多花水仙转录组分析及相关功能基因的研究
发布时间：2021-05-28 14:58
中国水仙（Narcissus tazetta var.chinensis）,石蒜科水仙属植物,是多花水仙（Narcissus tazettaL.）的一个变种。由于中国水仙品种较少、花色单一、育种资源匮乏等原因,传统育种方面进展很慢,改良中国水仙依然是广大研究者对水仙研究的重点之一。本研究主要分为两个部分:第一部分围绕’云香水仙’始花期转录组数据分析。第二部分主要围绕’漳州水仙’和’黄花水仙2号’WRKY基因的分子克隆,并通过qRT-PCR分析其在花朵呈现过程中的转录水平。本研究的开展对中国水仙花色育种及品种改良提供了一定的基因资源和理论基础。主要的研究成果如下:1.构建了’云香水仙’始花期花瓣和副冠转录组数据库本试验以’云香水仙’始花期花朵为材料进行转录组测序,在花瓣和副冠中分别获得52,862,192和51,330,652条total clean reads,组装成60,684 和 53,504 条unigene,后筛选得到8866个差异表达基因（DEGs）,其中2263个DEGs上调表达（399个DEGs仅在副冠中上调表达）,6603个DEGs下调表达（903个DEGs仅在花瓣中下...
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：106 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１?‘云香水仙’不同时期花色变化Ｙ１：花苞期；Ｙ２：花蕾期；Ｙ３：始花期；Ｙ４：盛花期??
３结果与分析??３．?１总ＲＮＡ的电泳图与质量检测??图２－４为试验所提取的花瓣和副冠总ＲＮＡ，经１％的琼脂糖凝胶电泳后核酸??染料染色后，２８Ｓ和１８Ｓ条带清晰且２８Ｓ亮度为１８Ｓ的两倍，表明基本除去酚??类、蛋白质和多糖等杂质污染。〇Ｄ２６〇／ＯＤ２８〇介于１．８？２．０间，表明，ＲＮＡ的完整??性较好，可以满足ＲＮＡ－Ｓｅｑ测序的要求。??Ｍｌ?Ｍ?２??ＪＭｉ??ｉ２Ｓｓ??７５〇ｂｐ?｝??５〇〇ｂＰ??，（，〇ｂｐｔ??Ｍ：Ｉ）Ｌ２０Ｗ?ｍａｒｋｅｒ；〗：始花期花鍬（Ｙ３Ｐ?）?ＲＮＡ；?２：始?＃：??Ｍ：?ＤＬ２０００?ｍａｒｋｅｒ：?Ｉ：?ＲＸＡ?ｏｆ?Ｙ３Ｐ；?２：?ＲＮＡ?ｏｆＹ３Ｃ．??图２－２?４云香水仙’总ＲＮＡ电泳图??Ｆｉｇ．２－２?Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｏｆ?ｏｆ?Ｙｕｎｘｉａｎｇ?ｖａｒｉｅｔｙ，?Ｎ．?Ｔａｚｅｔｔａ??３．?２产量统计和组装结果分析??通过Ｉｌ］ＵｍｉｎａＨｉＳｅｑ２０００平台测序，试验共获得花瓣和副冠两个转录组文库，??两个文库分别产出?５２，８６２，１９２?和?５１，３３０，６５２?条?ｃｌｅａｎｒｅａｄｓ，Ｑ２０ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ?大于??１５??
