我国部分省牛库布病毒的检测及基因组研究
发布时间：2020-12-05 07:56
牛库布病毒（Bovine kobuvirus,BKV）属于小RNA核酸病毒科,库布病毒属,为无囊膜,单股正链RNA病毒。其直径在30 nm-40 nm之间,呈球形。目前GenBank数据库中有3条BKV基因组,分别来自日本,英国和埃及。研究数据表明BKV可能与牛腹泻有关,但是该病毒的致病性仍然还不清楚。自2003年BKV在日本被发现以来,该病毒已在10个国家被检测到,证明BKV有十分广泛的地域分布。BKV在奶牛中最高感染率可达77.8%,在肉牛中感染率为14%。2003年我国在奶牛腹泻粪便中首次发现BKV,经检测感染率高达34.9%。BKV的流行可能给我国的养牛行业的健康发展带来潜在的威胁。另外,牦牛作为我国青藏高原地区主要的牛种,还未见有关牦牛源BKV的报道。BKV作为一个新病毒,在我国的相关研究资料非常少。本研究主要对我国部分省份奶牛粪便样本进行分子检测,了解该病毒与奶牛腹泻的相关性及分子特征;了解青藏高原地区牦牛BKV的感染情况。取得的成果如下:1.完成了中国四个省区奶牛源BKV的分子检测和遗传进化分析为了了解我国部分省份犊奶牛的BKV的感染情况及分子特征。本研究样本收集自201...
【文章来源】：西南民族大学四川省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于BKV3D部分基因序列（552bp），用最大似然法建立系统发育进化树
我国部分省区牛库布病毒的检测及基因组研究20图4基于完整VP1核苷酸序列（801bp），用最大似然法建立系统发育进化树。黑色圆圈代表来自本研究的毒株，空心圆圈代表来自之前另外一篇中国报道所列出的毒株（Changetal.,2014）。节点上显示的是基于1,000个复制的引导值。Fig.4.MaximumlikelihoodphylogenetictreebasedoncompleteVP1ntsequences（801bp）.BlackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudyandhollowcirclesdenoteisolatesfromapreviousChinesestudy（Changetal.,2014）..Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
我国部分省区牛库布病毒的检测及基因组研究212.3.5BKVVP0分子的遗传进化分析从辽宁和河南2个省份的5个奶牛场的粪便样本中成功获得了12个VP0片段，长度为660bp。以上序列均提交到GenBank数据库，登录号为MK080253-MK080264。这12条VP0序列之间具有78.5%-100%核苷酸序列同源性和推导氨基酸序列同源性为84.1%-100%，与GenBank数据库中仅有的3个BKVVP0相比，核苷酸序列同源性为80.2%-84.7%，氨基酸序列同源性为85.0%-91.8%。系统发育进化树基于GenBank数据库中仅有的3个BKV基因组包含的VP0氨基酸序列和本研究得到的12个VP0氨基酸序列，用最大似然法建立进化树，见图5。从图中可以看出进化树共分为两个分支，本研究得到的11个BKV毒株聚为独立的一支，暂时叫分支1。剩余的1个毒株和GenBank数据库中3个毒株聚集为另一个独立的分支，暂时叫分支2(图4)。进一步分析发现，与分支2中的毒株相比，分支1中本研究得到的11个VP0毒株有一个独特的氨基酸插入(S63或N63)。图5基于BKVVP0氨基酸序列（220aa）序列，用最大似然法建立系统发育进化树。黑圈代表本研究中得到的毒株。节点上显示的是基于1,000个复制的引导值。Fig.5.Maximumlikelihoodphylogenetictreebasedon220aasequencealignmentoftheVP0proteinfromBKVstrains.Blackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudy.Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪嵴病毒VP1基因序列测定与分析[J]. 易春华,谢齐斌,唐薇薇,朱春刚,秦长串,伍和明,韦达有. 南方农业学报. 2016(04)
[2]不同部位高原牦牛肉品质评价[J]. 保善科,张丽,孔祥颖,王莉,周玉春,孙宝忠,余群力,王福宁,谢鹏,李海鹏. 畜牧兽医学报. 2015(03)
