天祝白牦牛肌肉生长和肌内脂肪沉积相关基因筛选与鉴定
发布时间：2020-12-31 19:12
牦牛（Bos grunniens）主要分布在青藏高原及其毗邻高海拔地区,以产肉和产奶为主。牦牛肉是当地牧民重要的动物性蛋白来源,但与普通牛肉相比,肌纤维较粗、肌内脂肪（IMF）沉积少而嫩度差。遗传对畜禽肉质性状有重要的影响,为了解析牦牛肉品质形成的转录调控机制,本研究以6月龄（M6,n=3）、30月龄（M30,n=3）和54月龄（M54,n=3）天祝白牦牛为研究对象,利用转录组（RNA-Seq）、同位素标记相对绝对定量蛋白质组学（Tandem Mass Tag,TMT）和荧光定量PCR（RT-qPCR）等方法,探究牦牛肌肉和IMF发育的转录调控机制,为发掘牦牛肌肉品质功能基因及分子育种应用提供理论依据。主要研究结果如下:1.天祝白牦牛6?30月龄生长速度较30?54月龄快;随年龄增长,肌肉剪切力值、IMF含量显著增加,且肌纤维直径显著增大（P<0.05或P<0.01）。2.不同年龄天祝白牦牛背最长肌RNA-Seq分析,M6 vs M30、M30 vs M54和M6vs M54组分别鉴定到1576个、124个和1407个差异表达基因（DEGs）（P-adjust<0.0...
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：112 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
上调DEPs GO功能注释
对3组间鉴定获得的460个下调DEPs GO功能注释,图4-8展示了注释前25的GO条目,下调的DEPs被注释到了53个GO条目中。生物学过程归类中,蛋白数最多的前3个条目是细胞过程(cellular process)、单有机体过程(single-organism process)和代谢过程(metabolic process);另外,生长(growth)条目也被注释到该归类中。细胞组分归类中,蛋白数最多的前3个条目分别为细胞(cell)、细胞部分(cell part)和细胞器(organelle)。分子功能归类中,蛋白数最多的前3个条目分别为结合(binding)、催化活性(catalytic activity)和转运活性(transporter activity)。4.3.7.2 DEPs GO功能富集分析
通过3组间216个上调DEPs GO功能富集,发现DEPs被显著富集到153个GO条目中。图4-9展示了DEPs显著富集的前25个GO条目。生物学过程(BP)GO归类显著富集了114个GO条目,主要富集在生物调节(biological regulation)、生物过程调节(regulation of biological process)、蛋白质代谢过程调节(regulation of protein metabolic process)、催化活性调节(regulation of catalytic activity)和防御反应(defense response)等GO条目中;另外,磷脂分解代谢过程(phospholipid catabolic process)、甘油脂分解代谢过程(glycerolipid catabolic process)和脂质储存调节(regulation of lipid storage)的GO条目也被显著富集。细胞组分(CC)GO归类显著富集了7个GO条目,主要富集在细胞外空间(extracellular space)、血液微粒(blood microparticle)和纤维蛋白原复合物(fibrinogen complex)等GO条目中。分子功能(MF)GO归类显著富集了32个GO功能条目,主要富集在分子功能调节剂(molecular function regulator)、酶活性调节(enzyme regulator activity)、脂蛋白颗粒受体结合(lipoprotein particle receptor binding)和脂肪酸结合(fatty acid binding)等GO条目中。(2)下调表达DEPs GO富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]牦牛VGLL2基因多态性与体尺性状的关联性分析[J]. 杨玉梅,柴志欣,信金伟,王会,王吉坤,张成福,钟金城,姬秋梅. 西南农业学报. 2019(10)
