黑木耳实时荧光定量PCR内参基因的筛选

发布时间：2021-09-25 17:42

　　黑木耳Auricularia heimuer是我国主要栽培的食用菌之一,具有较高的经济价值和生态价值。本研究以黑木耳不同菌株（A14、A137和A12）和不同生育期的样品（菌丝体、原基和子实体）为实验材料,提取RNA,反转录成cDNA,在全基因组注释结果的基础上,选择12个候选内参基因（APRTase、β-TUB、RPL2、EF-1a、EF-2、PGI、PGM、H⁺-ATPase、Tspd、TUB-1a、18S rRNA和28S rRNA）并设计跨内含子的引物,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术进行扩增,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和ΔCt算法以及综合评价软件RefFinder,筛选适宜的内参基因。结果表明18S rRNA、β-TUB、EF1-a和28S rRNA适宜作为不同菌株的内参基因,APRTase、18S rRNA和28S rRNA适宜作为不同生育期的内参基因。 

【文章来源】：菌物学报. 2020,39(08)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

Ct值分布箱形图

geNorm软件通过计算稳定参数M值评价候选内参基因的表达稳定性，M值小于1.5的基因适合作为内参基因使用（吴建阳等2017）。在不同菌株处理中，符合上述条件的基因表达稳定性依次为28S rRNA>APRTase>18S rRNA>β-TUB>EF1-a；在不同生育期的处理中，符合上述条件的基因表达稳定性依次为APRTase>28S rRNA>18S rRNA（图3）。2.3.3 NormFinder分析：

BestKeeper软件根据各内参基因Ct值的标准差（stardand deviaton,SD）和变异系数（coefficient of variation,CV）的大小衡量内参基因的表达稳定性。标准差和变异系数越小，基因的表达稳定性越好（郑丽洁等2017）。在不同菌株处理中，EF-1a的CV±SD最小，表达稳定性最好；在不同生育期处理中，PGM表达稳定性最好（表3）。2.4 内参基因组合数分析

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3410166