人类分子相互作用在线资源及多物种的基因集功能关联分析工具的建立

发布时间：2023-04-16 14:29

　　第二代测序技术为生物学家提供了海量的实验数据,许多新的分析方法应运而生。其中,应用最为广泛的是基于基因注释的富集分析方法,而这一方法的局限性在于,它只是观察基因集本身的功能,并没有考虑基因之间的相互作用也会对生物表型造成影响,并且这种分析方法无法解释实验中观察到的新的生物表型。为此,我们探索了新的分析方法,通过衡量基因集之间的相互作用强弱来判断两个基因集是否具有功能上的关联,从而描述待分析基因集的功能。基因集功能关联分析方法需要一个对生物完整相互作用组有足够覆盖度的功能相互作用网络。在果蝇、线虫、酵母中,通过实验得到的分子相互作用数量较多,足以覆盖大部分的生命活动。而在人类、拟南芥、水稻、小鼠等物种中,实验得到的分子相互作用数量较少,不足以覆盖生命活动的重要通路。为此,我们使用的是通过预测得到的分子相互作用网络,以其为依据来构建基因集功能关联分析工具。为了获得高质量的预测分子相互作用网络,我们通过整合侧面证据的方法,建立了具有一定覆盖度的人类分子相互作用网络。通过这种方式建立的分子相互作用网络具有很高的准确性及特异性。以此为依据,我们建立了人类分子相互作用在线资源数据库,以供生物学家使...

【文章页数】：110 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
致谢
摘要
Abstract
缩写、术语表
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 分子相互作用
        1.2.1 通过实验获得的分子相互作用
        1.2.2 通过预测得到的分子相互作用
    1.3 高通量测序技术
        1.3.1 高通量测序技术分类
        1.3.2 高通量技术应用
        1.3.3 表达谱高通量数据分析方法
    1.4 生物学在线资源网站建立方法
        1.4.1 Java
        1.4.2 Java EE及JavaServr Faces
        1.4.3 JavaScript及AJAX
        1.4.4 ORACLE数据库
        1.4.5 分布式计算
    1.5 课题目的
    1.6 研究策略
    1.7 论文结构
第二章 人类预测分子相互作用网络的建立
    2.1 引言
    2.2 预测人类分子相互作用网络建立流程概览
    2.3 建立统一的分子标识符
        2.3.1 使用数据库网站提供的在线工具或映射关系文件
        2.3.2 使用BioMart在线标识符映射数据库
        2.3.3 使用Blast工具进行序列匹配及筛选
    2.4 建立训练例子集
        2.4.1 正例子集
        2.4.2 负例子集
    2.5 侧面证据
        2.5.1 共表达
        2.5.2 结构域相互作用
        2.5.3 功能注释相关性
        2.5.4 共进化
        2.5.5 同源相互作用
        2.5.6 侧面证据的特征强度评估
    2.6 建立预测模型
    2.7 评估预测模型的质量
    2.8 本章小结
第三章 基因集功能关联分析
    3.1 引言
    3.2 基因集功能关联分析
        3.2.1 基因集功能关联分析理论
        3.2.2 基因集功能关联分析公式
    3.3 Gene Ontology生物途径网络分析
    3.4 基因功能预测
    3.5 案例研究
    3.6 本章小结
第四章 人类分子相互作用在线资源的建立
    4.1 引言
    4.2 平台架构
    4.3 平台界面及使用
        4.3.1 蛋白质信息查询及结果展示页面
        4.3.2 分子相互作用查询及结果展示页面
        4.3.3 同源相互作用查询及结果展示页面
        4.3.4 序列比对查询及结果展示页面
        4.3.5 标识符在线转换工具
        4.3.6 生物途径信息
        4.3.7 生物途径功能关联
        4.3.8 蛋白质功能预测
        4.3.9 基因集功能关联分析工具
        4.3.10 分子相互作用及生物途径功能关联用户收藏夹
        4.3.11 分子相互作用数据文件下载
        4.3.12 其他信息
    4.4 本章小结
第五章 多物种的基因集功能关联分析工具
    5.1 引言
    5.2 平台架构
    5.3 网站界面
    5.4 网站功能
        5.4.1 在线标识符转换工具
        5.4.2 多物种的基因集功能关联分析工具内容介绍
    5.5 其他物种中基因集功能关联分析工具的应用
        5.5.1 基因集功能关联分析工具在酵母中的应用
        5.5.2 microRNA功能预测
    5.6 本章小结
第六章 结论及展望
    6.1 结论
    6.2 展望
参考文献
作者简介



本文编号：3791446