乳腺癌特征基因的筛选及预测

发布时间：2025-01-03 23:52

　　乳腺癌是目前全球育龄女性最常见的一种恶性癌症,近年来我国女性乳腺癌患者的死亡和发病率以3%的增长速度逐年递增,严重威胁着女性的生命健康。我国乳腺癌的早期患者治愈率比较高,达到80%到90%以上,但早期患者病症不明显,很容易被忽视,很多乳腺癌患者确诊时已经是处于中晚期,治疗的难度比较大,存活率比较低。因此,科学有效的预测方法对于乳腺癌的诊断有很大的作用,尽可能早地发现病情,及时配合医生进行相应的治疗能够有效提高生存几率,减轻病人的痛苦。癌症产生的主要原因是癌症驱动基因发生突变,乳腺癌症驱动基因的筛选对研究乳腺癌发病病理、找出有效治疗方案、研制新型抗癌药物有着重要的意义。本文依托高通量测序技术得到乳腺癌的基因表达数据,对特征基因进行筛选并对乳腺癌进行有效预测。本文选择从TCGA数据库下载的乳腺癌癌症基因和癌旁基因数据进行研究,对113个样本,19754个基因数据进行预处理后,运用R软件中的edgeR软件包进行倍数变化筛选,以2倍作为调控阈值,p<0.05,得到上调基因1997个,下调基因12487个,接着对上下调基因进行卡方检验,设定阈值后筛选出61个基因,最后运用递归特征消除法选出差...

【文章页数】：53 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1-1TCGA数据库首页

乳腺癌特征基因的筛选及预测11图1-1TCGA数据库首页图1-2乳腺癌基因下载页面二、基因表达文库（GEO）基因表达综合数据库（GEO）隶属于美国国立卫生研究院的NCBI，是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。GEO作为公共基因数据库平台，最大的功能是公开高通量基因组数据以供....

图1-2乳腺癌基因下载页面

乳腺癌特征基因的筛选及预测11图1-1TCGA数据库首页图1-2乳腺癌基因下载页面二、基因表达文库（GEO）基因表达综合数据库（GEO）隶属于美国国立卫生研究院的NCBI，是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。GEO作为公共基因数据库平台，最大的功能是公开高通量基因组数据以供....

图1-3GEO数据库首页

乳腺癌特征基因的筛选及预测12GEO的样本数据，目前平台上共有2439709个样本。系列可以理解为一项研究中多个样本构成的数据集，同时呈现重要的一些基因信息和经过分析后的结果，系列将相关的样本联系起来，并通过描述数据特征、制作相关图表等方式进行相关研究，每个系列都有专属的一个检索....

图1-4NCBI数据库首页

乳腺癌特征基因的筛选及预测13GeneBank数据库提供基因组位置、基因排序及基因遗传途径等信息，内含有基因核酸数据、基因组数据、文献数据等，并提供数据挖掘、序列分析等工具，是癌症协作研究项目的重要数据库。数据库主要用于提供并分析分子生物学、遗传学相关的基因数据，并通过计算机系统....

本文编号：4022579