[2]牦牛ACTA1基因启动子区克隆、DNA甲基化与组织表达相关性分析[J]. 杨勤,柴志欣,王吉坤,王会,钟金城. 华北农学报. 2020(01)
[3]牦牛基因组和转录组研究进展[J]. 马志杰. 中国农业大学学报. 2019(07)
[4]牦牛FABP3基因组织表达、多态性及其对胴体和肉质性状的影响[J]. 胡江,曹健,张丽,赵志东,王继卿,刘秀,李少斌,陈金林,罗玉柱. 农业生物技术学报. 2019(06)
[5]牦牛不同年龄肌肉组织microRNA表达谱及生物信息学分析[J]. 纪会,王会,柴志欣,王吉坤,王嘉博,罗晓林,姬秋梅,信金伟,钟金城. 畜牧兽医学报. 2019(05)
[6]牦牛肉干制品加工研究进展[J]. 闫晓晶,雷元华,谢鹏,鲍宇红,参木友,孙宝忠,张松山. 肉类研究. 2019(03)
[7]舍饲牦牛与犏牛生长性能、屠宰性能、肉品质和肌内脂肪沉积相关基因表达的比较分析[J]. 官久强,张海波,罗晓林. 动物营养学报. 2019(06)
[8]无角牦牛的产肉性能及肉品质分析[J]. 梁春年,王宏博,吴晓云,张国模,褚敏,殷满财,郭宪,包鹏甲,丁学智,马金寿,武甫德,阎萍. 安徽农业科学. 2018(18)
[9]浅谈天祝白牦牛保种选育技术措施[J]. 许洪福. 中国牛业科学. 2018(03)
[10]肌球蛋白重链基因在人类遗传性疾病中的研究进展[J]. 何一旻,顾鸣敏. 遗传. 2017(10)
博士论文
[1]基于蛋白质组学的牦牛平滑肌嫩度形成机制研究[D]. 李升升.甘肃农业大学 2019
[2]秦川牛肌肉与脂肪组织发育相关miRNA鉴定及miR-10020调控机制解析[D]. 孙加节.西北农林科技大学 2015
[3]秦川牛肉质理化特性分析及其正向调控[D]. 李林强.西北农林科技大学 2010
硕士论文
[1]牦牛miR-487b和miR-433对C2C12增殖和分化调控作用的研究[D]. 凌笑笑.中国农业科学院 2018
[2]年龄和性别对牦牛舍饲育肥效果和肉品质的影响研究[D]. 付洋洋.西南民族大学 2018
[3]牦牛CAPN1基因多态性及与胴体和肉质性状关联研究[D]. 陈杰.甘肃农业大学 2016
[4]年龄对牦牛肉肉用品质及钙激活酶活性影响的研究[D]. 徐瑛.甘肃农业大学 2014
[5]秦川肉牛、荷斯坦奶牛及其杂交后代生长发育规律与肉用性能研究[D]. 朱光星.西北农林科技大学 2013
[6]年龄和肌内脂肪沉积对牛肉嫩度的影响[D]. 卢桂松.南京农业大学 2013
[7]牦牛IGF-Ⅱ及其受体基因多态与生长性状相关性研究[D]. 王丁科.甘肃农业大学 2009
[8]牦牛GH基因和GHR基因的多态性及生长发育的性状标记[D]. 张森.甘肃农业大学 2008
[9]牦牛IGF-I基因及IGF-IR基因多态性与生长发育性状关系的研究[D]. 姚玉妮.甘肃农业大学 2008
本文编号：2950157
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：112 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
上调DEPs GO功能注释
对3组间鉴定获得的460个下调DEPs GO功能注释,图4-8展示了注释前25的GO条目,下调的DEPs被注释到了53个GO条目中。生物学过程归类中,蛋白数最多的前3个条目是细胞过程(cellular process)、单有机体过程(single-organism process)和代谢过程(metabolic process);另外,生长(growth)条目也被注释到该归类中。细胞组分归类中,蛋白数最多的前3个条目分别为细胞(cell)、细胞部分(cell part)和细胞器(organelle)。分子功能归类中,蛋白数最多的前3个条目分别为结合(binding)、催化活性(catalytic activity)和转运活性(transporter activity)。4.3.7.2 DEPs GO功能富集分析
