《中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会会议摘要集》2015年

  本文关键词：Pseudomonas sp.C27反硝化脱硫的蛋白质组学分析，由笔耕文化传播整理发布。

《中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会会议摘要集》2015年

pQuant:蛋白质组学定量数据解析软件

刘超  宋春青  袁作飞  迟浩  付岩  王乐珩  贺思敏  董梦秋  孙瑞祥  

【摘要】：蛋白质定量是蛋白质组学的重要研究内容,而定量数据解析是其中最关键的环节之一。我们开发了相关软件pQuant,主要支持基于一级谱图信息的标记定量实验,如SILAC标记实验、15N标记实验等的数据解析。pQuant在定量算法上的特点是针对现在复杂样品中普遍存在的近质量共洗脱肽段信号互相干扰的问题,为肽段轻、重标形式的每个同位素峰重构色谱曲线,而后挑选干扰最小的色谱曲线计算比值。如图1所示,蓝色曲线、红色曲线分别是肽段轻标、重标形式的同位素峰色谱曲线。预期比值应该是1:1。肽段重标形式的单同位素峰曲线受到了干扰,如果选取该曲线计算比值,会得到2.5:1的不准确比值。pQuant对各曲线受干扰程度进行了分析,选择轻标的单同位素峰曲线、重标的第一同位素峰曲线去计算比值,得到准确的结果。pQuant与Census[1]、Max Quant[2]在7种混合比例(1:1,1:2,1:5,1:10,10:1,5:1和2:1)的SILAC标记的He La细胞样品上对比了结果。Census报告的肽段"非数"比值能占到总结果数目的2.5%到10.7%,Max Quant报告的肽段"非数"比值能占到总结果数目的 1.8%到2.7%,而pQuant只有0.01%到0.5%。除去肽段"非数"比值,对比其他比值的标准差,Census和MaxQ uant比pQuant大30%到100%。pQuant定量精度有明显的提高[3]。

【作者单位】：
【基金】：国家973项目(2012CB910602,2011YQ09000506,2010CB912701) 中科院知识创新工程(KGCX1-YW-13)资助
【分类号】：Q51;TP319
【正文快照】：

图1 p Quant精确定量示意图pQuant:蛋白质组学定量数据解析软件@刘超$中国科学院计算技术研究所中国科学院智能信息处理重点实验室!北京100190 @宋春青$北京生命科学研究所!北京102206 @袁作飞$中国科学院计算技术研究所中国科学院智能信息处理重点实验室!北京100190 @

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