糙皮侧耳过氧化氢酶基因特征分析和功能研究
发布时间：2021-10-25 11:30
糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）是我国主栽食用菌之一,产量位居第三。糙皮侧耳从菌丝发育为子实体是一个复杂的过程,受到多种因素的调控;由于主要采用农业式栽培,夏季高温影响其产量和品质。过氧化氢酶（catalase,CAT）是分解H2O2最重要的酶,大量研究表明其参与真菌的胁迫响应和发育过程。由于食用菌的CAT研究较少,本研究利用组学和实验相结合的方法对糙皮侧耳的CAT开展了系统研究,主要结果如下:1.糙皮侧耳CAT序列的遗传变异、基因结构及进化地位:对糙皮侧耳CCMSSC03989进行了基因组从头测序,对CCMSSC00389的基因组组装进行了提升。糙皮侧耳的基因组上注释到两个CAT,命名为CAT-1（chr4）和CAT-2（chr10）。CAT-1和CAT-2基因区SNP的密度远大于基因组的平均水平,且CAT-1启动子区域存在大量的In/Del变异。CAT-1编码745个氨基酸,属于group II亚家族,CAT-2编码528个氨基酸,属于group III亚家族。CAT-1和CAT-2基因结构存在较大差异。2.糙皮侧耳CA...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
植物中ROS清除系统(Sofoetal.,2015)
2004)、ER (Mobley et al., 2004) 等转录因子是 CAT 转录的抑制因子。除此之AT 基因扩张、CAT 基因突变等）、表观遗传学（DNA 甲基化、乙酰化等）和转录A 稳定性等）也都会对 CAT 产生调控 (Glorieux et al., 2015)。年来，粗糙脉孢菌 CAT 转录调控机制的研究取得了一定的进展：CAT-3 基因上游区bp 富含 AT 的序列，这一区域中 H3K9me3 修饰及 HP1 蛋白大量富集，最终形成异AT-3 的表达 (Wang et al., 2016)；组蛋白变体 H2A.Z 可以通过 SWR1 复合体交换到区域从而抑制 CAT-3 基因的表达 (Dong et al., 2018)；转录因子 cpc1 可以结合在 C动子区域，随后招募组蛋白乙酰转移酶 GCN5 对该区域的蛋白进行乙酰化修饰，激录 (Qi et al., 2018)。组学技术在食用菌研究中的应用学工具可以提供细胞内分子、组织和器官的整体视图，主要研究某一环境条件下的因组学）、mRNA（转录组学）、蛋白合成（蛋白质组学）和代谢物（代谢组学），这被称为系统生物学（systems biology）（图 1-2） (T llez-T llez et al., 2019)。多组学利于某一生理过程的解析，组学技术在食用菌中的应用越来越广泛，下面主要围绕录组学做详细介绍。
业科学院博士学位论文 第二章 基于组学技术的糙皮侧耳过氧化氢酶特表 2-6 CCMSSC03989 基因组草图统计Table 2-6 Statistical analysis of the P. ostreatus CCMSSC03989 genome assemblies.tentsFinalScaffoldsNGS+BionanoHybridNGSAssembly Bionano Genomber of scaffolds/maps 94 203 825 246l length of scaffolds/maps (Mb) 34.73 34.76 36.42 33.69fold/map N50 (Kb) 2,851.2 1,109.40 432.52 138 ratio (%) 0.84 0.91 3.37 -ber of contigs 570 570 1,648 -l length of contigs (Mb) 34.45 34.45 35.19 -tig N50 (Kb) 191.92 191.92 126.35 -eat (%) 10.23 10.11 - -content (%) 50.47 50.49 50.90 -ber of protein-coding genes 10,696 10,936 - -rage coding gene length (bp) 1,571 1,743 - -
【参考文献】：
期刊论文
[1]Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly[J]. Hengyun Lu,Francesca Giordano,Zemin Ning. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2016(05)
[2]外源一氧化氮提高白灵侧耳菌丝耐热性生化途径分析[J]. 孟利娟,孔维威,邬向丽,刘秀明,黄晨阳,张金霞. 菌物学报. 2015(04)
[3]利用原生质体紫外诱变技术选育耐高温香菇菌株[J]. 王丽宁,赵妍,张宝粉,陈明杰. 微生物学通报. 2014(07)
博士论文
