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基于局域表面等离子体共振(LSPR)的核酸适配体筛选新方法的建立

发布时间:2021-09-21 22:16
  为了快速、高效地筛选到靶标核酸适配体,急需通过指数富集的配基系统进化技术(SELEX)建立一种简便、高效和可视化筛选适配体的新方法。以链霉亲和素(SA)作为靶标模型,利用局域表面等离子体共振(LSPR)和毛细管电泳(CE)相结合的方法进行筛选和验证。结果显示,在第1轮LSPR-SELEX中,筛选到SA结合的适配体(SBA),并且通过LSPR的Trace Drawer数据分析软件计算出SBA的KD值为107μmol/L;在第2轮LSPR-SELEX中,SBA的KD值为98 nmol/L。结果表明,采用LSPR-SELEX技术经2轮筛选,使SBA的亲和力提高了1 000倍。随后,将筛选到的SBA进行CE验证,结果显示, SBA适配体与其靶标SA具有良好的亲和性和特异性。综上,鉴于LSPR从初始DNA文库中分离和收集靶标适配体的高效性,LSPR-SELEX技术可用于核酸适配体的筛选。 

【文章来源】:河南农业科学. 2020,49(03)北大核心

【文章页数】:6 页

【部分图文】:

基于局域表面等离子体共振(LSPR)的核酸适配体筛选新方法的建立


LSPR-SELEX技术筛选核酸适配体

动力学曲线,技术分析,动力学曲线,速率常数


ssDNA初始文库(L2)长度为114 nt,中间部分为74 nt的随机序列,两端的侧翼为20 nt引物位点。在第1轮LSPR-SELEX(图2A)中,筛选到与SA结合的适配体SBA(命名为SBA-1),其KD值为107 μmol/L (表2)。在第2轮LSPR-SELEX(图2B)中,SBA(命名为SBA-2)的KD值为98 nmol/L(表2)。LSPR-SELEX的结果表明,LSPR-SELEX技术在2轮的筛选中使SBA的亲和力提高了1 000倍,获得纳摩尔范围内的适配体,将筛选到与SA结合的适配体命名为SBA。表2 SBA与SA相互作用的动力学参数Tab.2 The kinetic parameters of SBA-SA interaction SBA序号SBA No. 结合速率常数ka 解离速率常数kd 平衡解离速率常数/(mol/L)KD SBA-1 2.76×102 2.96×10-2 1.07×10-4 SBA-2 6.70×103 6.57×10-4 9.80×10-8

电泳图,毛细管,电泳,配体


将第2轮收集到的核酸库产物连接到pMD19-T载体上,经转化DH5α感受态细胞、测序等获得了链霉亲和素的核酸适配体SBA序列。由图4可知,SBA适配体的总长度为114 nt,其三维结构为茎环状。图4 SBA适配体的序列

【参考文献】:
期刊论文
[1]SELEX技术进展[J]. Sanad Abdalbage Mohammed Abdalsadeg,王鸣刚,袁红霞,汪靖,王进,廖世奇.  甘肃医药. 2017(11)



本文编号:3402592

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