基于扩增子捕获测序去除引物软件的设计

发布时间：2024-04-20 17:44

　　癌症是由控制细胞功能的基因发生某些突变而引起的,尤其是控制细胞生长和分裂的基因发生变化。特定类型突变的检测有助于癌症诊断,诊断后也可利用突变来追踪患者对治疗的反应。基因突变检测方法有全基因组测序、全外显子组测序、杂交捕获以及扩增子捕获技术。扩增子技术是利用特异性引物对感兴趣区域进行扩增形成富集的DNA文库,该技术实验流程的简化极大的降低了操作人员的专业门槛,彻底解放人手不足的风险。和扩增子测序技术相比,全基因组和全外显子组测序费用高,杂交捕获的实验过于复杂,过多的人工干预步骤可能会给实验结果带来很多的不可控因素,这对于临床而言是非常致命和不允许的。目前,扩增子捕获技术已被证明是一个快速、有效的技术,并在新一代高通量测序中发挥独特之处,已经产生了许多令人兴奋的发现。随着多扩增子测序(Multi-Amplicon Sequence,MAS)在遗传变异检测中的广泛应用,需要一种有效的工具来去除reads的引物序列,以确保下游分析的可靠性。虽然目前有一些工具如cur Primers,cutadapt,Alientrimmer,但是它们在去除大规模的引物在高通量目标基因组测序中的效率和准确性需要...

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【部分图文】：

图1-1扩增子测序整体路线，先准备样本，然后进行文库构建和靶向区域的富

大连医科大学硕士学位论文11第一章扩增子测序技术的背景介绍1.1什么是扩增子捕获技术在分子生物学实验中，扩增子是一段DNA或RNA，是扩增或复制事件的来源或产物4。它可以由人工产生，也可以通过基因复制自然形成。扩增子捕获测序技术是一种目标区域高通量测序技术，能够分析特定基因组区域....

图1-1扩增子区域结构

大连医科大学硕士学位论文13则将修剪reads。已开发的软件去除大样本多引物比较困难，主要是处理reads的速度很慢，并经常导致程序中途中断处理失败，另外有的软件只能去除部分引物。其他从reads中清除多余序列的工具，例如Trimmomatic15，则用于去除接头序列，不适用于去....

图2-1两种情况下的reads

大连医科大学硕士学位论文14增子的长度低于测序仪的读长，这种情况下，不仅序列的5"端会出现引物序列，同时序列的3"端还会出现部分或者全部对侧引物的反向互补序列。第二种是“正常情况”，由于扩增子的长度大于测序仪的读长只在序列的5"端会出现引物。本研究的目的是去除这两种情况下序列上的....

图2-1，“引物对”框中同一颜色的代表一对引物（前引物和后引物），“外显子”

大连医科大学硕士学位论文15区域引入错配或插入（1-碱基）或缺失（1-碱基）的可能性为5％．ii)包含位于2157对扩增子区域之外的约4.22％非目标区域的NGSreads。2.2.2测试数据引物引物测试数据集包括2157对引物，引物覆盖48个癌症相关基因的外显子区域，覆盖度高达....

本文编号：3959754