Vogt-小柳原田综合征患者汗液中蛋白质组学和代谢组学的研究

发布时间：2021-06-25 05:20

　　目的:Vogt-小柳原田综合征（Vogt-Koyanagi-Harada,VKH）是一种多系统性的自身免疫性疾病,常伴发葡萄膜炎而致盲。为了更好地了解它的发病机制,我们用VKH病人的汗液进行了蛋白质组学和代谢组学的研究。方法:本研究纳入30例VKH患者的汗液样本作为疾病组和30例正常人的汗液样本作为对照组。分别采用了label-free和超高效液相色谱与四级杆-飞行时间（UHPLC-Q-TOF MS）技术进行了蛋白质组学和代谢组学的分析。结果:本实验可准确鉴定到716个蛋白质和175个代谢物。采用倍数变化（FC）大于2或小于0.5且P值小于0.05作为标准,筛选到116个差异蛋白,其中有99个是显著下调的,17个是显著增高的。基于变量权重值（VIP）大于1且P值小于0.05的标准来筛选差异代谢产物,共得到21个差异表达的代谢物。其中有18个代谢产物是下调的,包括胆碱,L-色氨酸、甜菜碱和L-丝氨酸。而甲氧基肉桂酸、组氨酸和棕榈酸则是上调的。通过蛋白质组学和代谢组学的联合分析发现一条氨基酸通路（甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢）显著失调。结论:本研究发现在VKH患者的汗液中有与正常人显著不同... 

【文章来源】：重庆医科大学重庆市

【文章页数】：37 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

对44个差异蛋白进行热图分析

重庆医科大学硕士研究生学位论文15图2构建PPI网络以直观显示差异汗液蛋白之间的连接度。Figure2.PPInetworkwasconstructedtovisuallyshowthedegreeofconnectivitybetweendifferentiallyexpressedproteins.Nodesinredweretheup-regulatedproteinsinVKHpatients,whereasgreynodesweredown-regulatedproteins.接下来，我们使用GO富集分析来进一步研究差异蛋白质的功能性通路（图3）。在P值小于0.05的条件下，一共可以得到2391个生物过程（BP）、267个细胞成分（CC）和233个分子功能（MF）。BP分析表明，许多通路都与免疫系统密切相关，包括immuneeffectorprocess、leukocyte-mediatedimmunity、positiveregulationofimmuneresponse和innateimmuneresponse。CC分析表明，这些蛋白大部分都参与extracellularregion,organelleandvesicleformation。在MF分析中主要包括binding,proteinbinding,identicalbinding和receptorbinding。

重庆医科大学硕士研究生学位论文16图3Go富集分析可得到差异蛋白的功能性通路。Figure3.Goenrichmentanalysisofdifferentialexpressedproteinsassociatedwithbiologicalprocess(BP),cellcomponent(CC)andmolecularfunction(MF)wasperformed.然后，将所有差异表达的蛋白质进行了通路富集分析，可以进一步分析他们之间的生物学功能。如图4所示，proteinprocessinginendoplasmicreticulum,carbonmetabolism,Hipposignalingpathway,pyruvatemetabolism和pathogenicEscherichiacoliinfection这些通路上富集到的蛋白数量最多。图4差异蛋白的通路富集分析。Figure4.Pathwayenrichmentanalysisbasedondifferentiallyexpressedproteins.Themaincategoriesandsub-categoriesofeachpathwayareshowninthesamecolor.


本文编号：3248582