香菇子实体生长过程中的转录组学分析

发布时间：2022-09-27 21:01

　　香菇是一种深受大众喜爱的食用菌,其菌丝和子实体的提取物具有多种医用价值。为了深入了解从早期菌蕾阶段（EBS）,到中期发育阶段（IDS）,再到完全成熟阶段（FDS）子实体生长的分子机制,我们进行了从头转录组高通量Illumina RNA测序。首先,我们生成了三个分别代表三个相应阶段的c DNA文库。然后,从相应的文库中获得了38,933,148、44,594,472和37,905,646个高质量读段,并将读段组装成了25,104个转录重叠群,其中包含15,199个单基因。我们发现,只有9,331个单基因已在NCBI非冗余蛋白质数据库中有注释信息。之后,我们通过基因本体论（GO）注释了4,758个单基因,通过蛋白质直系同源集群分析（COGs）注释了2,921个单基因。我们还通过使用“京都基因和基因组百科全书”（KEGG）将3,995个单基因分别注释到其参与的代谢途径。我们在EBS和IDS之间、IDS和FDS之间、EBS和FDS之间分别发现了399、1,428和1,830个差异表达基因（DEGs）,并在多个代谢信号通路中对应上了769个差异基因。有趣的是,只有一部分差异基因的表达与FDS显著... 

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1 组学
        1.1 基因组学
        1.2 蛋白质组学
        1.3 代谢组学
        1.4 转录组学
    2 转录组学研究技术方法
        2.1 Microarray
        2.2 SAGE
        2.3 MPSS
        2.4 RNA-Seq
    3 香菇
        3.1 香菇简介
        3.2 香菇中与发育过程相关基因的研究进展
        3.3 香菇香味基因的研究进展
        3.4 RNA-Seq技术在香菇中的应用
    4. 研究目的与意义
第二章 实验材料及方法
    1 实验材料、器材及试剂
        1.1 实验材料
        1.2 实验器材与用具
        1.3 实验试剂
    2 实验方法
        2.1 材料准备
        2.2 转录组测序
        2.3 Trizol法提取RNA
        2.4 Northern blot
        2.5 反转录
        2.6 PCR检测
        2.7 DNA琼脂糖凝胶电泳
        2.8 Real-time PCR
        2.9 构建质粒
第三章 结果
    1 转录组测序数据处理
        1.1 香菇子实体生长三个阶段测序及装配
        1.2 序列注释
        1.3 GO、COG和KEGG注释
        1.4 差异表达基因的分析
    2 转录组数据有效性的实验验证
        2.1 通过PCR验证数据的有效性
        2.2 通过Real-time PCR验证数据的有效性
        2.3 通过Northern blot验证数据的有效性
    3 转录组数据的相关功能分析
        3.1 鲜味物质代谢通路中，基因在三个时期的表达量变化情况
        3.2 减数分裂通路中，基因在三个时期的表达量变化情况
        3.3 脂肪酸代谢通路中，基因在三个时期的表达量变化情况
        3.4 通过基因组和转录组比对得到基因的外显子以及内含子的结构
第四章 讨论
    1 香菇的转录组学测序
    2 与鲜味相关的 5’核苷酸、天冬氨酸、谷氨酸代谢通路
    3 与香味相关的不饱和脂肪酸的代谢通路
    4 在早期子实体以及成熟子实体之间减数分裂相关基因的表达量不同
第五章 结论
参考文献
致谢
在学期间学术成果情况


【参考文献】：
期刊论文
[1]鲜香菇与干香菇挥发性风味成分的GC-MS分析[J]. 安晶晶,王成涛,刘国荣,杨雪莲,张小溪,李靖.  食品工业科技. 2012(14)
[2]香菇子实体形态分化过程[J]. 马向东,王明道,郑姣.  中国食用菌. 2005(01)



本文编号：3681616