基于网络分析的RNA结合位点预测研究

发布时间：2020-12-03 06:14

　　核糖核酸（RNA）是细胞中的基本单元之一,常与其它蛋白质或小分子等生物分子形成复合物结构,有调控和催化等重要的生物学功能。然而,由于RNA分子的柔性特征和实验技术的限制,实验上较难快速测定RNA分子的复合物结构,极大地阻碍了 RNA复合物功能的探索。因此,RNA结合位点的理论预测研究有助于理解其结构功能关系和解释生物学机理问题。本文介绍了一种基于RNA三级结构预测结合位点的网络策略,即RBind。该方法首先对RNA三级结构进行网络模型构建。在网络构建中,RNA结构中的每个核苷酸为网络中的节点,非近邻核苷酸中任一重原子间距离小于8A连接为网络中的边。第二步,在构建的RNA网络中,我们对网络节点的度中心性和接近中心性进行计算。第三步,基于度中心性（degree）和接近中心性（closeness）的计算,以一定值作为截断确定RNA的结合位点。进一步,我们用RNA-ligand和RNA-protein测试集对RBind的精度进行了比较分析。结果表明,该方法在RNA-ligand测试集中的平均预测精度为0.82,在RNA-protein测试集中的平均预测精度为0.63,预测精度优于现有的RNA结... 

【文章来源】：华中师范大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 RNA简介
        1.1.1 RNA结构特征
        1.1.2 RNA功能特征
        1.1.3 RNA复合物的结构与功能特征
    1.2 结合位点预测的研究进展及意义
        1.2.1 研究进展
        1.2.2 研究意义
    1.3 本文的研究工作及章节安排
        1.3.1 本文的研究工作
        1.3.2 章节安排
第二章 研究方法
    2.1 RBind网络模型
        2.1.1 网络构建
        2.1.2 局部特征与全局特征
    2.2 RNA三级结构建模
        2.2.1 序列与二级结构介绍
        2.2.2 模型搭建
    2.3 直接耦合分析模型
    2.4 软件介绍
        2.4.1 MATLAB
        2.4.2 Pymol
    2.5 本章小结
第三章 研究结果
    3.1 引言
    3.2 结果与分析
        3.2.1 测试集选取及结果分析方法
        3.2.2 测试集中的预测结果分析
        3.2.3 建模结构的预测结果分析
        3.2.4 与现有方法的比较
        3.2.5 共进化关系
    3.3 潜在应用分析
        3.3.1 药物设计的靶标
        3.3.2 复合物结构预测
    3.4 本章小结
第四章 总结与展望
参考文献
攻读学位期间发表的学术论文
攻读学位期间获得的奖励
致谢


【参考文献】：
博士论文
[1]核酸分子结构预测研究[D]. 王剑.华中科技大学 2017
[2]非编码RNA结构预测研究[D]. 赵蕴杰.华中科技大学 2012



本文编号：2896119