第二章‘云香水仙’始花期花色转录组分析??使用这个标准，转录组总共获得８，８６６个ＤＥＧｓ，其中２２６３和６６０３个基因分别??上调和下调表达（图２－３），３９９个ＤＥＧｓ仅在副冠中差异表达，９０３个ＤＥＧｓ仅??在花瓣中差异表达。??Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?Ｌｅｖｅｌ?Ｙ３Ｐ?ｖｓ?Ｙ３Ｃ??６????ｒ?ＦＤＲ?＜?０．００１?ＡＮＤ?｜ｌｏｇ２Ｒａｔｉｏ｜?＞?１??５?？?■?ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ??９?ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?？?？？?？？??４?＊?■?Ｎｏｔ?ＤＥＧｓ?．?＇、．??３?？?？?．?？’??ｉ：?ｉ?Ｊｐ＇??２?￣３－????Ｏｌ??°?－４?－?１．?，?Ｌ?，，?，??…＿??＾３?＾２?＂Ｂ?＾?２?＾?Ａ?Ｓ?６??ｌｏｇｌ０（Ｙ３Ｐ?ＦＰＫＭ）??图２－３?‘云香水仙’花瓣和副冠差异表达基因分布图Ｙ３Ｐ：始花期花瓣；Ｙ３Ｃ：始花期副??冠。??Ｆｉｇ．?２－３?Ｔｈｅ?Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｙｕｎｘｉａｎｇ?ｖａｒｉｅｔｙ
【参考文献】：
期刊论文
[1]莲NnFUL基因克隆、亚细胞定位及表达分析[J]. 陈岳,张微微,田代科,王金刚. 上海农业学报. 2015(04)
[2]多花水仙WRKY转录因子的克隆与序列分析[J]. 李欢,何炎森,李科,申艳红,吴用,陈晓静. 热带作物学报. 2014(12)
[3]花青素积累相关负调控因子的研究进展[J]. 杨琳,王宇,杨剑飞,李玉花. 园艺学报. 2014(09)
[4]植物非生物胁迫相关的WRKY转录因子研究进展[J]. 冉昆,王少敏,魏树伟,王宏伟. 青岛农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[5]拟南芥AtTTG1基因的克隆及用于转化花生的MAR调控表达载体构建[J]. 陈湘瑜,郑国栋,黄金堂,庄伟建. 花生学报. 2014(02)
[6]油桐花芽2个不同发育时期转录组分析[J]. 孙颖,谭晓风,罗敏,李建安. 林业科学. 2014(05)
[7]转录组测序技术在玉米中的应用研究进展[J]. 许波,张伟强,冯晓曦,王成业,张海申,许海涛,王友华,张今瀚. 玉米科学. 2014(01)
[8]中国水仙NtBCH基因的克隆及LCYE RNAi与反义BCH双价植物表达载体的构建[J]. 廖正平,郑益平,罗鹏,吴雪琴,曾黎辉. 热带作物学报. 2013(12)
[9]多花水仙花朵全长cDNA文库的构建[J]. 鲁娜,陈晓静,申艳红,何玮毅. 福建农林大学学报(自然科学版). 2013(05)
[10]棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析[J]. 李锡花,吴嫚,于霁雯,张金发,范术丽,宋美珍,庞朝友,喻树迅. 棉花学报. 2013(03)
博士论文
[1]多花水仙花色相关基因的分离及功能分析[D]. 何炎森.福建农林大学 2013
[2]基于SAQPCR的转基因拷贝数鉴定及基于转基因的MrMYB1功能分析[D]. 黄玉吉.浙江大学 2013
硕士论文
[1]漳州水仙鳞茎盘转录组分析及类黄酮合成途径基因的表达[D]. 罗鹏.福建农林大学 2014
[2]多花水仙花色相关基因的克隆与cDNA文库的构建[D]. 鲁娜.福建农林大学 2013
[3]多花水仙类黄酮生物合成相关酶基因的克隆与表达分析[D]. 蔡雪玲.福建农林大学 2012
[4]多花水仙类胡萝卜素生物合成途径部分酶基因的克隆与分析[D]. 叶一江.福建农林大学 2012
[5]彩色玉米籽粒中参与花青素合成基因的表达分析[D]. 亓燕红.山东农业大学 2011
[6]重组类胡萝卜素合成相关酶的纯化及紫外线对烟草Ggps基因表达的影响[D]. 刘敏.山东师范大学 2007
本文编号：3208255
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：106 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１?‘云香水仙’不同时期花色变化Ｙ１：花苞期；Ｙ２：花蕾期；Ｙ３：始花期；Ｙ４：盛花期??
３结果与分析??３．?１总ＲＮＡ的电泳图与质量检测??图２－４为试验所提取的花瓣和副冠总ＲＮＡ，经１％的琼脂糖凝胶电泳后核酸??染料染色后，２８Ｓ和１８Ｓ条带清晰且２８Ｓ亮度为１８Ｓ的两倍，表明基本除去酚??类、蛋白质和多糖等杂质污染。〇Ｄ２６〇／ＯＤ２８〇介于１．８？２．０间，表明，ＲＮＡ的完整??性较好，可以满足ＲＮＡ－Ｓｅｑ测序的要求。??Ｍｌ?Ｍ?２??ＪＭｉ??ｉ２Ｓｓ??７５〇ｂｐ?｝??５〇〇ｂＰ??，（，〇ｂｐｔ??Ｍ：Ｉ）Ｌ２０Ｗ?ｍａｒｋｅｒ；〗：始花期花鍬（Ｙ３Ｐ?）?ＲＮＡ；?２：始?＃：??Ｍ：?ＤＬ２０００?ｍａｒｋｅｒ：?Ｉ：?ＲＸＡ?ｏｆ?Ｙ３Ｐ；?２：?ＲＮＡ?ｏｆＹ３Ｃ．??图２－２?４云香水仙’总ＲＮＡ电泳图??Ｆｉｇ．２－２?Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｏｆ?ｏｆ?Ｙｕｎｘｉａｎｇ?ｖａｒｉｅｔｙ，?Ｎ．?Ｔａｚｅｔｔａ??３．?２产量统计和组装结果分析??通过Ｉｌ］ＵｍｉｎａＨｉＳｅｑ２０００平台测序，试验共获得花瓣和副冠两个转录组文库，??两个文库分别产出?５２，８６２，１９２?和?５１，３３０，６５２?条?ｃｌｅａｎｒｅａｄｓ，Ｑ２０ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ?大于??１５??
