流感疫苗对外周血记忆B细胞BCR CDR3多样性影响的研究

发布时间：2021-01-07 04:31

　　研究目的本研究基于高通量测序技术对5名健康志愿者接种季节性流感疫苗前后外周血中记忆B细胞重链BCR CDR3序列进行组库特征分析,从免疫组库的角度探讨流感疫苗的免疫效应,为疫苗的免疫效应研究和新疫苗的研发提供新的理论依据和研究思路。研究方法1.本研究共招募志愿者5名,均通过肌肉注射季节性流感疫苗,分别于注射疫苗前和注射疫苗后第28天采集外周血50ml,分离血清,采用间接ELISA法检测志愿者外周血中流感病毒特异性抗体的变化情况;2.于注射疫苗前和注射疫苗后第28天采集外周血50ml,磁珠分选出总B细胞,体外经灭活H7N9病毒刺激6天,Elispot法检测接种疫苗前后志愿者外周血中H3记忆B细胞频率的变化;3.免疫磁珠分离疫苗注射前和疫苗注射后28天外周血记忆B细胞,提取RNA,送华大基因公司进行BCR H-CDR3测序,利用IMGT/High V-QUEST分析软件,将测序得到的序列进行比对分析,分析内容如下:（1）CDR3序列的多样性以及克隆分布与丰度;（2）IGHV、IGHJ、IGHD基因家族取用和配对分布,以观察基因片段取用的偏好性;（3）各样本间CDR3重叠率;（4）CDR3与... 

【文章来源】：遵义医科大学贵州省

【文章页数】：89 页

【学位级别】：硕士

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信息分析流程图

遵义医科大学硕士学位论文何江211.4.11测序数据产出与过滤使用Hiseq4000平台对10个样本进行免疫组库测序，利用过滤软件SOAPnuke对原始数据进行过滤，包括去除接头污染（切除接头序列或去除包含接头的reads），去除未知碱基N含量大于10%的reads，去除低质量的reads（我们定义质量低于15的碱基占该reads总碱基数的比例大于50%的reads为低质量的reads）；将过滤后的cleanreads保存为FASTQ格式；图2MiXCR比对示意图Fig.2SchematicdiagramofMiXCRcomparion1.4.12序列比对使用MiXCR作为BCR比对的软件，使用参数如下：（1）mixcraligninput_R1.fastqinput_R2.fastqalignments.vdjca；（2）mixcrassemblealignments.vdjcaclones.clns；

遵义医科大学硕士学位论文何江22（3）mixcrexportClones--chainsIGHclones.clnsclones.txt1.4.13免疫组库后续分析数据比对后的结果中包含了样本中所有clone类型频率、序列等信息，但还需要对这一部分数据进行统计分析反映克隆群体结构，以及做样本间及组间比较。我们应用VDJtools作为比对后分析的软件，后续分析包括基本统计分析、克隆多样性评估、样本间克隆重叠、样本间克隆群体相似度分析以及层次聚类分析等。图3VDJtools示意图Fig.3TheusageofVDJtools1.4.14数据分析及作图采用Excel、IMGT/HighV-QUEST、Graphpad、Sigmaplot等软件对数据进行分析和作图。采用IBMSPSS22.0进行统计分析，计量资料符合正态分析则采用均数±标准差表示，配对t检验，否则采用四分位数表示，Wilcoxon符号秩和检验。图表中ns表示差异不显著（P>0.05）；*表示有统计学差异（P<0.05）；**表示有显著统计学差异（P<0.01）；***表示有极其显著的统计学差异（P<0.001）。


本文编号：2961917