桑树miRNA的鉴定及其在蚕桑互作中的功能研究
发布时间：2021-03-10 03:03
miRNA是一类长度约为22nt的非编码小RNA分子,其通过与靶基因互补配对降解靶基因mRNA或抑制翻译的方式在动植物的生理过程中起着重要的调控功能。目前,关于miRNA的研究主要聚焦于细胞内miRNA对自身物种的功能研究。例如,植物miRNA能调控根、茎、叶、花和果实的生长发育,动物miRNA在器官的发育方面也起着重要的调控作用。最近,有研究报道释放型miRNA能从细胞被分泌到体液,并能在哺乳动物的体液中循环运动,稳定存在。这些释放型miRNA能被脂蛋白或其它RNA结合分子运载、或被微囊泡包裹,从而在苛刻的环境（例如RNA酶含量高的环境、pH极高或极低的环境）中也能保持较高的稳定性。体液中的循环型miRNA能被引导到靶细胞以调节靶基因的表达水平。2011年,张辰宇等人发现水稻衍生的miRNA能穿过哺乳动物的胃肠道进入小鼠的血液、肝脏和其它组织中,水稻的miR168在小鼠的肝脏组织中能通过降低低密度脂蛋白受体衔接蛋白（LDLRAP1）的水平,调节小鼠的胆固醇水平。该研究为动物摄取的食物遗传调控以及基因工程食物提供了新的视野、也为利用小分子核酸预防或治疗疾病提供了可能。然而,最近几个关于...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：220 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 microRNA的概述
1.1.1 microRNA的发现
1.1.2 microRNA的生物合成和作用机制
1.1.3 miRNA在植物中的生物学功能
1.2 外源miRNA的跨界调节研究现状
1.2.1 外源miRNA能进行跨界调节
1.2.2 外源miRNA不能进行跨界转运
第二章 引言
2.1 研究背景
2.2 研究目的和意义
2.3 主要研究内容
2.4 技术路线
第三章 利用高通量测序技术鉴定川桑的保守miRNA和新miRNA
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料和小RNA文库的构建
3.1.2 小RNA生物信息学分析
3.1.3 新miRNA的预测
3.1.4 采用qRT-PCR检测川桑miRNA和靶基因的表达量
3.1.5 miRNA靶基因的预测
3.2 结果与分析
3.2.1 桑树3个组织的小RNA分析
3.2.2 桑树保守miRNA的鉴定
3.2.3 桑树新miRNA的鉴定
3.2.4 桑树组织倾向性miRNA的鉴定
3.2.5 利用RT-PCR检测川桑miRNA及其靶基因的表达水平
3.2.6 miRNA靶基因的预测
3.2.7 利用荧光定量PCR检测靶基因的表达模式
3.3 小结与讨论
第四章 栽培桑miRNA的鉴定及其与野生桑miRNA的比较分析
4.1 材料和方法
4.1.1 材料
4.1.2 两个栽培桑品系总RNA的提取和小RNA文库的构建
4.1.3 小RNA的生物信息学分析和保守miRNA的鉴定
4.1.4 新miRNA的预测
4.1.5 miRNA的靶基因预测
4.2 结果与分析
4.2.1 栽培桑和野生桑叶片小RNA序列分析
4.2.2 栽培桑和野生桑保守miRNA的比较分析
4.2.3 栽培桑和野生桑新miRNA的比较分析
4.2.4 差异表达miRNA对应靶基因的分析
4.2.5 栽培桑和野生桑差异表达的miRNA靶基因的GO和KEGG分析
4.3 小结与讨论
第五章 家蚕血淋巴小RNA种类的鉴定和分析
5.1 材料和方法
5.1.1 家蚕幼虫血淋巴的收集
5.1.2 家蚕幼虫血淋巴小RNA的提取
5.1.3 家蚕幼虫血淋巴小RNA文库的构建
5.1.4 家蚕幼虫血淋巴小RNA的生物信息学分析
5.1.5 家蚕幼虫血淋巴已知miRNA和新miRNA的鉴定
5.1.6 家蚕幼虫血淋巴tRNA衍生片段（tsRNA）的分类鉴定
5.1.7 家蚕幼虫血淋巴中表达量最高且属于3种氨基酸的tsRNA的位置分析
5.1.8 存在家蚕幼虫血淋巴中桑树源miRNA的鉴定
5.2 结果与分析
5.2.1 家蚕幼虫血淋巴小RNA种类和长度分析
5.2.2 家蚕幼虫血淋巴tsRNA归类鉴定
5.2.3 家蚕幼虫血淋巴已知miRNA的鉴定
