阿拉伯岩芥AP2基因家族的生物信息学分析

发布时间：2021-06-22 11:05

　　AP2基因作为一种调控植物花发育的功能基因,参与花分生特性建立。利用生物信息学方法对阿拉伯岩芥AP2蛋白的理化性质、高级结构和系统进化关系等进行了详细的预测和分析。结果表明,除了成员AA40G00375、AA54G00162为稳定蛋白,其余AP2蛋白均为不稳定蛋白,且大多数蛋白定位在细胞核。只有成员AA8G00350属于分泌蛋白,其余均为非分泌蛋白,且均不属于跨膜蛋白。磷酸化位点分析表明AP2蛋白的生物功能主要是通过在丝氨酸（Ser）位点进行磷酸化来实现的。AP2蛋白的二级结构以无规则卷曲为主,各个成员的二级结构元件组成含量大小排列顺序为无规则卷曲>α-螺旋>延伸链>β-转角。其中14个AP2蛋白成员有2个保守结构域,其余均有1个保守结构域。系统进化树表明阿拉伯岩芥AP2基因家族与拟南芥、小麦有较近的亲缘关系。这些结果可为进一步研究其生物学功能提供一定的参考依据。 

【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(08)

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 理化性质分析及亚细胞定位。
        1.2.2 信号肽和跨膜结构域预测。
        1.2.3 磷酸化位点预测、亲疏水性及保守结构预测。
        1.2.4 二级结构和三级结构预测分析。
        1.2.5 保守基序和系统进化树建构。
2 结果与分析
    2.1 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的理化性质分析及亚细胞定位
    2.2 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的保守结构域和疏水性/亲水性预测
    2.3 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的信号肽分析
    2.4 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的跨膜结构域分析
    2.5 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的磷酸化位点预测分析
    2.6 阿拉伯岩芥AP2基因编码蛋白的二级结构和三级结构预测分析
    2.7 阿拉伯岩芥AP2基因序列结构特点
    2.8 阿拉伯岩芥AP2基因系统进化树构建
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米转录因子NF-YB基因家族的生物信息学分析[J]. 徐志军,刘洋,徐磊,安东升.  分子植物育种. 2019(12)
[2]白羽王鸽卵清蛋白关联蛋白Y基因（OVALY）克隆与生物信息学分析[J]. 徐小钦,杜雪,李国勤,张龙,陶争荣,卢立志.  浙江农业学报. 2019(05)
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[10]拟南芥和水稻Cel基因家族的生物信息学分析[J]. 王丽珊.  闽西职业技术学院学报. 2019(01)

博士论文
[1]大白菜和甘蓝型油菜AP2/ERF家族转录因子的克隆与分析[D]. 庄静.南京农业大学 2009

硕士论文
[1]拟南芥AtDPBF4基因克隆及生物信息学分析与表达研究[D]. 刘金鸽.兰州理工大学 2013



本文编号：3242723