江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的转录组分析

发布时间：2021-06-14 22:59

　　【目的】探究江西铅山红芽芋对超低温疗法脱毒的转录组响应机制,为江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的规模化应用奠定理论依据。【方法】以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗（VF组）和江西铅山红芽芋超低温疗法带毒苗（V组）试验材料进行转录组比较分析。【结果】VF组Clean reads为42 406 188,GC含量为54.09%;V组Clean reads为46 818 060,GC含量为50.36%。VF组和V组表达量FPKM的对数值在0～2,表达量密度在0～0.8。VF组和V组表达的共有基因数为23 820,V组单独表达的基因数为10 298,VF组单独表达的基因数为4 477。VF组和V组表达量的相关系数为0.287,样本间相关性较差。VF组和V组共产生差异表达基因5 282个,与V组比较,VF组上调基因3 011,下调基因2 271。GO富集分析显示,差异基因主要注释到过氧化氢分解过程、过氧化氢代谢过程、一元羧酸生物合成过程、多糖分解代谢过程、金属离子输运、细胞外区、细胞壁、外部封装结构、膜的固有成分、质膜固有成分、核酸结合转录因子活性、序列特异性DNA结合转录因子活性、单加氧酶活性、铁离... 

【文章来源】：福建农业学报. 2020,35(10)北大核心CSCD

【文章页数】：13 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 Illumina Hiseq测序
        1.2.3 数据分析
        1.2.4 差异基因的q RT-PCR验证
2 结果与分析
    2.1 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗测序数据产出分析
    2.2 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗测序数据与组装结果
    2.3 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗表达量分析
    2.4 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗表达量样本间Venn分析
    2.5 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗表达量样本间相关性分析
    2.6 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗差异表达分析
    2.7 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗差异表达基因GO富集分析
    2.8 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗差异表达基因KEGG注释
    2.9 江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗相关差异表达基因的q RT-PCR分析验证
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]丝氨酸/甘氨酸代谢在肿瘤中的研究进展[J]. 马瑞肖,张慧杰,李馨慧,张淑兰.  现代肿瘤医学. 2020(06)
[2]苹果茎尖超低温脱毒体系的建立[J]. 李艳林,渠慎春,栾雨婷,高志红.  分子植物育种. 2019(09)
[3]脱毒红芽芋试管芋盆栽种植的农艺性状分析[J]. 邓接楼,曹昊玮,李玲,方加军,肖慈生,肖月土.  分子植物育种. 2019(22)
[4]冷冻胁迫转金柑MLP2–1基因拟南芥的转录组测序和代谢通路[J]. 滕进婧,李梦芸,郭纯,何莹,乔克威,杨华.  湖南农业大学学报(自然科学版). 2018(04)
[5]杂交兰种苗超低温脱毒技术研究[J]. 李涵,陆琳,瞿素萍,田敏,邹凌,李慧敏,黎霞,曹桦.  中国农业科技导报. 2018(01)
[6]植物类病毒脱除技术进展[J]. 胡国君,董雅凤,张尊平,范旭东,任芳,周俊.  植物保护学报. 2017(02)
[7]铅山红芽芋产业发展概况[J]. 余志平,林海红,余俊红,曾广恒,洪岳善,黄新芳.  长江蔬菜. 2016(20)
[8]举全县之力打,造铅山红芽芋支柱产业[J]. 山娜,杨文俊,李斌.  长江蔬菜. 2016(04)
[9]红芽芋的丛生芽诱导和再生体系建立[J]. 江芹,廖华俊,董玲,陈静娴,宁志怨,李卫文,许晓婷.  分子植物育种. 2015(03)
[10]红芽芋营养成分分析及评价[J]. 姜绍通,程元珍,郑志,潘丽军.  食品科学. 2012(11)

硕士论文
[1]百子莲胚性愈伤组织超低温保存中钙离子的分布变化及逆境应答机制初探[D]. 何广深.上海交通大学 2014



本文编号：3230387