基于ACS的AVG功能类似物设计、合成与生物活性
发布时间：2022-02-13 10:40
园艺作物采摘后会受到自身以及环境中乙烯的影响,导致果实的软化,货架期缩短,使商品价值大打折扣。氨氧乙基乙烯基甘氨酸（aminoethoxyvinylglycine,AVG）是近年来发现的一种乙烯合成抑制剂,它能够阻断SAM进攻PLP辅因子,抑制乙烯的合成。AVG合成成本高,发酵产率低,极大地限制了它的推广应用。本研究基于番茄ACS “1IAY”和苹果ACS “1YNU”设计合成AVG功能类似物,并初步测定了其对樱桃番茄和苹果的保鲜活性,有望研究开发一类新的乙烯合成抑制剂。主要结果如下:1.以打分函数预测活性,筛选合成了 17个AVG功能类似物。通过核磁,高分辨质谱确证其结构,并初步筛选了目标化合物对樱桃番茄和苹果保鲜活性的影响。结果发现,化合物2c、2e、2i、2h和2n等五个化合物对樱桃番茄的保鲜有较高的活性,其中2n效果最好,在贮藏后第6 d果实硬度还保持在8.05 kg.cm2,乙烯释放量仅为9.13 nL·mL-1·h-1。化合物2c、2i和2j对苹果果实具有较高的保鲜活性。预测结果与活性初筛数据基本一致。2.以绿熟期樱桃番茄为试验材料,测定了不同AVG浓度处理后贮藏过程中果实...
【文章来源】：中国农业大学北京市211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：103 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１?ＰＬＰ辅因子与ＳＡＭ，?ＡＶＧ和目标化合物结构??Ｆｉｇ．?２－１?ＰＬＰ?ｗｉｔｈ?ＳＡＭ，?ＡＶＧ?ａｎｄ?ｔｉｔｌｅ?ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ．??
２．４．２番茄ＡＣＳ分子对接??２．４．２．１分子对接??如图２－１所示为将ＱｉｎｇＨｕａｉ等人（Ｈｕａｉ?ｅｔａｌ．?２００１）报道出的番茄ＡＣＳ（ＰＤＢ?ＩＤ：?１ＩＡＹ）、??ＰＬＰ辅因子以及ＡＣＣ合成抑制剂ＡＶＧ三元复合晶体结构导入Ｓｙｂｙｌ－Ｘ２．０中，将配体ＡＶＧ??提取出来并加氢，保存为ｌｌＡＹＪｉｇａｎｄ，再删除蛋白中所有水分子，同时为所有的氨基酸加??氢，参数为“Ａｌｌ”“Ｒａｎｄｏｍ”，同时创建对接口袋的方式为“Ｌｉｇａｎｄ”，在ＳｕｒｆｌｅｘＤｏｃｋ中将对接??文件设为“ｍｄｂ”格式（已经创建好的分子表单），在Ｄｅｔａｉｌｓ中将ｌＩＡＹ＿ｌｉｇａｎｄ设为参照分子，??最后取消‘％而１＾〔５〇＾”计算后进行８１？＇｛＾－０（＾。图中白色部分表示１１八丫的设定的对接??口袋。??图２－２?１１?ＡＹ对接口袋??Ｆｉｇ．?２－２?１ＩＡＹ?Ｄｏｃｋｉｎｇ?ｐｏｃｋｅｔ??２Ａ２．２分子对接结果分析??首先验证对接方法的可信度，将配体ＡＶＧ加氢优化后对接到设定对接口袋中，通过不??断调节对接参数，直到使对接产生的构象与复合物中的构象比较接近。Ｔｏｔａｌ＿Ｓｃｏｒｅ为总打??分函数
Ｊ??Ｗｍ??图２－５化合物２ｍ－ｑ与１ＩＡＹ对接结果示意图??Ｆｉｇ．?２－５?Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ?２ｍ－ｑ?ａｎｄ?ＩＩＡＹ?ｄｏｃｋｉｎｇ?ｒｅｓｕｌｔｓ??注：红色虚线表示氢键，紫色基团表示ＴｙｒｌＷ，橙黄色基团表示ＰＬＰ辅因子，红色基团表示目标化合物，浅蓝色基团表示Ａｒｇ４１２，??绿色基团表示Ａｌａ５４，其他基团为１丨ＡＹ活性口袋关键氨越酸。??Ｎｏｔｅ：?Ｔｈｅ?ｒｅｄ?ｄｏｔｔｅｄ?ｌｉｎｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｈｙｄｒｏｇｅｎ?ｂｏｎｄ，?ｔｈｅ?ｐｕｒｐｌｅ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ｔｙｒｌ?５２，?ｔｈｅ?ｏｒａｎｇｅ?ｙｅｌｌｏｗ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ＰＬＰ??ｃｏｆａｃｔｏｒ，?ｔｈｅ?ｒｅｄ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｔａｒｇｅｔ?ｃｏｍｐｏｕｎｄ，?ｔｈｅ?ｌｉｇｈｔ?ｂｌｕｅ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ａｒｇ４１２，?ｔｈｅ?ｇｒｅｅｎ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ａｌａ５４，?ｔｈｅ??ｏｔｈｅｒ?ｇｒｏｕｐ?ｉｓ?１?ＩＡＹ?ａｃｔｉｖｉｔｙ?Ｐｏｃｋｅｔ?ｋｅｙ?ａｍｉｎｏ?ａｃｉｄｓ．??２７??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Cu2+质量分数对速冻加工蚕豆色泽的影响与分析[J]. 陈惠,唐明霞,宋居易,袁春新,王学军,吴浩,邱卫池. 农产品加工. 2015(03)
[2]基于分子对接技术对栀子苷衍生物的虚拟设计[J]. 孙亮亮,吴虹,张亚中,陈建,胡顺莉,代苗苗,王伟. 广东化工. 2014(23)
[3]1-甲基环丙烯对室温贮存磨盘柿的保鲜作用[J]. 孙令强,李召虎,王倩,段留生. 中国农业大学学报. 2005(05)
[4]采前喷布AVG对苹果贮藏寿命和品质的影响[J]. 萧韵琴. 中国果树. 1993(02)
硕士论文
[1]N-硝基脲类化合物的合成、生物活性及其3D-QSAR研究[D]. 申晓霞.华中农业大学 2010
[2]艾维激素前体的合成研究[D]. 黄成美.南京理工大学 2009
本文编号：3623041
【文章来源】：中国农业大学北京市211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：103 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１?ＰＬＰ辅因子与ＳＡＭ，?ＡＶＧ和目标化合物结构??Ｆｉｇ．?２－１?ＰＬＰ?ｗｉｔｈ?ＳＡＭ，?ＡＶＧ?ａｎｄ?ｔｉｔｌｅ?ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ．??
