菊花响应白色锈病病原菌的转录组和表达谱分析
发布时间：2021-05-27 12:20
菊花在世界范围内是重要的观赏植物种类,广泛应用于切花、盆花及城市景观绿化中。菊花白色锈病是菊花首要病害之一,在多个国家被列为检疫性病害。菊花白色锈病不仅严重的影响菊花的栽培生产和推广应用,还限制了它的产量和分布。目前,对菊花抗白色锈病的分子机理研究较少,本研究利用RNA-Seq技术对菊花响应白色锈病病原菌侵染的转录组和数字基因表达谱进行分析,筛选表达有差异的基因进行功能注释和代谢途径分析。取得以下主要研究结果：分别采用CTAB法、Trizol法、改良Trizol法和试剂盒法4种方法对菊花叶片总RNA进行提取试验,并对提取质量进行分析比较。结果表明,CTAB法提取的总RNA存在DNA污染。Trizol法提取的总RNA条带复杂,有蛋白等杂质污染。改良Trizol法提取的总RNA条带清晰,但RNA存在降解。试剂盒法提取的总RNA条带清晰,纯度更高,OD260/OD28O为1.889,浓度为144.000μg/mL,是一种适合于菊花叶片总RNA提取的简单、高效的方法。利用Illumina HiSeqTM 2000对菊花抗（C029）、感（C008）品种的4个样品（R0、 R1、S0、S1）进行...
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 菊花白色锈病的研究进展
1.1.1 菊花白色锈病的危害及分布
1.1.2 菊花白色锈病的症状及发病规律
1.1.3 菊花白色锈病抗病研究
1.1.4 菊花白色锈病的综合防治
1.2 RNA-Seq技术
1.2.1 转录组测序技术概述
1.2.2 转录组测序的应用
1.3 RNA提取方法概述
1.4 研究目的及意义
第二章 菊花叶片总RNA提取方法的比较研究
2.1 材料与方法
2.1.1 植物材料
2.1.2 主要试剂与仪器
2.1.3 试验方法
2.2 结果与分析
2.2.1 菊花叶片总RNA的完整性分析
2.2.2 菊花叶片总RNA的纯度分析
第三章 菊花响应白色锈病病原菌的转录组分析
3.1 材料与方法
3.1.1 材料
3.1.2 接菌处理和RNA提取
3.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装
3.1.4 基因功能注释
3.1.5 预测编码蛋白框CDS
3.1.6 SSR分析
3.2 结果与分析
3.2.1 RNA提取质量分析
3.2.2 测序结果和转录本拼接
3.2.3 基因功能注释
3.2.4 CDS预测
3.2.5 SSR分析结果
第四章 菊花响应白色锈病病原菌的表达谱构建及分析
4.1 材料与方法
4.1.1 材料
4.1.2 接菌处理和RNA提取
4.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装
4.1.4 测序结果统计
4.1.5 基因表达量分析
4.1.6 筛选差异表达的Unigene
4.1.7 差异基因表达模式聚类
4.1.8 差异表达Unigene的GO、Pathway显著性富集分析
4.1.9 qRT-PCR验证
4.2 结果与分析
4.2.1 测序结果统计
4.2.2 基因表达水平分析
4.2.3 基因差异表达分析
4.2.4 差异基因表达模式聚类
4.2.5 差异表达基因的GO富集分析
4.2.6 差异表达基因的pathway富集分析
4.2.7 qRT-PCR分析
第五章 结论与讨论
5.1 结论
5.2 讨论
5.2.1 高效提取总RNA
5.2.2 菊花转录组测序
5.2.3 菊花DREBa转录因子分析
5.2.4 苯丙烷类代谢途径分析
参考文献
附录
致谢
攻读学位期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]向日葵逆境应答转录因子DREB的克隆与表达分析[J]. 梁春波,黄绪堂,李岑,周菲,王文军,马军,陈惠荣,郭永利. 宁夏农林科技. 2015(07)
[2]月季响应黑斑病的早期差异表达基因分析[J]. 刘瑞峰,刘强,张非亚,袁晓娜,贾桂霞. 园艺学报. 2015(04)
[3]大豆胞囊线虫侵染诱导五寨黑豆早期的转录组分析[J]. 李海燕,王芳,段玉玺,陈立杰. 中国油料作物学报. 2015(02)
[4]硫色镰刀菌（Fusarium sulphureum）接种对抗病/易感品种马铃薯块茎苯丙烷代谢的影响比较[J]. 包改红,毕阳,李永才,王毅,王婷,唐瑛,马朝玲,白小东. 食品科学. 2015(06)
