海南2种龙脑香科植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

发布时间：2021-07-18 07:57

　　为分析坡垒、青梅叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,运用CodonW、R语言等软件对49条坡垒叶绿体基因组密码子和51条青梅叶绿体基因组密码子进行中性绘图、ENC-plot等系统分析。结果表明,坡垒、青梅叶绿体基因组有效密码子数（ENC）均超过50,其密码子偏好性较弱。中性绘图分析发现,坡垒和青梅GC₃与GC₁₂相关不显著,回归斜率分别为0.21、0.18,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。ENC-plot分析结果显示,两者均约有20个基因分布在ENC期望值曲线附近,这部分基因密码子偏性主要受突变影响。相对同义密码子使用度（RSCU）分析发现,坡垒、青梅最优密码子各有17、15个,且多以A/T结尾,但两者中相同的最优密码子仅有11个。其中,坡垒密码子第1位碱基及序列长度对叶绿体基因组密码子偏性影响较大;青梅则是第3位碱基组成对密码子偏性影响较大。综上,坡垒、青梅叶绿体基因组密码子偏性是由选择和突变及其它因素共同作用形成的,但存在一定差异。 

【文章来源】：林业调查规划. 2020,45(06)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

中性绘图分析

PR2-plot 绘图分析

ENC-plot 绘图分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J]. 陆奇丰,骆文华,黄至欢.  广西植物. 2020(02)
[2]竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析[J]. 吴妙丽,陈世品,陈辉.  森林与环境学报. 2019(01)
[3]樟树叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 秦政,郑永杰,桂丽静,谢谷艾,伍艳芳.  广西植物. 2018(10)
[4]大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J]. 牛元,徐琼,王嵛德,代立兰,庄健,赵亚兰.  西北林学院学报. 2018(03)
[5]中国龙脑香科植物研究及利用现状[J]. 戴文君,周磊,杨梅.  世界林业研究. 2017(06)
[6]坡垒、青皮在广东树木公园的引种表现[J]. 温小莹,黄芳芳,甘先华,张卫强,黄钰辉,许秀玉,周毅.  林业与环境科学. 2017(04)
[7]海南单优龙脑香科植物群落特征[J]. 黄瑾,杨小波,龙文兴,陈玉凯,卜广发.  热带作物学报. 2013(03)
[8]陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析[J]. 尚明照,刘方,华金平,王坤波.  中国农业科学. 2011(02)



本文编号：3289174