基于转录组测序的火龙果SSR分子标记开发及种质遗传多样性评价

发布时间：2025-04-23 02:47

　　火龙果(Hylocereus spp.)是仙人掌科(Cactaceae)量天尺属(Hylocereus)或蛇鞭柱属(Seleniereus)植物,是近年来被广泛关注的一种新兴热带、亚热带水果。本研究通过对火龙果转录组测序获得的数据进行系统分析,建立火龙果SSR-PCR技术体系;以形态学差异显著的38份火龙果种质为材料进行引物验证筛选,旨在为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建和分子标记辅助育种等提供更丰富的标记来源。具体研究结果如下:1)本文利用MISA软件筛选本实验室前期工作中对火龙果转录组测序获得的108,127条Unigenes,共检测出7,622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02%,平均每9.00kb出现一个位点。单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4%和14.04%;其它特性重复类型数量较少,所占比例均不足1%。二核苷酸重复基元类型中以AG/CT、AC/GT为优势重复基元,分别占总SSR位点数目的25.37%和2.02%;三核苷酸重复基元类型以AAG/CCT为主,占总SSR位点数目的3.13%。2)基...

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【部分图文】：

图2-1火龙果基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果

图2-1火龙果基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果Fig.2-1GelelectrophoresisofgenomicDNAofpitayagermplasms体系的优化(43)正交试验设计，利用引物C13748对火龙果种质R1的DNA进扩增产物....

图2-2火龙果种质R1的EST-SSR-PCR正交试验扩增产物电泳结果

图2-1火龙果基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果Fig.2-1GelelectrophoresisofgenomicDNAofpitayagermplasmsCR体系的优化L16(43)正交试验设计，利用引物C13748对火龙果种质R1的DNA....

图2-3引物退火温度对EST-SSR-PCR的影响

2018届硕士毕业论文度为58℃时，所得扩增条带最为清晰明亮，背景最浅，由此确定的最佳退火温度为58℃。引物C13748的扩增中，当退火温度为58℃增条带最为清晰明亮，当退火温度为62℃时，出现非特异性扩增条亮度较弱。所以确定C13748的最佳退火温度为58....

图2-4不同质量浓度的聚丙烯酰胺变性凝胶电泳EST-SSR电泳结果

2-4不同质量浓度的聚丙烯酰胺变性凝胶电泳EST-SSR电泳结果分别代表凝胶质量浓度为6%、8%和10%；所用引物均为C13748；泳道质在不同质量浓度的聚丙烯酰胺变性凝胶电泳EST-SSR电泳结果。ST-SSRelectrophoresisresultso....

本文编号：4041093