[3]动物嵴病毒病原特点及检测[J]. 代洪波,李淞,周远成,朱玲,徐志文. 病毒学报. 2012(05)
[4]四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响[J]. 张驰宇,张高红,杨敏,贲昆龙. 中国生物化学与分子生物学报. 2004(03)
硕士论文
[1]猪嵴病毒全基因组序列分析及荧光定量PCR检测方法的建立[D]. 王长松.上海交通大学 2013
本文编号：2899151
【文章来源】：西南民族大学四川省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于BKV3D部分基因序列（552bp），用最大似然法建立系统发育进化树
我国部分省区牛库布病毒的检测及基因组研究20图4基于完整VP1核苷酸序列（801bp），用最大似然法建立系统发育进化树。黑色圆圈代表来自本研究的毒株，空心圆圈代表来自之前另外一篇中国报道所列出的毒株（Changetal.,2014）。节点上显示的是基于1,000个复制的引导值。Fig.4.MaximumlikelihoodphylogenetictreebasedoncompleteVP1ntsequences（801bp）.BlackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudyandhollowcirclesdenoteisolatesfromapreviousChinesestudy（Changetal.,2014）..Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
我国部分省区牛库布病毒的检测及基因组研究212.3.5BKVVP0分子的遗传进化分析从辽宁和河南2个省份的5个奶牛场的粪便样本中成功获得了12个VP0片段，长度为660bp。以上序列均提交到GenBank数据库，登录号为MK080253-MK080264。这12条VP0序列之间具有78.5%-100%核苷酸序列同源性和推导氨基酸序列同源性为84.1%-100%，与GenBank数据库中仅有的3个BKVVP0相比，核苷酸序列同源性为80.2%-84.7%，氨基酸序列同源性为85.0%-91.8%。系统发育进化树基于GenBank数据库中仅有的3个BKV基因组包含的VP0氨基酸序列和本研究得到的12个VP0氨基酸序列，用最大似然法建立进化树，见图5。从图中可以看出进化树共分为两个分支，本研究得到的11个BKV毒株聚为独立的一支，暂时叫分支1。剩余的1个毒株和GenBank数据库中3个毒株聚集为另一个独立的分支，暂时叫分支2(图4)。进一步分析发现，与分支2中的毒株相比，分支1中本研究得到的11个VP0毒株有一个独特的氨基酸插入(S63或N63)。图5基于BKVVP0氨基酸序列（220aa）序列，用最大似然法建立系统发育进化树。黑圈代表本研究中得到的毒株。节点上显示的是基于1,000个复制的引导值。Fig.5.Maximumlikelihoodphylogenetictreebasedon220aasequencealignmentoftheVP0proteinfromBKVstrains.Blackcirclesdenoteisolatesfromthepresentstudy.Bootstrapvaluesbasedon1,000replicatesareshownonthenodes.
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪嵴病毒VP1基因序列测定与分析[J]. 易春华,谢齐斌,唐薇薇,朱春刚,秦长串,伍和明,韦达有. 南方农业学报. 2016(04)
[2]不同部位高原牦牛肉品质评价[J]. 保善科,张丽,孔祥颖,王莉,周玉春,孙宝忠,余群力,王福宁,谢鹏,李海鹏. 畜牧兽医学报. 2015(03)
[3]动物嵴病毒病原特点及检测[J]. 代洪波,李淞,周远成,朱玲,徐志文. 病毒学报. 2012(05)
[4]四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响[J]. 张驰宇,张高红,杨敏,贲昆龙. 中国生物化学与分子生物学报. 2004(03)
硕士论文
[1]猪嵴病毒全基因组序列分析及荧光定量PCR检测方法的建立[D]. 王长松.上海交通大学 2013
本文编号：2899151
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