光质调控黄瓜花性分化的转录组分析
发布时间：2022-08-10 18:53
黄瓜是世界上设施栽培面积最大的蔬菜种类之一,也是我国设施园艺栽培的第一大蔬菜作物,在蔬菜产业中地位十分重要,调控黄瓜的花性分化具有重要的经济意义。光环境是实现温室作物高产优质的首要条件。本研究主要以“华青5号”黄瓜（Cucumis sativus L）为试材,研究不同光质4R1B、2R1B处理黄瓜幼苗,观察统计黄瓜移栽后在温室大棚中的雌花开花情况,并通过RNA-seq技术分析比较不同光质处理黄瓜幼苗转录本的转录组数据,发掘光质调控黄瓜苗期花性分化和开花时间相关的基因。得以下结果:1、黄瓜苗期不同光质处理影响黄瓜第一朵雌花开放节位、15节以内雌花数、第一朵雌花开花的时间,结果表明:与R4B1处理相比,R2B1处理黄瓜第一朵雌花开放的节位显著降低,15节以内雌花总数显著增加,第一朵雌花开放的时间显著提早,说明苗期较高蓝光比例R2B1处理,可以增加黄瓜雌花数、提早开花时间。2、RNA-seq发掘光质调控黄瓜苗期花性分化和开花时间相关的差异表达基因,结果表明:（1）光质处理R2B1三个时期总的特异差异表达基因数远远多于R4B1光质处理,R4B1-down特异差异表达基因有255个,R2B1-d...
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 黄瓜花性分化的遗传基础
1.2 激素与植物花性分化的研究进展
1.3 光质对植物开花的影响
1.4 光受体与植物激素
1.5 光质与开花时间基因
1.6 植物花性分化相关转录因子
1.7 RNA-Seq测序技术在葫芦科蔬菜研究中的应用
2 材料与方法
2.1 材料
2.2 总RNA提取和质量检测及cDNA第一链的合成
2.2.1 总RNA提取
2.2.2 RNA样品检测
2.2.3 cDNA第一链的合成（荧光定量PCR实验）
2.3 Read文库的构建
2.4 信息分析
2.4.1 原始测序数据处理
2.4.2 过滤数据
2.5 测序评估
2.5.1 测序质量评估
2.5.2 测序饱和度分析
2.5.3 测序随机性统计分析
2.6 对比统计
2.6.1 与核糖体数据库比对
2.6.2 与参考基因组比对
2.7 转录本组装和基因表达量的统计
2.7.1 转录本组装
2.7.2 基因表达量的统计
2.8 基因注释及基因功能预测
2.8.1 GO功能显著富集分析
2.8.2 KEGG Pathway显著富集分析
2.9 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析
3 结果与分析
3.1 不同光质LED灯处理影响黄瓜雌花开放的数量
3.2 黄瓜茎尖总mRNA质量分析
3.3 RNA-seq测序质量的评估
3.3.1 实验重复性检验
3.3.2 测序数据统计分析及与参考基因组对比统计
3.3.3 基因表达结果统计
3.4 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析和Pathway富集分析
3.4.1 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析
3.4.2 差异表达基因pathway富集分析
3.5 差异表达基因的筛选
3.6 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析
3.7 不同光质LED灯处理黄瓜苗期对叶片光信号传导的影响
3.8 光质调控黄瓜苗期花性分化相关差异表达基因的分析
4 讨论
4.1 光质影响黄瓜开花时间的早晚
4.2 光质调控黄瓜苗期花性分化
4.2.1 光质通过激素信号转导调控黄瓜苗期花性分化
4.2.2 光质通过影响转录因子调控黄瓜苗期花性分化
致谢
参考文献
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]黄瓜CsFT基因的克隆及其功能分析[J]. 张娟,颜爽爽,赵文圣,张小兰. 园艺学报. 2013(11)
[2]黄瓜性别决定的分子机理研究进展[J]. 赵志刚,柳美玲. 武汉纺织大学学报. 2012(06)
[3]植物MYB转录因子研究[J]. 刘守梅,孙玉强,王慧中. 杭州师范大学学报(自然科学版). 2012(02)
[4]WRKY25过量表达导致拟南芥在长光照下开花提前[J]. 王芳秀,黎舒佳,余迪求. 植物分类与资源学报. 2011(06)
[5]FT及其同源基因在植物发育调控中的多功能效应[J]. 贾贞,赵菲佚,吴存祥. 西北植物学报. 2011(12)
[6]菊花FT类似基因的克隆与表达分析[J]. 潘才博,张启翔,潘会堂,孙明. 园艺学报. 2010(05)
[7]茉莉酸对植物花器官发育和叶片衰老的分子调控研究进展[J]. 王俊斌,李欣,王海凤,任健,张少英. 天津农学院学报. 2009(03)
[8]光周期处理对不同基因型有棱丝瓜花性分化和产量的影响[J]. 胡祥红,王益奎,董伟清,黎炎,李文嘉. 长江蔬菜. 2008(07)
[9]光周期和温度对江蔬1号丝瓜花芽发生和发育的影响[J]. 苏小俊,陈劲枫,卢成苗,徐海,袁希汉. 江苏农业科学. 2007(02)
[10]APETALA3/DEFICIENS和PISTILLATA/GLOBOSA基因与植物花发育[J]. 秦巧平,尹涛,陈俊伟,谢鸣,张上隆. 细胞生物学杂志. 2006(04)
博士论文