[5]茶树转录因子基因CsDREB-A4的克隆与温度胁迫响应的分析[J]. 刘志薇,熊洋洋,李彤,严雅君,韩洪润,吴致君,庄静. 茶叶科学. 2015(01)
[6]紫肉甘薯块根总RNA提取方法的评价[J]. 李霞,王欣,后猛,刘亚菊,闫会,李强,马代夫. 分子植物育种. 2015(01)
[7]低温胁迫下枇杷幼果转录组的De novo组装和功能注释[J]. 杨伟,龚荣高,石佳佳,赖静,廖明安,梁国鲁. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2014(08)
[8]盐胁迫下盐穗木差异表达基因的转录组信息分析[J]. 赵航,贾富强,张富春,王艳. 生物信息学. 2014(02)
[9]一种改良的云杉针叶总RNA提取方法[J]. 刘洁,江静怡,徐吉臣. 分子植物育种. 2014(03)
[10]刺山柑总RNA提取方法的比较研究[J]. 罗江,杨丽娟,崔浩然,马春晖. 北方园艺. 2014(05)
博士论文
[1]水稻Pid3抗病基因介导稻瘟病免疫反应的转录组分析[D]. 庞志乾.中国科学院北京基因组研究所 2013
[2]菊花‘神马’花芽分化期的数字基因表达谱及关键基因的克隆和表达分析[D]. 孙霞.山东农业大学 2013
[3]胡杨干旱响应转录组及NF-YB基因表达谱[D]. 严东辉.北京林业大学 2013
[4]甘菊成花相关基因表达模式和功能的研究[D]. 王翊.北京林业大学 2013
[5]棉花黄萎病菌诱导陆地棉和野生棉差异表达分析及抗病相关基因克隆[D]. 赵付安.河南大学 2012
[6]菊花白锈病综合防治及菊花抗病相关基因研究[D]. 王顺利.北京林业大学 2008
[7]小麦抗逆相关的ERF转录因子基因及功能基因的克隆与表达特性研究[D]. 闵东红.西北农林科技大学 2006
硕士论文
[1]日本结缕草在机械损伤胁迫下的转录组测序及分析[D]. 李亚超.北京林业大学 2015
[2]菊花开花抑制基因CmEMF基因的克隆及其表达分析[D]. 温立柱.山东农业大学 2013
[3]小麦抗赤霉病近等基因系的转录组分析及抗病相关基因的克隆[D]. 杨在东.山东农业大学 2013
[4]基于RNA-Seq技术的国产沉香转录组测序及数字基因表达谱分析[D]. 吴宏清.江西农业大学 2013
[5]陆地棉抗病自交系在黄萎病菌诱导下的转录组测序研究[D]. 王春晖.中国农业科学院 2013
[6]菊花蚜虫抗性相关基因表达谱分析及microRNA发掘[D]. 邵亚峰.南京农业大学 2013
[7]黄瓜苯丙烷类代谢关键酶活性及基因表达的研究[D]. 孟雪娇.哈尔滨师范大学 2011
[8]小麦响应赤霉病菌的表达谱分析与禾谷镰刀菌胞外蛋白的研究[D]. 闫美.山东农业大学 2011
本文编号：3207554
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 菊花白色锈病的研究进展
1.1.1 菊花白色锈病的危害及分布
1.1.2 菊花白色锈病的症状及发病规律
1.1.3 菊花白色锈病抗病研究
1.1.4 菊花白色锈病的综合防治
1.2 RNA-Seq技术
1.2.1 转录组测序技术概述
1.2.2 转录组测序的应用
1.3 RNA提取方法概述
1.4 研究目的及意义
第二章 菊花叶片总RNA提取方法的比较研究
2.1 材料与方法
2.1.1 植物材料
2.1.2 主要试剂与仪器
2.1.3 试验方法
2.2 结果与分析
2.2.1 菊花叶片总RNA的完整性分析
2.2.2 菊花叶片总RNA的纯度分析
第三章 菊花响应白色锈病病原菌的转录组分析
3.1 材料与方法
3.1.1 材料
3.1.2 接菌处理和RNA提取
3.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装
3.1.4 基因功能注释
3.1.5 预测编码蛋白框CDS
3.1.6 SSR分析
3.2 结果与分析
3.2.1 RNA提取质量分析
3.2.2 测序结果和转录本拼接
3.2.3 基因功能注释
3.2.4 CDS预测
3.2.5 SSR分析结果
第四章 菊花响应白色锈病病原菌的表达谱构建及分析
4.1 材料与方法
4.1.1 材料
4.1.2 接菌处理和RNA提取
4.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装
4.1.4 测序结果统计
4.1.5 基因表达量分析