２．４．２番茄ＡＣＳ分子对接??２．４．２．１分子对接??如图２－１所示为将ＱｉｎｇＨｕａｉ等人（Ｈｕａｉ?ｅｔａｌ．?２００１）报道出的番茄ＡＣＳ（ＰＤＢ?ＩＤ：?１ＩＡＹ）、??ＰＬＰ辅因子以及ＡＣＣ合成抑制剂ＡＶＧ三元复合晶体结构导入Ｓｙｂｙｌ－Ｘ２．０中，将配体ＡＶＧ??提取出来并加氢，保存为ｌｌＡＹＪｉｇａｎｄ，再删除蛋白中所有水分子，同时为所有的氨基酸加??氢，参数为“Ａｌｌ”“Ｒａｎｄｏｍ”，同时创建对接口袋的方式为“Ｌｉｇａｎｄ”，在ＳｕｒｆｌｅｘＤｏｃｋ中将对接??文件设为“ｍｄｂ”格式（已经创建好的分子表单），在Ｄｅｔａｉｌｓ中将ｌＩＡＹ＿ｌｉｇａｎｄ设为参照分子，??最后取消‘％而１＾〔５〇＾”计算后进行８１？＇｛＾－０（＾。图中白色部分表示１１八丫的设定的对接??口袋。??图２－２?１１?ＡＹ对接口袋??Ｆｉｇ．?２－２?１ＩＡＹ?Ｄｏｃｋｉｎｇ?ｐｏｃｋｅｔ??２Ａ２．２分子对接结果分析??首先验证对接方法的可信度，将配体ＡＶＧ加氢优化后对接到设定对接口袋中，通过不??断调节对接参数，直到使对接产生的构象与复合物中的构象比较接近。Ｔｏｔａｌ＿Ｓｃｏｒｅ为总打??分函数
Ｊ??Ｗｍ??图２－５化合物２ｍ－ｑ与１ＩＡＹ对接结果示意图??Ｆｉｇ．?２－５?Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ?２ｍ－ｑ?ａｎｄ?ＩＩＡＹ?ｄｏｃｋｉｎｇ?ｒｅｓｕｌｔｓ??注：红色虚线表示氢键，紫色基团表示ＴｙｒｌＷ，橙黄色基团表示ＰＬＰ辅因子，红色基团表示目标化合物，浅蓝色基团表示Ａｒｇ４１２，??绿色基团表示Ａｌａ５４，其他基团为１丨ＡＹ活性口袋关键氨越酸。??Ｎｏｔｅ：?Ｔｈｅ?ｒｅｄ?ｄｏｔｔｅｄ?ｌｉｎｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｈｙｄｒｏｇｅｎ?ｂｏｎｄ，?ｔｈｅ?ｐｕｒｐｌｅ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ｔｙｒｌ?５２，?ｔｈｅ?ｏｒａｎｇｅ?ｙｅｌｌｏｗ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ＰＬＰ??ｃｏｆａｃｔｏｒ，?ｔｈｅ?ｒｅｄ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｔａｒｇｅｔ?ｃｏｍｐｏｕｎｄ，?ｔｈｅ?ｌｉｇｈｔ?ｂｌｕｅ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ａｒｇ４１２，?ｔｈｅ?ｇｒｅｅｎ?ｇｒｏｕｐ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?Ａｌａ５４，?ｔｈｅ??ｏｔｈｅｒ?ｇｒｏｕｐ?ｉｓ?１?ＩＡＹ?ａｃｔｉｖｉｔｙ?Ｐｏｃｋｅｔ?ｋｅｙ?ａｍｉｎｏ?ａｃｉｄｓ．??２７??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Cu2+质量分数对速冻加工蚕豆色泽的影响与分析[J]. 陈惠,唐明霞,宋居易,袁春新,王学军,吴浩,邱卫池. 农产品加工. 2015(03)
[2]基于分子对接技术对栀子苷衍生物的虚拟设计[J]. 孙亮亮,吴虹,张亚中,陈建,胡顺莉,代苗苗,王伟. 广东化工. 2014(23)
[3]1-甲基环丙烯对室温贮存磨盘柿的保鲜作用[J]. 孙令强,李召虎,王倩,段留生. 中国农业大学学报. 2005(05)
[4]采前喷布AVG对苹果贮藏寿命和品质的影响[J]. 萧韵琴. 中国果树. 1993(02)
硕士论文
[1]N-硝基脲类化合物的合成、生物活性及其3D-QSAR研究[D]. 申晓霞.华中农业大学 2010
[2]艾维激素前体的合成研究[D]. 黄成美.南京理工大学 2009
本文编号：3623041
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