通过3组间216个上调DEPs GO功能富集,发现DEPs被显著富集到153个GO条目中。图4-9展示了DEPs显著富集的前25个GO条目。生物学过程(BP)GO归类显著富集了114个GO条目,主要富集在生物调节(biological regulation)、生物过程调节(regulation of biological process)、蛋白质代谢过程调节(regulation of protein metabolic process)、催化活性调节(regulation of catalytic activity)和防御反应(defense response)等GO条目中;另外,磷脂分解代谢过程(phospholipid catabolic process)、甘油脂分解代谢过程(glycerolipid catabolic process)和脂质储存调节(regulation of lipid storage)的GO条目也被显著富集。细胞组分(CC)GO归类显著富集了7个GO条目,主要富集在细胞外空间(extracellular space)、血液微粒(blood microparticle)和纤维蛋白原复合物(fibrinogen complex)等GO条目中。分子功能(MF)GO归类显著富集了32个GO功能条目,主要富集在分子功能调节剂(molecular function regulator)、酶活性调节(enzyme regulator activity)、脂蛋白颗粒受体结合(lipoprotein particle receptor binding)和脂肪酸结合(fatty acid binding)等GO条目中。(2)下调表达DEPs GO富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]牦牛VGLL2基因多态性与体尺性状的关联性分析[J]. 杨玉梅,柴志欣,信金伟,王会,王吉坤,张成福,钟金城,姬秋梅. 西南农业学报. 2019(10)
[2]牦牛ACTA1基因启动子区克隆、DNA甲基化与组织表达相关性分析[J]. 杨勤,柴志欣,王吉坤,王会,钟金城. 华北农学报. 2020(01)
[3]牦牛基因组和转录组研究进展[J]. 马志杰. 中国农业大学学报. 2019(07)
[4]牦牛FABP3基因组织表达、多态性及其对胴体和肉质性状的影响[J]. 胡江,曹健,张丽,赵志东,王继卿,刘秀,李少斌,陈金林,罗玉柱. 农业生物技术学报. 2019(06)
[5]牦牛不同年龄肌肉组织microRNA表达谱及生物信息学分析[J]. 纪会,王会,柴志欣,王吉坤,王嘉博,罗晓林,姬秋梅,信金伟,钟金城. 畜牧兽医学报. 2019(05)
[6]牦牛肉干制品加工研究进展[J]. 闫晓晶,雷元华,谢鹏,鲍宇红,参木友,孙宝忠,张松山. 肉类研究. 2019(03)
[7]舍饲牦牛与犏牛生长性能、屠宰性能、肉品质和肌内脂肪沉积相关基因表达的比较分析[J]. 官久强,张海波,罗晓林. 动物营养学报. 2019(06)
[8]无角牦牛的产肉性能及肉品质分析[J]. 梁春年,王宏博,吴晓云,张国模,褚敏,殷满财,郭宪,包鹏甲,丁学智,马金寿,武甫德,阎萍. 安徽农业科学. 2018(18)
[9]浅谈天祝白牦牛保种选育技术措施[J]. 许洪福. 中国牛业科学. 2018(03)
[10]肌球蛋白重链基因在人类遗传性疾病中的研究进展[J]. 何一旻,顾鸣敏. 遗传. 2017(10)
博士论文
[1]基于蛋白质组学的牦牛平滑肌嫩度形成机制研究[D]. 李升升.甘肃农业大学 2019
[2]秦川牛肌肉与脂肪组织发育相关miRNA鉴定及miR-10020调控机制解析[D]. 孙加节.西北农林科技大学 2015
[3]秦川牛肉质理化特性分析及其正向调控[D]. 李林强.西北农林科技大学 2010
硕士论文
[1]牦牛miR-487b和miR-433对C2C12增殖和分化调控作用的研究[D]. 凌笑笑.中国农业科学院 2018
[2]年龄和性别对牦牛舍饲育肥效果和肉品质的影响研究[D]. 付洋洋.西南民族大学 2018
[3]牦牛CAPN1基因多态性及与胴体和肉质性状关联研究[D]. 陈杰.甘肃农业大学 2016
[4]年龄对牦牛肉肉用品质及钙激活酶活性影响的研究[D]. 徐瑛.甘肃农业大学 2014
[5]秦川肉牛、荷斯坦奶牛及其杂交后代生长发育规律与肉用性能研究[D]. 朱光星.西北农林科技大学 2013
[6]年龄和肌内脂肪沉积对牛肉嫩度的影响[D]. 卢桂松.南京农业大学 2013
[7]牦牛IGF-Ⅱ及其受体基因多态与生长性状相关性研究[D]. 王丁科.甘肃农业大学 2009
[8]牦牛GH基因和GHR基因的多态性及生长发育的性状标记[D]. 张森.甘肃农业大学 2008
[9]牦牛IGF-I基因及IGF-IR基因多态性与生长发育性状关系的研究[D]. 姚玉妮.甘肃农业大学 2008
本文编号：2950157
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