4.1.6 筛选差异表达的Unigene
4.1.7 差异基因表达模式聚类
4.1.8 差异表达Unigene的GO、Pathway显著性富集分析
4.1.9 qRT-PCR验证
4.2 结果与分析
4.2.1 测序结果统计
4.2.2 基因表达水平分析
4.2.3 基因差异表达分析
4.2.4 差异基因表达模式聚类
4.2.5 差异表达基因的GO富集分析
4.2.6 差异表达基因的pathway富集分析
4.2.7 qRT-PCR分析
第五章 结论与讨论
5.1 结论
5.2 讨论
5.2.1 高效提取总RNA
5.2.2 菊花转录组测序
5.2.3 菊花DREBa转录因子分析
5.2.4 苯丙烷类代谢途径分析
参考文献
附录
致谢
攻读学位期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]向日葵逆境应答转录因子DREB的克隆与表达分析[J]. 梁春波,黄绪堂,李岑,周菲,王文军,马军,陈惠荣,郭永利. 宁夏农林科技. 2015(07)
[2]月季响应黑斑病的早期差异表达基因分析[J]. 刘瑞峰,刘强,张非亚,袁晓娜,贾桂霞. 园艺学报. 2015(04)
[3]大豆胞囊线虫侵染诱导五寨黑豆早期的转录组分析[J]. 李海燕,王芳,段玉玺,陈立杰. 中国油料作物学报. 2015(02)
[4]硫色镰刀菌（Fusarium sulphureum）接种对抗病/易感品种马铃薯块茎苯丙烷代谢的影响比较[J]. 包改红,毕阳,李永才,王毅,王婷,唐瑛,马朝玲,白小东. 食品科学. 2015(06)
[5]茶树转录因子基因CsDREB-A4的克隆与温度胁迫响应的分析[J]. 刘志薇,熊洋洋,李彤,严雅君,韩洪润,吴致君,庄静. 茶叶科学. 2015(01)
[6]紫肉甘薯块根总RNA提取方法的评价[J]. 李霞,王欣,后猛,刘亚菊,闫会,李强,马代夫. 分子植物育种. 2015(01)
[7]低温胁迫下枇杷幼果转录组的De novo组装和功能注释[J]. 杨伟,龚荣高,石佳佳,赖静,廖明安,梁国鲁. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2014(08)
[8]盐胁迫下盐穗木差异表达基因的转录组信息分析[J]. 赵航,贾富强,张富春,王艳. 生物信息学. 2014(02)
[9]一种改良的云杉针叶总RNA提取方法[J]. 刘洁,江静怡,徐吉臣. 分子植物育种. 2014(03)
[10]刺山柑总RNA提取方法的比较研究[J]. 罗江,杨丽娟,崔浩然,马春晖. 北方园艺. 2014(05)
博士论文
[1]水稻Pid3抗病基因介导稻瘟病免疫反应的转录组分析[D]. 庞志乾.中国科学院北京基因组研究所 2013
[2]菊花‘神马’花芽分化期的数字基因表达谱及关键基因的克隆和表达分析[D]. 孙霞.山东农业大学 2013
[3]胡杨干旱响应转录组及NF-YB基因表达谱[D]. 严东辉.北京林业大学 2013
[4]甘菊成花相关基因表达模式和功能的研究[D]. 王翊.北京林业大学 2013
[5]棉花黄萎病菌诱导陆地棉和野生棉差异表达分析及抗病相关基因克隆[D]. 赵付安.河南大学 2012
[6]菊花白锈病综合防治及菊花抗病相关基因研究[D]. 王顺利.北京林业大学 2008
[7]小麦抗逆相关的ERF转录因子基因及功能基因的克隆与表达特性研究[D]. 闵东红.西北农林科技大学 2006
硕士论文
[1]日本结缕草在机械损伤胁迫下的转录组测序及分析[D]. 李亚超.北京林业大学 2015
[2]菊花开花抑制基因CmEMF基因的克隆及其表达分析[D]. 温立柱.山东农业大学 2013
[3]小麦抗赤霉病近等基因系的转录组分析及抗病相关基因的克隆[D]. 杨在东.山东农业大学 2013
[4]基于RNA-Seq技术的国产沉香转录组测序及数字基因表达谱分析[D]. 吴宏清.江西农业大学 2013
[5]陆地棉抗病自交系在黄萎病菌诱导下的转录组测序研究[D]. 王春晖.中国农业科学院 2013
[6]菊花蚜虫抗性相关基因表达谱分析及microRNA发掘[D]. 邵亚峰.南京农业大学 2013
[7]黄瓜苯丙烷类代谢关键酶活性及基因表达的研究[D]. 孟雪娇.哈尔滨师范大学 2011
[8]小麦响应赤霉病菌的表达谱分析与禾谷镰刀菌胞外蛋白的研究[D]. 闫美.山东农业大学 2011
本文编号：3207554
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