ALK融合基因阳性晚期非小细胞肺癌克唑替尼早期耐药和预后的探索
发布时间：2021-08-05 15:48
背景酪氨酸激酶抑制剂（tyrosine kinase inhibitor,TKI）的应用给间变性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase,ALK）融合基因阳性晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者带来了长期生存获益。然而,大约20%的患者接受克唑替尼或下一代ALK-TKI治疗时会出现早期耐药（无疾病进展生存≤6.0个月）,且总生存期不超过1年。目前ALK阳性NSCLC的TKI早期耐药机制和预后机制尚未清楚,还没有可靠的分子生物标志物来预测TKI早期耐药和预后。本研究中,我们探索ALK融合基因阳性晚期NSCLC的克唑替尼早期耐药和预后相关的分子标志物。方法首先对5例克唑替尼治疗效果极差组（无疾病进展生存期≤3.0个月）和5例克唑替尼治疗效果极好组（无进展生存期≥24.0个月）的ALK融合基因阳性晚期NSCLC患者的原发肿瘤组织进行全外显子测序（Whole exome sequencing,WES）。采用生物信息学分析法,筛选出克唑替尼早期耐药和预后相关的突变基因,进一步在京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Geno...
【文章来源】：广州医科大学广东省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ALEX研究中阿来替尼（Alectinib）对照克唑替尼（Crizotinib）mPFS的K-M生存曲线：两组中约20%的患者在6.0个月内出现疾病进展
广州医科大学硕士学位论文20图2WES数据生物信息学分析流程图3.5.2候选突变基因生物学通路富集在线分析进一步采用KEGG对克唑替尼早期耐药或预后相关的候选突变基因进行信号通路分析，且将这些基因的生物学通路在string数据库进行富集，得到早期耐药或预后相关通路。3.6定制探针及扩大样本量目标序列捕获NGS3.6.1定制候选突变基因的捕获探针前期通过WES得到ALK融合基因阳性的肺癌患者早期耐药或预后相关的候选突变基因。但由于晚期NSCLC患者的肿瘤组织活检多为小样本，传统方法提取肺癌FFPE样本中DNA量含量低，远不够实验所需。因此，我们采取更低成本和高效的定制候选突变基因的捕获IDT（IntegratedDNAtechnologies,IDT）探针。定制IDT探针捕获区域的如下：(1)基于前期WES结果，个性化定制覆盖候选突变基因外显子区域的探针；(2)覆盖每个候选突变基因上下游的UTR区域；(3)包含每个候选突变基因外显子的两端外延长10个碱基，以覆盖剪接位点；
广州医科大学硕士学位论文24表15全外显子测序检测出的ALK融合基因类型ALK融合基因类型例数（人）ALK-EML44（40%）ALK-KLC13（30%）ALK-STRN1（10%）ALK-HIP12（20%）ALK-TFG1（10%）3.2体细胞突变结果10例ALK融合基因阳性晚期肺腺癌组织WES共检测出264.0个体细胞突变，这些体细胞突变的数量在克唑替尼治疗效果极差组和克唑替尼治疗效果极好组分布有统计学差异，治疗效果极差组体细胞突变数量明显多于治疗效果好组（中位数：136.0vs31.0，P<0.001）。治疗效果极差组体细胞突变数范围：72.0～192.0，平均突变数：142.0，95%CI:82.0～200.0；治疗效果极好组体细胞突变数范围：10.0～40.0，平均突变数：31.0，95%CI:10.0～48.0，如图3所示。图3治疗效果极差组和治疗效果极好组患者体细胞突变的比较3.3TMB检测结果克唑替尼治疗效果极差组的5名患者TMB明显高于克唑替尼治疗效果极好组（P=0.002，95%CI：5.0～15.0），如图4所示。5例治疗效果极差组原发肿瘤组织TMB范围：11.0～23.0，平均数：18.2，95%CI：12.0～24.0；5例治疗效果极好组原发肿瘤组织TMB范围：6.0～10.0，平均数：8.0，95%CI：6.0～10.0。
【参考文献】：
期刊论文
