降解多环芳烃的鞘氨醇单胞菌ahdA1c基因的生物信息学分析

发布时间：2018-04-01 15:28

  本文选题：生物信息学　切入点：基因芯片　出处：《科学技术与工程》2017年31期

【摘要】：ahd A1c基因是鞘氨醇单胞菌降解多环芳烃中的关键基因。为了解鞘氨醇单胞菌ahd A1c基因基本特性,运用生物信息学方法预测分析其氨基酸理化性质、同源性、蛋白二三级结构、KEGG通路等。结果表明,ahd A1c基因编码区全长1 263 bp,编码420个氨基酸,与xylk基因、bph A1c基因的同源性均在90%以上;同源性较高;ahd A1c蛋白具有亲水性和稳定性,有31个磷酸化位点,2个保守区域,有跨膜区,无规则卷曲是二三级结构中最主要结构元件;KEGG分析表明ahd A1c蛋白编码水杨酸羟化酶。为进一步研究多环芳烃的降解机理奠定了基础。
[Abstract]:Ahd A1c is a key gene of Sphingomonas degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons in solution. In order to basic characteristics of Sphingomonas sp. ahd A1c gene, using bioinformatics prediction and analysis of the physicochemical properties of amino acid, protein homology method, two or three stage structure, KEGG pathway. The results show that the ahd encoding region of A1c gene was 1263 BP, encoding 420 amino acids, and xylk gene, the homology was more than 90% BPH A1c gene; homology; ahd A1c protein is hydrophilic and stability, there are 31 phosphorylation sites, 2 conserved regions, a transmembrane region, random coil is the main structural elements of two or three level structure; KEGG analysis showed that ahd A1c protein encoding salicylate hydroxylase. Lay the foundation for further study on the mechanism of degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons.

【作者单位】： 中北大学化工与环境学院;
【基金】：国家自然科学基金青年基金(41401355) 山西省青年科技研究基金(2014021034-2,2015021053)资助
【分类号】：X172

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