线粒体异质性对应用DNA条形码鉴定物种和评估生物多样性的影响

发布时间：2024-05-14 19:44

　　使用通用引物扩增榕小蜂cox1基因,对同一个体的cox1扩增片段同时使用一代测序方式(Sanger测序)与二代测序方式(Illumina Miseq测序)测序,并分析了:(1)基于Sanger测序的DNA条形码分析;(2)基于Illumina Miseq扩增子测序的线粒体异质性分析;(3)结合Sanger测序与Illumina Miseq扩增子测序结果,分析线粒体异质性对DNA条形码的影响;(4)使用高通量测序所得线粒体异质性序列,模拟DNA宏条形码评估多样性分析,以了解线粒体线粒体异质性对DNA条形码评估生物多样性的而影响;(5)基于多种方式验证了线粒体异质性的真实性,而非Numts的干扰。主要结果如下:1.基于Sanger测序的DNA条形码分析。以形态鉴定为基础,通过Sanger测序逐头获取隶属于3科5亚科10属28种,154头榕小蜂的DNA条形码。通过检查序列中是否含有终止密码子,发现其中3头标本所获取的DNA序列为Numts;通过构建NJ进化树,发现其中5头标本所获取的DNA序列可能来自实验过程中的交叉污染。最后有28个物种146头标本的DNA条形码用于后续分析。经计算DNA条...

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【部分图文】：

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图1-2.Astraptesfulgerator的成虫(a)及幼虫(b)[24]

河北大学博士学位论文4通过对蝴蝶Astraptesfulgerator的DNA条形码分析，发现这些标本的DNA条形码聚为多支；随后Hebert根据DNA条形码的聚类结果，进一步详细分析了不同聚类样本的生物学特征，例如幼虫形态，取食特点以及生活环境，最终确认蝴蝶Astraptesf....

图1-3.蝗虫(A)与鳌虾（B）中Numts对DNA条形码的影响[33]

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图1-4.DNA条形码gap示意图

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本文编号：3973398