的影响[J]. 王真真,侯瑞贤,李晓峰,朱红芳,朱玉英. 上海农业学报. 2013(05)
[5]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[6]调控小麦春化发育特性的相关基因研究进展[J]. 金芬芬,朱灿灿,王翔,李磊,卫丽,尹钧. 河南农业科学. 2012(12)
[7]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新. 江西科学. 2012(05)
[8]莲藕根状茎膨大过程中淀粉合成相关基因的表达[J]. 程立宝,李淑艳,李岩,尹静静,陈学好,李良俊. 中国农业科学. 2012(16)
[9]中药植物虎杖根的高通量转录组测序及转录组特性分析[J]. 郝大程,马培,穆军,陈士林,肖培根,彭勇,霍利,许利嘉,孙超. 中国科学:生命科学. 2012(05)
[10]芝麻发育转录组分析[J]. 魏利斌,苗红梅,张海洋. 中国农业科学. 2012(07)
博士论文
[1]大蒜转录组测序及核因子YB3的功能研究[D]. 孙秀东.山东农业大学 2013
[2]福建桉树焦枯病菌鉴定及其诱导下桉树转录组和蛋白组学研究[D]. 陈全助.福建农林大学 2013
[3]辣椒疫霉菌诱导的辣椒CaRGA1和CaPOD基因的表达分析与功能鉴定[D]. 王军娥.西北农林科技大学 2013
[4]大豆籽粒不同发育时期基因表达谱的研究[D]. 陈欢.吉林农业大学 2012
[5]色氨酸对草莓离体培养与生长发育的调控机理研究[D]. 钟晓红.湖南农业大学 2004
[6]萝卜春化作用及其与DNA甲基化水平的关系[D]. 汪炳良.浙江大学 2004
硕士论文
[1]甘蓝开花调控基因FLC的克隆及其表达分析[D]. 李敬.西南大学 2015
[2]白菜类作物抽薹开花的遗传分析[D]. 张学铭.中国农业科学院 2014
[3]人变应性鼻炎、鼻息肉基因表达谱差异研究[D]. 徐英.扬州大学 2014
[4]基于RNA-Seq技术的国产沉香转录组测序及数字基因表达谱分析[D]. 吴宏清.江西农业大学 2013
[5]利用RNA-seq技术挖掘胡萝卜抽薹开花相关基因[D]. 毛笈华.中国农业科学院 2013
[6]不同品种小白菜的生物学性状及品质比较研究[D]. 吕锡山.浙江农林大学 2013
[7]外源水杨酸对干旱胁迫下结缕草生长及生理影响[D]. 范丽霞.辽宁大学 2013
[8]甘蓝型油菜耐湿差异性表达基因的筛选及分析[D]. 谭筱玉.华中农业大学 2012
[9]盐胁迫下大豆根和叶基因表达谱分析[D]. 王佳琦.吉林农业大学 2011
[10]氮素营养调控拟南芥开花诱导相关基因表达的研究[D]. 张友润.浙江大学 2011
本文编号：3113938
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA电泳图
图３测序饱和度分析图??Ｆ＂ｉｇ．?３?Ｔｈｅ?ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?Ｈａｒａｒｙ??２．２．３?ｃＤＮＡ片段随机性检验??测序随机性检验是通过比对到参考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情况进行评估，??即如果比对到基因序列上的ｒｅａｄｓ比较均匀地分布在整个基因上，则可Ｗ认为测序随机??性比较可靠。我们通过随机性分布图来评估整体的测序随机性，从图４可Ｗ看出，随机??性分布曲线较为平坦，测序随机性较好。试验采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））进行??ｍＲＮＡ的俘获，会倾向于测到更多的３＇端序列，因此３＇端测序覆盖比例会出现偏高的情??况。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??