[1]热胁迫下糙皮侧耳菌丝体海藻糖代谢调控研究[D]. 雷敏.中国农业大学 2018
硕士论文
[1]铜(Cu2+)对糙皮侧耳生长发育的影响研究[D]. 卢娇娇.河南农业大学 2015
[2]低温胁迫下草菇抗氧化应答反应中关键酶的表达量变化及活性研究[D]. 姜威.南京农业大学 2014
[3]低温处理对阿魏菇菌丝体生理生化及营养积累的影响[D]. 张国良.新疆农业大学 2013
[4]环境胁迫下部分食用菌菌丝酶活性变化的研究[D]. 管道平.福建农林大学 2004
本文编号：3457308
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
植物中ROS清除系统(Sofoetal.,2015)
2004)、ER (Mobley et al., 2004) 等转录因子是 CAT 转录的抑制因子。除此之AT 基因扩张、CAT 基因突变等）、表观遗传学（DNA 甲基化、乙酰化等）和转录A 稳定性等）也都会对 CAT 产生调控 (Glorieux et al., 2015)。年来，粗糙脉孢菌 CAT 转录调控机制的研究取得了一定的进展：CAT-3 基因上游区bp 富含 AT 的序列，这一区域中 H3K9me3 修饰及 HP1 蛋白大量富集，最终形成异AT-3 的表达 (Wang et al., 2016)；组蛋白变体 H2A.Z 可以通过 SWR1 复合体交换到区域从而抑制 CAT-3 基因的表达 (Dong et al., 2018)；转录因子 cpc1 可以结合在 C动子区域，随后招募组蛋白乙酰转移酶 GCN5 对该区域的蛋白进行乙酰化修饰，激录 (Qi et al., 2018)。组学技术在食用菌研究中的应用学工具可以提供细胞内分子、组织和器官的整体视图，主要研究某一环境条件下的因组学）、mRNA（转录组学）、蛋白合成（蛋白质组学）和代谢物（代谢组学），这被称为系统生物学（systems biology）（图 1-2） (T llez-T llez et al., 2019)。多组学利于某一生理过程的解析，组学技术在食用菌中的应用越来越广泛，下面主要围绕录组学做详细介绍。
业科学院博士学位论文 第二章 基于组学技术的糙皮侧耳过氧化氢酶特表 2-6 CCMSSC03989 基因组草图统计Table 2-6 Statistical analysis of the P. ostreatus CCMSSC03989 genome assemblies.tentsFinalScaffoldsNGS+BionanoHybridNGSAssembly Bionano Genomber of scaffolds/maps 94 203 825 246l length of scaffolds/maps (Mb) 34.73 34.76 36.42 33.69fold/map N50 (Kb) 2,851.2 1,109.40 432.52 138 ratio (%) 0.84 0.91 3.37 -ber of contigs 570 570 1,648 -l length of contigs (Mb) 34.45 34.45 35.19 -tig N50 (Kb) 191.92 191.92 126.35 -eat (%) 10.23 10.11 - -content (%) 50.47 50.49 50.90 -ber of protein-coding genes 10,696 10,936 - -rage coding gene length (bp) 1,571 1,743 - -
【参考文献】：
期刊论文
[1]Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly[J]. Hengyun Lu,Francesca Giordano,Zemin Ning. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2016(05)
[2]外源一氧化氮提高白灵侧耳菌丝耐热性生化途径分析[J]. 孟利娟,孔维威,邬向丽,刘秀明,黄晨阳,张金霞. 菌物学报. 2015(04)
[3]利用原生质体紫外诱变技术选育耐高温香菇菌株[J]. 王丽宁,赵妍,张宝粉,陈明杰. 微生物学通报. 2014(07)
博士论文
[1]热胁迫下糙皮侧耳菌丝体海藻糖代谢调控研究[D]. 雷敏.中国农业大学 2018
硕士论文
[1]铜(Cu2+)对糙皮侧耳生长发育的影响研究[D]. 卢娇娇.河南农业大学 2015
[2]低温胁迫下草菇抗氧化应答反应中关键酶的表达量变化及活性研究[D]. 姜威.南京农业大学 2014
[3]低温处理对阿魏菇菌丝体生理生化及营养积累的影响[D]. 张国良.新疆农业大学 2013
[4]环境胁迫下部分食用菌菌丝酶活性变化的研究[D]. 管道平.福建农林大学 2004
本文编号：3457308
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