基于微阵列芯片鉴别缺血性脑卒中长链非编码RNA及mRNA表达谱

发布时间：2018-06-14 20:18

本文选题：缺血性脑卒中 + 长链非编码RNA　；参考：《广西医科大学》2017年硕士论文

【摘要】：目的:本研究旨在通过微阵列芯片技术,鉴别缺血性脑卒中的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,丰富缺血性脑卒中外周血lncRNA和mRNA的表达谱数据,为进一步进行缺血性脑卒中的lncRNA功能机制研究打下基础,从而促进缺血性脑卒中的早期诊断与防控。方法:采用病例-对照研究,在10例缺血性脑卒中患者、10例健康对照中,进行lncRNA和mRNA表达谱微阵列芯片检测。所用芯片为Human LncRNA Expression Microarray V4.0(8*60K),能够同时检测lncRNA和mRNA的表达量变化。使用Gene Spring GX v12.1软件对芯片数据进行分析,运用通路富集分析和基因本体论(GO)分析方法,分析与缺血性脑卒中发生相关的信号通路以及可能参与的生物学过程、细胞成分和分子功能。采用qRT-PCR实验,在78例缺血性脑卒中患者、80例健康对照中,检测lncRNA SERPINB9P1的相对表达量。采用SPSS软件18.0进行统计学分析,使用GraphPad Prism 5软件进行lncRNA相对表达量作图。结果:1.LncRNA芯片检测结果:共有5067个lncRNAs在缺血性脑卒中与对照组之间的表达差异具有统计学意义(P0.05,FDR0.05),包括2497个表达上调lncrnas、2570个表达下调lncrnas。其中,fc≥1.5的有3610个,包括1788个表达上调、1822个表达下调;fc≥2的有1403个,包括630个表达上调、773个表达下调。2.mrna芯片检测结果:共有3302个mrnas在缺血性脑卒中与对照组之间的表达差异具有统计学意义(p0.05,fdr0.05),包括1568个表达上调mrnas、1734个表达下调mrnas。其中,fc≥1.5的有2331个,包括1119个表达上调、1212个表达下调;fc≥2的有733个,包括249个表达上调、484个表达下调。3.通路分析结果:1568个上调差异表达mrnas富集得到4条相关信号通路(p0.05);1734个下调差异表达mrnas共富集得到34条相关信号通路(p0.05)。4.go分析结果:1568个上调差异表达mrnas富集程度最高的生物学过程、细胞成分和分子功能分别是proteinmodificationbysmallproteinconjugation、membrane-boundedorganelle和rnabinding;1734个下调差异表达mrnas富集程度最高的生物学过程、细胞成分和分子功能分别是multicellularorganismdevelopment、nuclearlumen和tubulinbinding。5.本研究共鉴别出92个缺血性脑卒中差异表达的反义lncrnas与相对应的mrnas(p0.05,fdr0.05,fc≥1.5)。差异表达倍数最大的10个反义lncrnas分别是rp11-445f12.2、hhip-as1、jmjd1c-as1、erich6-as1、loc101928069、ctb-187m2.2、rp5-955m13.4、hoxb-as3、sh3bp5-as1、g001868;分别对应的10个mRNAs为LHX1、HHIP、JMJD1C、FAM194A、PELI3、RNF112、KCNG1、HOXB5、SH3BP5、MFSD2A。6.qRT-PCR验证结果:SERPINB9P1在78例缺血性脑卒中患者、80例对照样本之间差异表达有统计学意义(Z=-5.410,P=6.31×10-8),SERPINB9P1在病例组中相对表达量低于对照组。结论:1.本研究鉴别出了缺血性脑卒中相关的lncRNA和mRNA表达谱。2.可能与缺血性脑卒中相关的上调信号通路有:Protein processing in endoplasmic reticulum通路和Ubiquitin mediated proteolysis通路;可能与缺血性脑卒中相关的下调信号通路有:PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、ErbB信号通路、Neurotrophin通路、Focal adhesion通路、Estrogen信号通路。蛋白质修饰在缺血性脑卒中的发生发展进程可能起到较为关键的作用。3.本研究共鉴别出缺血性脑卒中差异表达倍数最大的10对反义lncRNAs与相对应的mRNAs。其中,LHX1、HHIP、PELI3、HOXB5、RNF112、MFSD2A、SH3BP5、KCNG1等mRNAs可能参与调控缺血性脑卒中或者中枢神经系统相关的病理生理过程。4.LncRNA SERPINB9P1可能可以作为缺血性脑卒中的一个新型生物标志物。
[Abstract]:Objective : To investigate the expression of lncRNA and mRNA in ischemic stroke patients by microarray chip technique . The results were as follows : 1568 up - regulated differentially expressed mrnas were enriched to obtain four related signal pathways ( p0.05 ) ; 1734 downregulated differentially expressed mrnas were enriched to the highest biological processes , and the cellular and molecular functions were multicycle larorganography development , membrane - boundedorganelle and rnabinding . Results : 1 . There was a significant difference in the expression of mRNA and mRNA in patients with ischemic stroke ( Z = - 5.410 , P = 6.31 脳 10 - 8 ) and SERPINB9P1 showed a statistically significant difference in the progression of ischemic stroke ( Z = - 5.410 , P = 6.31 脳 10 - 8 ) . KCNG1 and other mRNAs may be involved in regulating the physiological processes related to ischemic stroke or the central nervous system . 4 . LncRNA SERPINB9P1 may be a new biomarker for ischemic stroke .
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R743.3

【参考文献】