葡萄果实发育期性状的SSR遗传分析及相关品质性状的GWAS分析

发布时间：2022-12-22 19:37

　　为寻找控制葡萄果实发育期性状及其他品质性状的基因位点,本研究对‘莎巴珍珠’SSR标记在后代衍生品种中的遗传传递情况进行分析。并以179个葡萄品种为材料,基于GBS测序结果对8个葡萄果实品质性状进行了全基因组关联分析研究。1.对‘莎巴珍珠’衍生系（‘莎巴珍珠’及其后代32个衍生品种以及5个其他亲本）进行SSR标记。选取50对分布在葡萄19条染色体上的SSR标记,对‘莎巴珍珠’SSR标记在其衍生后代中的遗传传递情况进行了分析。经筛选得到3个高遗传稳定且遗传频率均在80%以上的‘莎巴珍珠’特异SSR标记——VVMD5、VVMD32和VMC4F8分别位于16、4和1号染色体上。注释发现,其所在区域基因分别注释为受体蛋白激酶、未知蛋白和WRKY转录因子。研究结果表明,这些基因与‘莎巴珍珠’衍生品种果实发育期性状相关。2.对收集到的179份葡萄材料进行GBS测序。经筛选共获得的32,311个分布于葡萄全基因组的高质量SNP标记,用于全基因组关联分析（GWAS）。（1）以葡萄果粒颜色的定位结果为参照选择最优统计模型——GEMMA,作为本研究GWAS分析的模型对葡萄果实品质性状进行分析。（2）研究结果... 

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 前言
    1.1 葡萄发育期性状QTLs研究
    1.2 骨干亲本研究
        1.2.1 骨干亲本遗传多样性研究
        1.2.2 骨干亲本优异染色体区段的追踪
        1.2.3 骨干亲本QTL分析
    1.3 关联分析
        1.3.1 关联分析的优势
        1.3.2 葡萄全基因组关联分析进展
        1.3.3 GBS-GWAS研究
    1.4 研究内容及目标
第2章 材料方法
    2.1 植物材料
    2.2 DNA提取
    2.3 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
        2.3.1 SSR标记分析
        2.3.2 SSR标记筛选
    2.4 自然群体研究
        2.4.1 自然群体的表型
        2.4.2 GBS测序
        2.4.3 连锁不平衡(LD)、群体结构和聚类分析
        2.4.4 全基因组关联分析
    2.5 标记位点基因注释
第3章 结果分析
    3.1 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
        3.1.1 ‘莎巴珍珠’衍生系SSR分子标记筛选
        3.1.2 标记位点基因注释
    3.2 自然群体的研究
        3.2.1 表型分析
        3.2.2 SNP标记分析
        3.2.3 遗传结构与连锁不平衡
        3.2.4 全基因组关联分析
        3.2.5 标记位点附近区域基因注释
第4章 讨论
    4.1 骨干亲本及其衍生品种遗传传递分析
    4.2 GWAS群体和模型
    4.3 果实性状的候选基因
第5章 结论
参考文献
附录 Ⅰ179 个葡萄材料表型数据
附录 Ⅱ ‘莎巴珍珠’衍生系SSR标记引物表
附录 Ⅲ 四种GWAS分析模型Q-Q图结果
致谢
攻读学位期间的研究成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄果粒形状简化基因组关联分析[J]. 张恒,刘众杰,樊秀彩,张川,崔力文,刘崇怀,房经贵.  园艺学报. 2017(10)
[2]水稻骨干亲本石狩白毛重要基因组位点在衍生品种中的传递[J]. 邹德堂,王允祥,孙健,王敬国,刘化龙,赵宏伟.  东北农业大学学报. 2017(02)
[3]早熟四倍体葡萄新品种‘玫香宝’的选育[J]. 唐晓萍,董志刚,李晓梅,谭伟,马小河,赵旗峰,王敏.  果树学报. 2017(01)
[4]水果果肉中总DNA提取方法的比较研究[J]. 齐玲倩,刘秀,丁梦璇,刘远远,柯润辉,尹建军.  食品研究与开发. 2016(05)
[5]甘蓝型油菜育种亲本材料遗传多样性的SSR分析[J]. 何俊平,张书芬,王建平,文雁成,曹金华,蔡东芳,赵磊,朱家成.  西南农业学报. 2015(06)
[6]葡萄早熟新品种——‘庆丰’的选育[J]. 顾红,樊秀彩,孙海生,姜建福,张颖,刘三军,魏志峰,刘崇怀.  果树学报. 2015(05)
[7]小麦株高相关性状与SNP标记全基因组关联分析[J]. 陈广凤,陈建省,田纪春.  作物学报. 2015(10)
[8]葡萄早熟优质大粒芽变株系“宇选5号”选育过程及性状初报[J]. 金联宇.  河北林业科技. 2014(Z1)
[9]应用SSR分子标记分析小麦品种（系）的遗传重组[J]. 李小军,冯素伟,李淦,董娜,陈向东,宋杰,茹振钢.  作物学报. 2013(02)
[10]利用SSR标记分析小麦骨干亲本阿夫及衍生品种（系）的遗传多样性和变化趋势[J]. 刘新伦,司清林,李琴琴,王长有,王亚娟,张宏,吉万全.  农业生物技术学报. 2012(09)



本文编号：3723914