第二章‘云香水仙’始花期花色转录组分析??使用这个标准，转录组总共获得８，８６６个ＤＥＧｓ，其中２２６３和６６０３个基因分别??上调和下调表达（图２－３），３９９个ＤＥＧｓ仅在副冠中差异表达，９０３个ＤＥＧｓ仅??在花瓣中差异表达。??Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?Ｌｅｖｅｌ?Ｙ３Ｐ?ｖｓ?Ｙ３Ｃ??６????ｒ?ＦＤＲ?＜?０．００１?ＡＮＤ?｜ｌｏｇ２Ｒａｔｉｏ｜?＞?１??５?？?■?ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ??９?ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?？?？？?？？??４?＊?■?Ｎｏｔ?ＤＥＧｓ?．?＇、．??３?？?？?．?？’??ｉ：?ｉ?Ｊｐ＇??２?￣３－????Ｏｌ??°?－４?－?１．?，?Ｌ?，，?，??…＿??＾３?＾２?＂Ｂ?＾?２?＾?Ａ?Ｓ?６??ｌｏｇｌ０（Ｙ３Ｐ?ＦＰＫＭ）??图２－３?‘云香水仙’花瓣和副冠差异表达基因分布图Ｙ３Ｐ：始花期花瓣；Ｙ３Ｃ：始花期副??冠。??Ｆｉｇ．?２－３?Ｔｈｅ?Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｙｕｎｘｉａｎｇ?ｖａｒｉｅｔｙ
【参考文献】：
期刊论文
[1]莲NnFUL基因克隆、亚细胞定位及表达分析[J]. 陈岳,张微微,田代科,王金刚. 上海农业学报. 2015(04)
[2]多花水仙WRKY转录因子的克隆与序列分析[J]. 李欢,何炎森,李科,申艳红,吴用,陈晓静. 热带作物学报. 2014(12)
[3]花青素积累相关负调控因子的研究进展[J]. 杨琳,王宇,杨剑飞,李玉花. 园艺学报. 2014(09)
[4]植物非生物胁迫相关的WRKY转录因子研究进展[J]. 冉昆,王少敏,魏树伟,王宏伟. 青岛农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[5]拟南芥AtTTG1基因的克隆及用于转化花生的MAR调控表达载体构建[J]. 陈湘瑜,郑国栋,黄金堂,庄伟建. 花生学报. 2014(02)
[6]油桐花芽2个不同发育时期转录组分析[J]. 孙颖,谭晓风,罗敏,李建安. 林业科学. 2014(05)
[7]转录组测序技术在玉米中的应用研究进展[J]. 许波,张伟强,冯晓曦,王成业,张海申,许海涛,王友华,张今瀚. 玉米科学. 2014(01)
[8]中国水仙NtBCH基因的克隆及LCYE RNAi与反义BCH双价植物表达载体的构建[J]. 廖正平,郑益平,罗鹏,吴雪琴,曾黎辉. 热带作物学报. 2013(12)
[9]多花水仙花朵全长cDNA文库的构建[J]. 鲁娜,陈晓静,申艳红,何玮毅. 福建农林大学学报(自然科学版). 2013(05)
[10]棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析[J]. 李锡花,吴嫚,于霁雯,张金发,范术丽,宋美珍,庞朝友,喻树迅. 棉花学报. 2013(03)
博士论文
[1]多花水仙花色相关基因的分离及功能分析[D]. 何炎森.福建农林大学 2013
[2]基于SAQPCR的转基因拷贝数鉴定及基于转基因的MrMYB1功能分析[D]. 黄玉吉.浙江大学 2013
硕士论文
[1]漳州水仙鳞茎盘转录组分析及类黄酮合成途径基因的表达[D]. 罗鹏.福建农林大学 2014
[2]多花水仙花色相关基因的克隆与cDNA文库的构建[D]. 鲁娜.福建农林大学 2013
[3]多花水仙类黄酮生物合成相关酶基因的克隆与表达分析[D]. 蔡雪玲.福建农林大学 2012
[4]多花水仙类胡萝卜素生物合成途径部分酶基因的克隆与分析[D]. 叶一江.福建农林大学 2012
[5]彩色玉米籽粒中参与花青素合成基因的表达分析[D]. 亓燕红.山东农业大学 2011
[6]重组类胡萝卜素合成相关酶的纯化及紫外线对烟草Ggps基因表达的影响[D]. 刘敏.山东师范大学 2007
本文编号：3208255
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