测序随机性检验是通过比对到参考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情况进行评估，??即如果比对到基因序列上的ｒｅａｄｓ比较均匀地分布在整个基因上，则可Ｗ认为测序随机??性比较可靠。我们通过随机性分布图来评估整体的测序随机性，从图４可Ｗ看出，随机??性分布曲线较为平坦，测序随机性较好。试验采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））进行??ｍＲＮＡ的俘获，会倾向于测到更多的３＇端序列，因此３＇端测序覆盖比例会出现偏高的情??况。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??？?０，５?ｆ??０．０??０，００?０．２５?０．巧?０．巧?１．００??Ｒｅａｄｓ在端巧的相对位晋（５＇?－３＞?）??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇ州ｅｓ（５＇?－３＇）??图４?ｃＤＮＡ片段的随机性检验图??Ｆｉｇ．?４?民ａｎｄｏｍ?ｃｈｅｃｋ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆＶａｇｍｅｎｔｓ??－１５－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]菊花开花抑制基因CmFLC-like1的克隆及表达特性分析[J]. 展妍丽,王萃铂,亓钰莹,陈发棣,蒋甲福. 园艺学报. 2015(07)
[2]植物MAPK级联途径及其功能研究进展[J]. 张振才,梁燕,李翠. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2014(04)
[3]辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析[J]. 刘峰,谢玲玲,弭宝彬,欧阳娴,茆振川,邹学校,谢丙炎. 园艺学报. 2014(02)
[4]春化时间对不结球白菜现蕾、抽薹和开花的影响[J]. 王真真,侯瑞贤,李晓峰,朱红芳,朱玉英. 上海农业学报. 2013(05)
[5]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[6]调控小麦春化发育特性的相关基因研究进展[J]. 金芬芬,朱灿灿,王翔,李磊,卫丽,尹钧. 河南农业科学. 2012(12)
[7]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新. 江西科学. 2012(05)
[8]莲藕根状茎膨大过程中淀粉合成相关基因的表达[J]. 程立宝,李淑艳,李岩,尹静静,陈学好,李良俊. 中国农业科学. 2012(16)
[9]中药植物虎杖根的高通量转录组测序及转录组特性分析[J]. 郝大程,马培,穆军,陈士林,肖培根,彭勇,霍利,许利嘉,孙超. 中国科学:生命科学. 2012(05)
[10]芝麻发育转录组分析[J]. 魏利斌,苗红梅,张海洋. 中国农业科学. 2012(07)
博士论文
[1]大蒜转录组测序及核因子YB3的功能研究[D]. 孙秀东.山东农业大学 2013
[2]福建桉树焦枯病菌鉴定及其诱导下桉树转录组和蛋白组学研究[D]. 陈全助.福建农林大学 2013
[3]辣椒疫霉菌诱导的辣椒CaRGA1和CaPOD基因的表达分析与功能鉴定[D]. 王军娥.西北农林科技大学 2013
[4]大豆籽粒不同发育时期基因表达谱的研究[D]. 陈欢.吉林农业大学 2012
[5]色氨酸对草莓离体培养与生长发育的调控机理研究[D]. 钟晓红.湖南农业大学 2004
[6]萝卜春化作用及其与DNA甲基化水平的关系[D]. 汪炳良.浙江大学 2004
硕士论文
[1]甘蓝开花调控基因FLC的克隆及其表达分析[D]. 李敬.西南大学 2015
[2]白菜类作物抽薹开花的遗传分析[D]. 张学铭.中国农业科学院 2014
[3]人变应性鼻炎、鼻息肉基因表达谱差异研究[D]. 徐英.扬州大学 2014
[4]基于RNA-Seq技术的国产沉香转录组测序及数字基因表达谱分析[D]. 吴宏清.江西农业大学 2013
[5]利用RNA-seq技术挖掘胡萝卜抽薹开花相关基因[D]. 毛笈华.中国农业科学院 2013
[6]不同品种小白菜的生物学性状及品质比较研究[D]. 吕锡山.浙江农林大学 2013
[7]外源水杨酸对干旱胁迫下结缕草生长及生理影响[D]. 范丽霞.辽宁大学 2013
[8]甘蓝型油菜耐湿差异性表达基因的筛选及分析[D]. 谭筱玉.华中农业大学 2012
[9]盐胁迫下大豆根和叶基因表达谱分析[D]. 王佳琦.吉林农业大学 2011
[10]氮素营养调控拟南芥开花诱导相关基因表达的研究[D]. 张友润.浙江大学 2011
本文编号：3113938
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