[1]晚期非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷与靶向治疗疗效相关性[J]. 童琳,丁宁,李佳旻,徐晓波,张勇,叶茂松,李春,张新,洪群英,周建,白春学,胡洁. 中国临床医学. 2019(04)
[2]ALK融合基因阳性非小细胞肺癌的临床研究进展[J]. 刘颖蕾,虞永峰,陆舜. 解放军医学杂志. 2019(06)
[3]ALK融合基因阳性非小细胞肺癌的研究进展[J]. 宋鹏,张力,尚聪聪. 中国肺癌杂志. 2018(09)
[4]存在EML4-ALK融合基因非小细胞肺癌患者的临床和病理学特征[J]. 刘晓晴,李晓燕,董嵩. 循证医学. 2010(04)
本文编号：3324030
【文章来源】：广州医科大学广东省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ALEX研究中阿来替尼（Alectinib）对照克唑替尼（Crizotinib）mPFS的K-M生存曲线：两组中约20%的患者在6.0个月内出现疾病进展
广州医科大学硕士学位论文20图2WES数据生物信息学分析流程图3.5.2候选突变基因生物学通路富集在线分析进一步采用KEGG对克唑替尼早期耐药或预后相关的候选突变基因进行信号通路分析，且将这些基因的生物学通路在string数据库进行富集，得到早期耐药或预后相关通路。3.6定制探针及扩大样本量目标序列捕获NGS3.6.1定制候选突变基因的捕获探针前期通过WES得到ALK融合基因阳性的肺癌患者早期耐药或预后相关的候选突变基因。但由于晚期NSCLC患者的肿瘤组织活检多为小样本，传统方法提取肺癌FFPE样本中DNA量含量低，远不够实验所需。因此，我们采取更低成本和高效的定制候选突变基因的捕获IDT（IntegratedDNAtechnologies,IDT）探针。定制IDT探针捕获区域的如下：(1)基于前期WES结果，个性化定制覆盖候选突变基因外显子区域的探针；(2)覆盖每个候选突变基因上下游的UTR区域；(3)包含每个候选突变基因外显子的两端外延长10个碱基，以覆盖剪接位点；
广州医科大学硕士学位论文24表15全外显子测序检测出的ALK融合基因类型ALK融合基因类型例数（人）ALK-EML44（40%）ALK-KLC13（30%）ALK-STRN1（10%）ALK-HIP12（20%）ALK-TFG1（10%）3.2体细胞突变结果10例ALK融合基因阳性晚期肺腺癌组织WES共检测出264.0个体细胞突变，这些体细胞突变的数量在克唑替尼治疗效果极差组和克唑替尼治疗效果极好组分布有统计学差异，治疗效果极差组体细胞突变数量明显多于治疗效果好组（中位数：136.0vs31.0，P<0.001）。治疗效果极差组体细胞突变数范围：72.0～192.0，平均突变数：142.0，95%CI:82.0～200.0；治疗效果极好组体细胞突变数范围：10.0～40.0，平均突变数：31.0，95%CI:10.0～48.0，如图3所示。图3治疗效果极差组和治疗效果极好组患者体细胞突变的比较3.3TMB检测结果克唑替尼治疗效果极差组的5名患者TMB明显高于克唑替尼治疗效果极好组（P=0.002，95%CI：5.0～15.0），如图4所示。5例治疗效果极差组原发肿瘤组织TMB范围：11.0～23.0，平均数：18.2，95%CI：12.0～24.0；5例治疗效果极好组原发肿瘤组织TMB范围：6.0～10.0，平均数：8.0，95%CI：6.0～10.0。
【参考文献】：
期刊论文
[1]晚期非小细胞肺癌患者肿瘤突变负荷与靶向治疗疗效相关性[J]. 童琳,丁宁,李佳旻,徐晓波,张勇,叶茂松,李春,张新,洪群英,周建,白春学,胡洁. 中国临床医学. 2019(04)
[2]ALK融合基因阳性非小细胞肺癌的临床研究进展[J]. 刘颖蕾,虞永峰,陆舜. 解放军医学杂志. 2019(06)
[3]ALK融合基因阳性非小细胞肺癌的研究进展[J]. 宋鹏,张力,尚聪聪. 中国肺癌杂志. 2018(09)
[4]存在EML4-ALK融合基因非小细胞肺癌患者的临床和病理学特征[J]. 刘晓晴,李晓燕,董嵩. 循证医学. 2010(04)
本文编号：3324030
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