[1]黄瓜中GA信号转导因子CsGAIP和CsGAMYB1的克隆与功能分析[D]. 张颜.中国农业大学 2014
[2]原油降解真菌分离和降解及芳香烃降解基因的转录谱分析[D]. 曲丽娜.东北林业大学 2014
[3]基于转录组学的黄瓜单性结实分子调控机理研究[D]. 崔利.南京农业大学 2013
硕士论文
[1]花生籽仁皱缩变异品系激素变化原因研究[D]. 侯风坤.山东农业大学 2015
[2]光敏色素B介导的光信号调控水稻ABA反应的研究[D]. 顾建伟.郑州大学 2012
本文编号：3674173
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 黄瓜花性分化的遗传基础
1.2 激素与植物花性分化的研究进展
1.3 光质对植物开花的影响
1.4 光受体与植物激素
1.5 光质与开花时间基因
1.6 植物花性分化相关转录因子
1.7 RNA-Seq测序技术在葫芦科蔬菜研究中的应用
2 材料与方法
2.1 材料
2.2 总RNA提取和质量检测及cDNA第一链的合成
2.2.1 总RNA提取
2.2.2 RNA样品检测
2.2.3 cDNA第一链的合成（荧光定量PCR实验）
2.3 Read文库的构建
2.4 信息分析
2.4.1 原始测序数据处理
2.4.2 过滤数据
2.5 测序评估
2.5.1 测序质量评估
2.5.2 测序饱和度分析
2.5.3 测序随机性统计分析
2.6 对比统计
2.6.1 与核糖体数据库比对
2.6.2 与参考基因组比对
2.7 转录本组装和基因表达量的统计
2.7.1 转录本组装
2.7.2 基因表达量的统计
2.8 基因注释及基因功能预测
2.8.1 GO功能显著富集分析
2.8.2 KEGG Pathway显著富集分析
2.9 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析
3 结果与分析
3.1 不同光质LED灯处理影响黄瓜雌花开放的数量
3.2 黄瓜茎尖总mRNA质量分析
3.3 RNA-seq测序质量的评估
3.3.1 实验重复性检验
3.3.2 测序数据统计分析及与参考基因组对比统计
3.3.3 基因表达结果统计
3.4 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析和Pathway富集分析
3.4.1 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析
3.4.2 差异表达基因pathway富集分析
3.5 差异表达基因的筛选
3.6 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析
3.7 不同光质LED灯处理黄瓜苗期对叶片光信号传导的影响
3.8 光质调控黄瓜苗期花性分化相关差异表达基因的分析
4 讨论
4.1 光质影响黄瓜开花时间的早晚
4.2 光质调控黄瓜苗期花性分化
4.2.1 光质通过激素信号转导调控黄瓜苗期花性分化
4.2.2 光质通过影响转录因子调控黄瓜苗期花性分化
致谢
参考文献
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]黄瓜CsFT基因的克隆及其功能分析[J]. 张娟,颜爽爽,赵文圣,张小兰. 园艺学报. 2013(11)
[2]黄瓜性别决定的分子机理研究进展[J]. 赵志刚,柳美玲. 武汉纺织大学学报. 2012(06)
[3]植物MYB转录因子研究[J]. 刘守梅,孙玉强,王慧中. 杭州师范大学学报(自然科学版). 2012(02)
[4]WRKY25过量表达导致拟南芥在长光照下开花提前[J]. 王芳秀,黎舒佳,余迪求. 植物分类与资源学报. 2011(06)
[5]FT及其同源基因在植物发育调控中的多功能效应[J]. 贾贞,赵菲佚,吴存祥. 西北植物学报. 2011(12)
[6]菊花FT类似基因的克隆与表达分析[J]. 潘才博,张启翔,潘会堂,孙明. 园艺学报. 2010(05)
[7]茉莉酸对植物花器官发育和叶片衰老的分子调控研究进展[J]. 王俊斌,李欣,王海凤,任健,张少英. 天津农学院学报. 2009(03)
[8]光周期处理对不同基因型有棱丝瓜花性分化和产量的影响[J]. 胡祥红,王益奎,董伟清,黎炎,李文嘉. 长江蔬菜. 2008(07)
[9]光周期和温度对江蔬1号丝瓜花芽发生和发育的影响[J]. 苏小俊,陈劲枫,卢成苗,徐海,袁希汉. 江苏农业科学. 2007(02)
[10]APETALA3/DEFICIENS和PISTILLATA/GLOBOSA基因与植物花发育[J]. 秦巧平,尹涛,陈俊伟,谢鸣,张上隆. 细胞生物学杂志. 2006(04)
博士论文
[1]黄瓜中GA信号转导因子CsGAIP和CsGAMYB1的克隆与功能分析[D]. 张颜.中国农业大学 2014
[2]原油降解真菌分离和降解及芳香烃降解基因的转录谱分析[D]. 曲丽娜.东北林业大学 2014
[3]基于转录组学的黄瓜单性结实分子调控机理研究[D]. 崔利.南京农业大学 2013
硕士论文
[1]花生籽仁皱缩变异品系激素变化原因研究[D]. 侯风坤.山东农业大学 2015
[2]光敏色素B介导的光信号调控水稻ABA反应的研究[D]. 顾建伟.郑州大学 2012
本文编号：3674173
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