基于RNA-seq探究身痛逐瘀汤对神经病理性疼痛的潜在作用靶点

发布时间：2022-10-05 23:33

　　研究目的:神经病理性疼痛的一种共同的内在机制是损伤或受到影响的神经发生炎症。这种炎症反应引起一连串的事件导致先天免疫细胞集中到损伤组织附近并被激活。包括细胞因子,神经营养因子和趋化因子在内的免疫活性物质的释放引起局部反应,并进一步导致更广泛的免疫反应。外周和中枢神经系统的致敏是神经病理性疼痛发生和维持的主要原因,而炎症免疫机制是调节这些环节的关键。神经病理性疼痛在中医辨病辨证中归于“痹证”范畴,中药复方身痛逐瘀汤具有身痛逐瘀汤具有行气活血逐瘀,祛风除湿止痛之功效,作为治疗痹证尤其是瘀血痹的代表方。现代药理研究证明,全方具有显著的抗炎,镇痛,改善微循环以及抗变态反应作用。基于二代测序技术的高通量测序（RNA-Seq）技术是目前应用最广泛的转录组测序技术,能快速获得检测样本的全部遗传信息。RNA-Seq具有实验成本低以及高通量特性等优点,可用来研究基因的结构和功能,鉴定基因表达量的变化,探究调控的可变剪接模式等。在生命科学领域,该技术已被用来探寻疾病的发生机制、临床的诊断以及药物药理学研究等。因此本研究将基于RNA-Seq技术探究身痛逐瘀汤在治疗神经病理性疼痛中潜在的作用靶点,为该疾病治疗... 

【文章页数】：94 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
中英文缩略词表
前言
1.材料
    1.1 实验细胞株
    1.2 实验试剂及耗材
    1.3 实验仪器
    1.4 主要试剂配置及实验准备
2.方法
    (一)文献检索
    (二)细胞实验前准备和基本操作
    (三)荧光定量q-PCR、Western-blot以及MTT法检测法
    2.1 克隆与质粒的构建
    2.2 转染
    2.3 基因过表达的评估
    2.4 RNA提取、测序
    2.5 RNA-seq数据处理和校准
    2.6 差异表达基因(DEG)分析
    2.7 可变剪接分析
    2.8 DEGs和AS事件的反转录qPCR验证
    2.9 功能富集分析
3.实验结果
    3.1 检索结果
    3.2 过表达STAU1促进细胞增殖
        3.2.1 过表达载体转染GFP荧光表达
        3.2.2 Q-PCR检测结果
        3.2.3 Western blot结果
        3.2.4 细胞增殖结果
    3.3 RNA-seq分析STAU1过表达的转录调控
        3.3.1 制备cDNA文库
        3.3.2 FPKM量化STAU1的表达值
        3.3.3 样本间聚类分析
        3.3.4 构建MA plot图
    3.4 STAU1调节富集在炎症和免疫反应相关基因的表达
        3.4.1 对差异表达基因(DEGs)作heapmap分析
        3.4.2 GO富集分析
        3.4.3 KEGG富集分析
        3.4.4 DEGs的层次聚类图
        3.4.5 四个差异表达基因IFIT2、OASL、IFIT3、CCL2的reads分布图
    3.5 STAU1能正调控HeLa细胞中IFIT2、OASL、IFIT3的表达,以及负调控CCL2基因表达
        3.5.1 RNA-seq中基因表达量检测
        3.5.2 Q-PCR验证结果
    3.6 STAU1调节富集于神经生长因子受体信号通路中基因的可变剪接
        3.6.1 样本外显子检出情况和剪接位点分析
        3.6.2 样本中AS事件的检出情况
        3.6.3 显著差异AS事件数量和类型
        3.6.4 检测同时发生RASG和DEG的基因
        3.6.5 可变剪接基因的GO和KEGG pathway富集性分析
    3.7 STAU1调控HeLa细胞中PLEKHG2、ARHGEF11、FGFR1、PDGFB、FGFR4、RALGDS的可变剪接
        3.7.1 可变剪接事件测序结果
        3.7.2 荧光定量Q-PCR检测
4.讨论
结语
参考文献
附录 基于RNA-seq技术在RNA结合蛋白中的研究进展
    参考文献
附表
致谢



本文编号：3686712