构建人类长非编码RNA与蛋白质的相互作用及与变异和疾病的关系数据库

发布时间：2021-03-02 19:51

  长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)为长度大于200个核苷酸且不具有编码性的RNA,它们并不是基因转录过程中产生的"垃圾",反而是具有重要调控功能的转录本。已有的研究证实lncRNA在胚胎发育、剂量补偿、细胞分化、信号传导、凋亡、基因印迹以及免疫应答等各种生理或病理过程中都发挥着重要的调控作用。同时lncRNA还与多种人类癌症的发生、发展及转移紧密关联,并且其中的一些已被鉴定为相应癌症的生物学标志物或药物治疗的靶点。lncRNA通常需要和特定的蛋白质发生相互作用来发挥相应的功能,所以lncRNA与蛋白质之间的相互作用对于注释lncRNA功能至关重要。为此,我们利用人类基因组已注释的lncRNA和蛋白质,在全基因组范围内根据lncRNA的二级结构和蛋白质的功能域信息,预测和鉴定lncRNA与蛋白质之间的相互作用。接着,我们对这些相互作用进行了系统地分析和过滤,并构建了一个用户友好的人类lncRNA与蛋白质的相互作用及与变异和疾病的关系数据库HLPID(http://www.megabionet.org/HLPID/)来存储和展示这些相互作用信息。在HLPID中,用户不仅可以快速查询他们所关注的lncRNA或蛋白,获取lncRNA和蛋白质之间的相互作用信息。还可以从数据库中获取关于lncRNA与疾病的关联、lncRNA的表达、变异以及在不同癌症中的生存分析结果等详细信息。本课题不仅对认识lncRNA和蛋白质的调控关系有重要的促进作用,而且可以为lncRNA的功能研究提供重要的数据支撑,为后续研究奠定良好的基础。
【学位授予单位】：华东师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R3416

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本文编号：1275706