新吉细毛羊和小尾寒羊的毛品质性状及皮肤转录组学研究

发布时间：2019-03-01 07:53

【摘要】：本项目研究以新吉细毛羊和小尾寒羊为研究对象,通过对两个绵羊品种毛表型性状、皮肤组织学、羊毛生长血清学研究,阐明两个品种间毛用性状的极端差异性,然后运用转录组测序技术对两个品种绵羊皮肤组织测序,将测得序列通过组装,比对到参考基因组和转录本,筛选出两个极端差异品种绵羊皮肤组织中的差异表达基因,并对差异表达基因进行GO、KEGG注释,得到差异表达基因的生物学功能富集和特异性代谢通路；通过对变异位点和差异剪接的研究,挖掘出与毛用性状差异相关的潜在突变位点、突变基因和可变剪接体,然后从中选择与毛用性状直接关联的角蛋白关联蛋白进行遗传多样性及品质性状分析,挖掘出与绵羊羊毛生长性状和质量性状相关的潜在基因,为绵羊毛用性状分子育种提供了理论基础。本研究主要结果如下：(1)选取新吉细毛羊和小尾寒羊各6只进行毛用性状、组织学、血液中激素含量等测定,结果表明：新吉细毛羊羊毛细度明显大于小尾寒羊,差异极显著(P0.01)；小尾寒羊羊毛长度大于新吉细毛羊,差异显著(P0.05)；在羊毛的生长过程中,小尾寒羊羊毛的生长速度快于新吉细毛羊；在激素含量测定方面,两个品种绵羊生长激素(GH)含量较低,表皮生长因子(EGF)、胰岛素样生长因子(IGF-1)、成纤维细胞生长因子(FGF-5)、褪黑激素(MT)、生长激素(GH)、甲状腺激素T3、甲状腺激、血管内皮生长因子(VEGF)、在不同月份出现不同变化,且存在较大差异。在毛囊密度方面,两种绵羊相同月份相同部位毛囊比较,新吉细毛羊明显大于小尾寒羊(P0.01)；在皮肤总厚度方面,小尾寒羊的皮肤总厚度明显高于新疆细毛羊(P0.01)。(2)选取新吉细毛羊和小尾寒羊各3只,通过皮肤组织的高通量测序,对测序数据进行过滤,得到100bp高质量测序序列分别为新吉细毛羊0.6Gb和小尾寒羊0.56Gb；测序序列与参考基因比对率分别为87.57%和87.68%。两个转录组文库问发现710个差异表达基因；356个基因为上调,354个基因为下调。通过差异表达基因的GO注释,416个差异表达基囚注释到208个GO term;形成29个次级条目,118个基因在细胞组分、199个基因在生物过程和321个基因在分子功能中得到注释；期中差异表达基因在5个GO条目中显著富集；通过差异表达基因的代谢通路注释,230个差异表达基因注释到了KEGG数据库中,得到193个代谢通路,期中5个代谢通路显著性富集。(3)在绵羊变异检测和可变剪接分析中,在新吉细毛羊中检测到122,994个SNP位点和5,683个Indel位点；在小尾寒羊中检测到129,074SNP位点和6,153个Indel位点；在变异功能注释过程中,新吉细毛羊功能注释为91,797个SNP位点和5,684个Indel位点；小尾寒羊功能注释为129,091个SNP位点和6,150个Indel位点。在挖掘两个品种间潜在与目标性状相关变异位点的功能注释中,通过阈值p-value0.05筛选出差异5,236个SNP位点和257个Indel位点。在挖掘与目标性状有关的变异位点所在突变基因的注释中,筛选出与蛋白改变有关的155个突变基因,通过GO的注释,获得71GOterm,得到9个GO条目下突变差异表达基因显著富集；通过突变差异表达基因的代谢通路注释,40个突变差异基因注释到了KEGG数据库中,得到88个代谢通路,期中1个通路存在显著富集；在挖掘潜在的与目标性状相关的可变剪接中得到76个基因可变剪接,93个剪接体的转录本。(4)在候选角蛋白关联蛋白基因在新吉细毛中的遗传变异分析表明,KAP24.1基因在cDNA348bp处发生T→C的突变,cDNA414bp处发生C→T的突变,属于错义突变,分别由脯氨酸突变为亮氨酸；丝氨酸突变为脯氨酸；KAP13.1基因在cDNA291bp处发生T→C的突变,cDNA469、528bp处发生C→T的突变,属于同异突变,未引起氨基酸序列的改变；在群体遗传学分析中,两个候选基因位点处于Hardy-Weinberg平衡,并且均处于中等多态(P0.5); KAP24.1基因中,BB基因型对羊毛产毛量和拉伸长度有显著影响(P0.05); KAP13.1基因中,在T291C位点,CC基因型对羊毛的拉伸长度有显著影响(P0.05),在C469、528T位点NN基因型对羊毛的产毛量和拉伸长度有显著影响(P0.05)。综上所述,本试验阐明了新吉细毛羊和小尾寒羊羊毛表型性状、皮肤组织学、羊毛生长血清学的差异性,并通过皮肤组织转录组的高通量测序分析,筛选出了差异表达基因、突变基因和可变剪接等,为进一步研究羊毛的生长和品质提供了基础理论数据,同时,对角蛋白关联蛋白基因在新吉细毛羊中遗传变异分析,为后期新吉细毛分子育种提供理论基础。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：延边大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 莫建华,王海彦;提高小尾寒羊多羔率的七项措施[J];农业科技通讯;2000年09期

