松茸子实体转录组测序及解析

发布时间：2021-05-01 05:05

　　以人工种植的商品松茸子实体为对象,利用Illumina Novaseq 6000测序平台对松茸子实体进行转录组测序,并通过生物信息学手段对松茸转录组进行注释和分析.基于9个松茸样品的测序共获得76.38 Gb的数据量,组装得到的转录本和unigene个数分别为26 285和87 174.将获得的unigene与6大功能数据库进行比对,共有19 964个unigene得到注释.基于GO和KEGG数据库的注释和分析,松茸子实体unigene被注释和划分为45个和28个功能类别.在松茸子实体中,涉及unigene数量最多的生理过程包括碳水化合物代谢、运输和分解代谢、氨基酸代谢等.结果表明,松茸子实体中代谢旺盛,应采取合理措施以延缓其品质下降.松茸子实体的转录组测序将为其功能基因的挖掘以及采后品质变化机制的研究提供重要遗传数据和参考. 

【文章来源】：成都大学学报(自然科学版). 2020,39(02)

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
0 引 言
1 材料与方法
    1.1 材 料
    1.2 仪 器
    1.3 方 法
        1.3.1 松茸子实体总RNA提取
        1.3.2 松茸子实体RNA测序
        1.3.3 转录组测序数据处理
        1.3.4 unigene功能注释
2 结果与分析
    2.1 松茸子实体RNA测序数据质量检测
    2.2 松茸子实体转录组的从头组装
    2.3 松茸子实体unigene的功能注释及分类
        2.3.1 同源物种比对分析
        2.3.2 GO功能注释和分类
        2.3.3 KOG功能分类
        2.3.4 KEGG通路注释
3 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]松茸的真空冷冻干燥特性研究[J]. 杨长平,顾思远,黄文刚,孙俊秀,范文教.  食品科技. 2019(05)
[2]梯棱羊肚菌子实体转录组测序及解析[J]. 王金秋,叶鸿亮,梁道崴,刘达玉,耿放,李翔.  食品科学. 2018(18)
[3]松茸的适宜生态因子[J]. 李强,陈诚,李小林,金鑫,熊川,郑林用,黄文丽.  应用与环境生物学报. 2016(06)
[4]松茸氨基酸含量分析及营养价值评价[J]. 张燕,赖于民.  食品研究与开发. 2016(03)
[5]松茸食药用价值研究进展[J]. 么宏伟,佟立君,付婷婷,谢晨阳,吴洪军,赵凤臣,冯磊,张学义.  安徽农业科学. 2015(05)
[6]松茸多糖TMSP-5亚组分Ⅱ的美白活性及途径研究[J]. 王琪,王领,何聪芬,刘晓英,刘光荣,李富恒.  天然产物研究与开发. 2015(01)
[7]响应面法优化松茸多糖酶法提取工艺及其体外抗氧化性分析[J]. 陈炼红,杨丽珠,索化夷,李键.  食品科学. 2014(16)
[8]外生菌根菌研究概况[J]. 冯云利,桑兰,吴素蕊,郭相,邰丽梅,刘蓓.  中国食用菌. 2013(06)
[9]中国菌根研究60年:过去、现在和将来[J]. 何新华,段英华,陈应龙,徐明岗.  中国科学:生命科学. 2012(06)
[10]松茸多糖对不同肿瘤细胞系的体外抗肿瘤作用[J]. 张治业.  山东医药. 2011(13)

硕士论文
[1]香菇子实体生长过程中的转录组学分析[D]. 王莹珠.东北师范大学 2018
[2]四川省野生大型真菌遗传多样性研究[D]. 王盼盼.西华师范大学 2016
[3]松茸多糖（TMP-A）体外免疫调节活性研究[D]. 李健.西华师范大学 2016
[4]食用菌呈香呈味物质分析及制备工艺研究[D]. 谷镇.上海师范大学 2012



本文编号：3170170