花魔芋花芽和叶芽的转录组分析
发布时间：2021-09-27 19:42
魔芋是天南星科多年生草本植物,特有的魔芋葡甘露聚糖具有广泛的应用。然而魔芋生活周期较长,影响魔芋有性杂交育种工作的开展。针对魔芋花芽分化的机制尚不明确这一问题,本研究以花魔芋为试验材料,用二代测序技术对花芽和叶芽进行转录组测序和基因功能分析,共获得61.03 Gb的数据,组装后得到184 366条Transcript和95 707条Unigene序列,其中29 685条Unigene注释成功,占全部Unigene的31.00%。差异基因表达分析发现,与花芽相比,叶芽中有781个基因的表达上调,1 822个基因的表达下调。KEGG信号通路分析发现,35个基因参与植物激素信号转导通路,暗示激素可能在花芽和叶芽的分化过程中发挥重要作用。本研究为深入开展魔芋花芽分化的分子机制研究提供了一定的理论基础。
【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
差异表达基因分析
随着高通量测序技术的发展，转录组测序在研究功能基因组学、探究代谢途径等方面发挥着重要作用(刘红亮等,2013;Liu et al.,2013)。本研究在没有参考基因组的情况下，对花魔芋和花芽和叶芽进行转录组测序及分析，共获得了61.03 Gb的数据，Transcript和Unigene的N50分别为2 216 bp和1 442 bp,Q30碱基百分比均不小于89.66%，组装效果较为理想。在后续的分析中鉴定出6种类型的SSR标记和2 603个差异表达基因，其中1 822个基因在花芽中表达上调。GO功能分析和KEGG代谢通路分析发现，差异表达基因较集中在淀粉和蔗糖代谢通路以及植物激素信号转导通路。本研究数据丰富了魔芋转录组数据库，为进一步研究魔芋花芽和叶芽分化及其分子机制提供了一定的基础。3 材料与方法
将冻存样品在液氮中研磨，用TRIzol Reagent(Invitrogen,美国)提取总RNA，分别采用Nanodrop2 000和琼脂糖凝胶电泳检测RNA样品的纯度和质量。样品检测合格后，构建文库，并用Q-PCR方法对文库的质量进行检验，检验合格后用Illumina Hi Seq2 000进行高通量测序。3.3 测序数据处理
【参考文献】：
期刊论文
[1]DELLA proteins interact with FLC to repress flowering transition[J]. Mingzhe Li,Fengying An,Wenyang Li,Mengdi Ma,Ying Feng,Xing Zhang,Hongwei Guo. Journal of Integrative Plant Biology. 2016(07)
[2]油橄榄成花诱导与花芽分化期间侧芽内源激素含量变化[J]. 朱振家,姜成英,史艳虎,陈炜青,陈年来,赵梦炯,吴文俊. 林业科学. 2015(11)
[3]枣花分化发育过程及其内源激素动态研究[J]. 牛辉陵,张洪武,边媛,李新岗. 园艺学报. 2015(04)
[4]植物开花调控途径[J]. 刘永平,杨静,杨明峰. 生物工程学报. 2015(11)
[5]新梢内源激素变化对设施葡萄花芽孕育的影响[J]. 王海波,赵君全,王孝娣,史祥宾,王宝亮,郑晓翠,刘凤之. 中国农业科学. 2014(23)
[6]外源GA3对魔芋成花效应及育性的探讨[J]. 李勇军,王玲,马继琼,尹桂芳,陈建华,孙道旺. 西南农业学报. 2014(05)
[7]拟南芥开花时间调控的分子基础[J]. 张艺能,周玉萍,陈琼华,黄小玲,田长恩. 植物学报. 2014(04)
[8]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[9]魔芋葡甘聚糖研究进展[J]. 罗清楠,赵国华,庞杰,吴春华,邓海临. 食品与发酵工业. 2011(06)
[10]魔芋属植物开花的研究进展[J]. 李川,王军,崔鸣. 中国农学通报. 2011(10)
硕士论文
[1]茶树花芽分化及花器官发育的形态学研究[D]. 张逸.陕西师范大学 2012
本文编号：3410511
【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
差异表达基因分析
随着高通量测序技术的发展，转录组测序在研究功能基因组学、探究代谢途径等方面发挥着重要作用(刘红亮等,2013;Liu et al.,2013)。本研究在没有参考基因组的情况下，对花魔芋和花芽和叶芽进行转录组测序及分析，共获得了61.03 Gb的数据，Transcript和Unigene的N50分别为2 216 bp和1 442 bp,Q30碱基百分比均不小于89.66%，组装效果较为理想。在后续的分析中鉴定出6种类型的SSR标记和2 603个差异表达基因，其中1 822个基因在花芽中表达上调。GO功能分析和KEGG代谢通路分析发现，差异表达基因较集中在淀粉和蔗糖代谢通路以及植物激素信号转导通路。本研究数据丰富了魔芋转录组数据库，为进一步研究魔芋花芽和叶芽分化及其分子机制提供了一定的基础。3 材料与方法
将冻存样品在液氮中研磨，用TRIzol Reagent(Invitrogen,美国)提取总RNA，分别采用Nanodrop2 000和琼脂糖凝胶电泳检测RNA样品的纯度和质量。样品检测合格后，构建文库，并用Q-PCR方法对文库的质量进行检验，检验合格后用Illumina Hi Seq2 000进行高通量测序。3.3 测序数据处理
【参考文献】：
期刊论文
[1]DELLA proteins interact with FLC to repress flowering transition[J]. Mingzhe Li,Fengying An,Wenyang Li,Mengdi Ma,Ying Feng,Xing Zhang,Hongwei Guo. Journal of Integrative Plant Biology. 2016(07)
[2]油橄榄成花诱导与花芽分化期间侧芽内源激素含量变化[J]. 朱振家,姜成英,史艳虎,陈炜青,陈年来,赵梦炯,吴文俊. 林业科学. 2015(11)
[3]枣花分化发育过程及其内源激素动态研究[J]. 牛辉陵,张洪武,边媛,李新岗. 园艺学报. 2015(04)
[4]植物开花调控途径[J]. 刘永平,杨静,杨明峰. 生物工程学报. 2015(11)
[5]新梢内源激素变化对设施葡萄花芽孕育的影响[J]. 王海波,赵君全,王孝娣,史祥宾,王宝亮,郑晓翠,刘凤之. 中国农业科学. 2014(23)
[6]外源GA3对魔芋成花效应及育性的探讨[J]. 李勇军,王玲,马继琼,尹桂芳,陈建华,孙道旺. 西南农业学报. 2014(05)
[7]拟南芥开花时间调控的分子基础[J]. 张艺能,周玉萍,陈琼华,黄小玲,田长恩. 植物学报. 2014(04)
[8]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[9]魔芋葡甘聚糖研究进展[J]. 罗清楠,赵国华,庞杰,吴春华,邓海临. 食品与发酵工业. 2011(06)
[10]魔芋属植物开花的研究进展[J]. 李川,王军,崔鸣. 中国农学通报. 2011(10)
硕士论文
[1]茶树花芽分化及花器官发育的形态学研究[D]. 张逸.陕西师范大学 2012
本文编号：3410511
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3410511.html