2 张国华;小尾寒羊荐部打伤的治疗[J];中国兽医科技;2000年11期

3 门志华;饲养小尾寒羊失败的原因及对策[J];河北畜牧兽医;2000年02期

4 邓秀;小尾寒羊当嫁妆[J];河北畜牧兽医;2000年10期

5 吴继东;小尾寒羊养殖中应注意的几个问题[J];家畜生态;2000年04期

6 乔建迪,潘海英;谈谈如何养好小尾寒羊[J];河南农业;2000年09期

7 吕贵喜;怎样引养小尾寒羊[J];四川畜牧兽医;2000年11期

8 秋红;小尾寒羊多产技术[J];山西农业;2000年07期

9 陈伯华;小尾寒羊引种注意事项[J];山西农业;2000年12期

10 王景元;山东小尾寒羊发展的历史[J];中国草食动物;2001年03期

相关会议论文 前10条

1 曲绪仙;;小尾寒羊引种与开发利用[A];2006中国羊业进展——第三届中国羊业发展大会论文集[C];2006年

2 柳楠;王金文;魏敬才;田春玲;王新颜;杨永林;李晶;樊庆灿;;小尾寒羊高繁品系多胎基因检测研究[A];《2009中国羊业进展》论文集[C];2009年

3 曹荣峰;王继芳;;小尾寒羊复旧期子宫平滑肌降解代谢的试验[A];中国畜牧兽医学会家畜内科学分会2009年学术研讨会论文集[C];2009年

4 陈大林;;充分发挥小尾寒羊的高产多胎特性 加快肉羊产业发展[A];中国羊业高峰会暨中国畜牧业协会羊业分会成立大会会刊[C];2003年

5 陈大林;;小尾寒羊品种资源优势保护与利用[A];中国羊业进展——首届中国羊业发展大会会刊[C];2004年

6 郭继军;;浅析青海省小尾寒羊的利用现状与发展方向[A];全国养羊生产与学术研讨会议论文集（2003～2004）[C];2004年

7 冯维祺;马月辉;浦亚斌;;应重视小尾寒羊在肉羊产业中的利用[A];2006中国羊业进展——第三届中国羊业发展大会论文集[C];2006年

8 王金文;王德芹;张果平;李焕玲;崔绪奎;朱荣生;;小尾寒羊与杂交肥羔肉品质及营养特性的研究[A];第四届中国羊业发展大会论文集[C];2007年

9 谭旭信;;小尾寒羊生产技术应用[A];全国养羊生产与学术研讨会议论文集（2007-2008）[C];2008年

10 柳楠;王金文;魏敬才;田春玲;王新颜;杨永林;李晶;樊庆灿;;基因检测技术在小尾寒羊高繁品系建立中的应用[A];中国动物遗传育种研究进展——第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集[C];2009年

