普通白菜花器官发育相关基因筛选及BrcSOC1和BrcSPL8克隆与表达分析

发布时间：2021-12-12 12:27

　　普通白菜（Brassica rapa ssp.chinensis）为十字花科芸薹属植物,原产于我国,分布地区广,品种类型多,营养价值丰富。因其利用种子进行繁殖且具有自交不亲和性,因此,弄清其花器官发育机制尤为重要。本试验以大白菜为参考基因组,分析了普通白菜花芽分化1级与5级茎尖的表达谱,筛选出一些与花器官发育相关的基因,为普通白菜生殖发育的进一步研究奠定基础;在此基础上,克隆普通白菜SOC1和SPL8同源基因、分析其时空表达模式并构建超表达载体,为后续的转基因功能验证提供研究基础。主要研究结果如下:1.分析普通白菜花芽分化1级和5级茎尖表达谱的测序结果,2个测序样品获得的高质量读段分别有84.13%和83.67%的unique reads能够比对到大白菜参考基因组,比对效率较高。比较花茅分化1级和5级茎尖的表达谱,共筛选出525个差异表达基因,其中上调表达224个,下调表达301个。Go功能显著性富集分析结果表明,差异表达基因编码的蛋白质主要位于胞外区、质外体和细胞壁,具有水解酶活性、木葡聚糖转移酶活性和酸性磷酸酶活性等分子功能,参与糖代谢、苯丙氦酸代谢、低温响应和赤霉素响应等诸多生物... 

【文章来源】：山西农业大学山西省

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

SOCI基因调控网络lszl

２．１?ＲＮＡ质量检测??提取两个样品的总ＲＮＡ后，进行凝胶电泳检测，结果表明，两个样品２８Ｓ和１８Ｓ??条带完整且清晰（图２－１）。为了明确两个样品的ＲＮＡ浓度和质量是否达到测序要求，??用ＮａｎｏＤｒｏｐ?２０００ｃ进行了浓度和质量检测，发现样品浓度均大于１０００?ｎｇ／ｐｌ，ＯＤ２６０／２８０??在１．８？２．２之间（表２－２），说明ＲＮＡ纯度较高，满足表达谱测序的需求。??表２－２?ＲＮ?Ａ样品质量检测??Ｔａｂ．?２－２?Ｑｕａｌｉｔｙ?ｔｅｓｔ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ??样品?浓度（ｎｇ／山）?总景（Ｍｇ）?ＯＤ２６０／２８０?ＯＤ２６０／２３０??Ｓａｍｐｌｅ?Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?Ｑｕａｌｉｔｙ??Ｖ１６?１１２４．０?２８．１?２．１５?１．７１??Ｖ１７?１１０５．５?２７．６?２．０８?２．４７??■??图２－１?ＲＮＡ琼脂糖糖凝胶电泳图??Ｆｉｇ．?２－１?Ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ａｇａｒ?ｓｕｇａｒ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ＲＮＡ??１３??

实际操作中，通过随机性分布图来评估整体的测序随机性，先对不同长度的参考基??因进行均一化处理，再对每个相对位置上的比对情况进行平均。??从图中（图２－３）可以看出，２个样品的曲线较平缓，本研究所使用的方法是先对??ｍＲＮＡ打断，然后再反转录成ｃＤＮＡ建库，说明ｍＲＮＡ片段化随机性较高，ｒｅａｄｓ在基??因各部位分布的比较均匀，达到后续基因分析的要求。??２ｉ????????????????????２ｉ???????．?????????．???１．５－?１．５－??｜?｜????０．５?０．５??°０?０．１?０．２?０．３?０．４?０．５?０．６?０．７?０．８?０．９?１?°０?０．１?０．２?０．３?０．４?０．５?０．６?０．７?０．８?０．９?１??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇｅｎｅｓ（５＇－３＇）?Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔ丨ｏｎ?ｉｎ?Ｇｅｎｅｓ（５‘－３＊）??Ｖ１６?Ｖ１７??图２－３?ｃＤＮＡ片段的随机性检验??Ｆｉｇ．?２－３?Ｒａｎｄｏｍ?ｔｅｓｔ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆｒａｇｍｅｎｔｓ??２．３差异表达基因筛选??将花芽分化１级（Ｖ１６）和花芽分化５级（Ｖ１７）两个文库中与大白菜基因组比对??上的ｕｎｉｑｕｅ?ｒｅａｄｓ进行差异表达分析，共筛选出差异表达基因（ＤＥＧｓ）?５２５个，上调表??达２２４个，下调表达３０１个（表２－４）。其中，表达上（下）调２？１０倍的基因最多，达到??４７４个

【参考文献】：
期刊论文
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[3]拟南芥AP3基因植物表达载体的构建及在烟草中的遗传转化[J]. 刘彩霞,代丽娟,刘轶,葛晓兰,曲冠证.  山东农业科学. 2016(02)
[4]基于高通量测序的数字基因表达谱技术研究进展[J]. 张渝,刘玉洁,郭丹妮,李惠敏,秦新民.  北方园艺. 2015(10)
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博士论文
[1]白菜花粉发育相关microRNA的筛选鉴定与功能研究[D]. 江建霞.浙江大学 2014
[2]白菜花粉发育与授粉受精相关基因BcJMJ30和BcMF22的表达分析与功能验证[D]. 李怡斐.浙江大学 2011
[3]番茄景天庚酮糖-1，7-二磷酸酯酶基因的克隆及遗传转化[D]. 王美玲.山东农业大学 2011
[4]白菜花粉发育相关的C2H2型锌指蛋白新基因BcMF20的克隆与功能验证[D]. 韩莹琰.浙江大学 2011
[5]白菜雄性不育相关基因CYP86MF的功能验证及其人工不育系的创建[D]. 余小林.浙江大学 2002

硕士论文
[1]哈克尼西棉细胞质雄性不育系和保持系花发育不同时期microRNA研究[D]. 裴文锋.中国农业科学院 2013
[2]白菜花粉发育与授粉受精相关基因BcAHA8的表达分析及BcSKS11的功能鉴定[D]. 邱琳.浙江大学 2012
[3]海岛棉纤维发育相关转录因子GbSBP8的克隆及表达研究[D]. 辛婧.上海交通大学 2007



本文编号：3536678