基于rpl20-rps12序列的中国悬钩子属植物系统发育初步研究

发布时间：2021-07-14 12:30

　　悬钩子属（Rubus L.）是蔷薇科（Rosaceae）中的一个大属,全世界已知750-1000种,其分布范围广泛。中国是悬钩子属植物的重要分布中心之一,现有悬钩子属植物201种98变种,其中特有种138种,包含于8组24个亚组,其野生树莓资源极其丰富,很多种质具有较大育种潜力。但长期以来树莓所属的悬钩子属分类和系统发育关系还存在较大分歧,该属植物种类多,变异大,且通过无融合生殖、杂交等产生大量多倍体,致使类群错综复杂,很多种的分类和系统位置都存在异议,影响了对优良野生树莓种质的育种利用。因此,本研究用悬钩子属107份材料试材,利用叶绿体DNA的非编码区基因间隔区rpl20-rps12序列进行测序分析,并构建系统发育树,探讨中国悬钩子属植物的系统发育问题。主要的研究结果如下：1中国悬钩子属植物叶绿体基因rpl20-rps12序列特征。中国悬钩子属植物叶绿体基因rpl20-rps12序列为长度为772 bp。所测得的基因序列（外类群除外）组成C、 T、A、G平均含量分别为19.5%、36.1%、29.5%、14.9%,其A+T、C+G含量平均值分别为66.0%、34.0%,A+T含量明显... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

部分树碑样品DNA电泳检洲结果

采用改良的ＣＴＡＢ法提取悬钩子属植物基因组ＤＮＡ，电泳检测如图１所示。经??核酸蛋白仪测定，基因组ＤＮＡ浓度约为５００？８００?ｎｇ？冲１，纯度为〇ｍ６０／２８０＝ｌ．８￣２．０，??满足ＤＮＡ序列扩增要求。??图１部分树霉样品ＤＮＡ电泳检测结果??Ｆｉｇ．?１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ｓｏｍｅ?Ｒｕｂｕｓ?ｔａｘａ??３．２?７７？／２０－／７？５ｉ２序列扩增及测序??本实验参照Ｈａｍ化ｏｍｔ８４堪用ｒｐ口０－ｒｐｓｌ２引物对所有试验材料的的２０－ＷＳ１２区域??进行ＰＣ民扩增。本实验的ＰＣＲ体系采用引物、ｄｃｆｆｌｂＯ、Ｍｉｘ和ＤＮＡ模板混合组成，??其中？０１管单管体系为２５曲由ｄｄＨ２〇８．５＾ｉｌ、Ｍｉｘｌ２．５｜ｉｋ正反引物伴］４１１１６［？１叫、??Ｐｒｉｍｅｒ民１叫）、模板ＤＮＡ２叫组成。得到如图２所示的扩增结果，图中表现为条带清??晰，无非特异性扩增现象，则扩增结果满足测序要求。??

Ｃ＋Ｇ含量，表明如２０－ＷＳ１２序列的碱基组成有明显的Ａ＋Ｔ含量偏向性，??ＤＡＭＢＥ分析表明，ｒｆＯＯ－巧ｓｌ２序列的转换与颠换偏向比与Ｆ８４遗传距离大致呈??线性关系（图３），说明该序列在悬钩子属植物中变异未饱和，可用于系统发育树构??建。基于ＡＩＣ选择的Ｗ／２０－ＷＳ１２最优进化模型为ＧＴＲ＋ｈＧ?（表２），这些参数估计??结果将直接用于ＭＬ和ＢＩ树的模型参数设置。??〇’〇３２?Ｘ?Ｓ?转换ｔｒａｎｓＵｉｏｎｓ．Ｔｓ??Ａ?■＇?巧巧Ｔｖ??０．０２７?－?ｍｍｍ?钱控（時换ｔｒ細ｓｉＵ〇ｎｓ＞Ｔｓ）?卢（知户？??！。．＂６－??—??０．?０００＾＾－—：——．——ｉ——ｉ——．??０，００００?０．００％?０．０１?洗?０．０２９４?０．的９３?０．０４９１?０．０５朗??Ｆ８４?ｄｉｓｔａｎｃｅ??图３?Ｗｌ２０－ｒ／ｗｌ２序列饱和性检测结果??Ｆｉｇ．?３?Ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ?ｓａ化ｒａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?巧口０－／７７《１２??２０??

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3284151