相关重要报纸文章 前10条

1 本报记者 崔小红;小尾寒羊让农民笑得最开心[N];呼和浩特日报(汉);2005年

2 靳茂荣 杜怀国;武川县以寒羊养殖带动农牧业产业化快速发展[N];呼和浩特日报(汉);2005年

3 张明伟 李根银;引进小尾寒羊要慎重[N];山西科技报;2003年

4 张灿东;东平整治小尾寒羊外调秩序[N];中国畜牧报;2002年

5 姜风涛 张灿东;东平小尾寒羊走向西部[N];中国畜牧报;2003年

6 赵连波 本报记者 林铁山;寒羊“热”养[N];吉林农村报;2010年

7 吉标华 本报记者 安丽霞;小尾寒羊 大大效益[N];吉林日报;2001年

8 梁山;如何给小尾寒羊“接风”[N];河北科技报;2003年

9 山东农业大学动物科学院 冀贞阳;小心冒牌“小尾寒羊”[N];河北科技报;2005年

10 赵国明;小尾寒羊还需改良[N];河南科技报;2003年

相关博士学位论文 前8条

1 孙福亮;新吉细毛羊和小尾寒羊的毛品质性状及皮肤转录组学研究[D];延边大学;2016年

2 柳淑芳;小尾寒羊多胎性状相关基因的鉴定和遗传研究[D];山东农业大学;2004年

3 曹荣峰;小尾寒羊子宫复旧的研究[D];东北农业大学;2002年

4 宋雪梅;小尾寒羊5个与繁殖和疾病抗性相关基因的克隆及比较基因组学分析[D];中国农业科学院;2007年

5 张蕾;小尾寒羊骨骼肌细胞Myostatin基因打靶的研究[D];中国农业大学;2005年

6 葛利江;小尾寒羊妊娠中后期胎盘和子宫颈成熟的监测[D];东北农业大学;2003年

7 张利平;BMPR-IB基因和PGR基因作为小尾寒羊多胎候选基因的研究[D];甘肃农业大学;2005年

8 杨开伦;集约化生产方式下无角陶赛特×小尾寒羊羔羊产肉性能和肉质的研究[D];新疆农业大学;2009年

相关硕士学位论文 前10条

1 刘冠卿;小尾寒羊CSRP2、CSRP3和FSTL1基因克隆、结构特征及组织表达分析[D];山东农业大学;2015年

2 王杰;小尾寒羊、滩羊生长性能及其主要消化生理参数的比较[D];西北农林科技大学;2008年

3 张宁;不同日龄小尾寒羊与滩羊消化器官及其胃消化酶活性的比较研究[D];西北农林科技大学;2008年

4 吕爱军;小尾寒羊铜的适宜供给量和营养监测模型研究[D];山东农业大学;2005年

5 范秀军;妊娠中后期小尾寒羊胎儿成熟监测[D];东北农业大学;2003年

6 罗庆苗;利用数字基因表达谱对小尾寒羊高繁性状相关基因的筛选研究[D];中国农业科学院;2012年

7 杜志明;小尾寒羊在南方地区的适应性研究[D];江西农业大学;2013年

8 刘媛;小尾寒羊无角基因的分子标记和δ差异显示分析研究[D];河北农业大学;2013年

9 陈鼎;小尾寒羊和滩羊肠道发育及其主要消化酶活性变化规律研究[D];西北农林科技大学;2008年

10 李珏;利用非遗传信息和微卫星多态性分析小尾寒羊种群生存力[D];山东农业大学;2008年

，

本文编号：2432232