5.2.4 家蚕幼虫血淋巴新miRNA的鉴定
5.2.5 家蚕幼虫血淋巴中植物源miRNA的鉴定
5.3 小结与讨论
第六章 家蚕体内桑树miRNA的鉴定及miR166b的功能研究
6.1 材料和方法
6.1.1 家蚕天然血淋巴、多种组织的收集
6.1.2 喂食人工合成miR166b的家蚕组织的收集
6.1.3 RNA提取,反转录,T-A克隆和Sanger测序
6.1.4 微滴数字化PCR（ddPCR）检测人工合成的miR166b在家蚕摄食前后的拷贝数
6.1.5 转录组测序材料的准备
6.1.6 喂食人工合成miR166b前后的转录组数据分析
6.1.7 miR166b在30个差异表达基因和家蚕全长cDNA中的靶位点预测
6.1.8 miR166b的候选靶基因和喂食人工合成miR166c或167e的6个差异基因RT-PCR检测
6.1.9 喂食人工合成miR166b之后的表型调查
6.2 结果与分析
6.2.1 利用T-A克隆和Sanger测序验证桑树源的miRNA存在家蚕的血淋巴中
6.2.2 桑树源的miRNA存在家蚕的多个组织中
6.2.3 人工合成的miR166b能进入家蚕体内
6.2.4 miR166b候选靶基因的表达水平不被人工合成miR166b所抑制
6.2.5 家蚕喂食人工合成miR166b后的转录组分析
6.2.6 喂食人工合成miR166b后的家蚕表型调查
6.3 小结与讨论
综合与结论
论文创新点
附录
参考文献
在读期间发表论文及参加课题
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Plant MicroRNAs and Development[J]. Gang Wu. Journal of Genetics and Genomics. 2013(05)
[2]小分子RNA在植物叶发育中的调控作用[J]. 孙宇哲,查玉龙,翁晓燕,朱睦元,韩凝. 中国生物化学与分子生物学报. 2012(08)
本文编号：3073943
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：220 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 microRNA的概述
1.1.1 microRNA的发现
1.1.2 microRNA的生物合成和作用机制
1.1.3 miRNA在植物中的生物学功能
1.2 外源miRNA的跨界调节研究现状
1.2.1 外源miRNA能进行跨界调节
1.2.2 外源miRNA不能进行跨界转运
第二章 引言
2.1 研究背景
2.2 研究目的和意义
2.3 主要研究内容
2.4 技术路线
第三章 利用高通量测序技术鉴定川桑的保守miRNA和新miRNA
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料和小RNA文库的构建
3.1.2 小RNA生物信息学分析
3.1.3 新miRNA的预测
3.1.4 采用qRT-PCR检测川桑miRNA和靶基因的表达量
3.1.5 miRNA靶基因的预测
3.2 结果与分析
3.2.1 桑树3个组织的小RNA分析
3.2.2 桑树保守miRNA的鉴定
3.2.3 桑树新miRNA的鉴定
3.2.4 桑树组织倾向性miRNA的鉴定
3.2.5 利用RT-PCR检测川桑miRNA及其靶基因的表达水平
3.2.6 miRNA靶基因的预测
3.2.7 利用荧光定量PCR检测靶基因的表达模式
3.3 小结与讨论
第四章 栽培桑miRNA的鉴定及其与野生桑miRNA的比较分析
4.1 材料和方法
4.1.1 材料
4.1.2 两个栽培桑品系总RNA的提取和小RNA文库的构建
4.1.3 小RNA的生物信息学分析和保守miRNA的鉴定
4.1.4 新miRNA的预测
4.1.5 miRNA的靶基因预测
4.2 结果与分析
4.2.1 栽培桑和野生桑叶片小RNA序列分析
4.2.2 栽培桑和野生桑保守miRNA的比较分析
4.2.3 栽培桑和野生桑新miRNA的比较分析
4.2.4 差异表达miRNA对应靶基因的分析
4.2.5 栽培桑和野生桑差异表达的miRNA靶基因的GO和KEGG分析
4.3 小结与讨论
第五章 家蚕血淋巴小RNA种类的鉴定和分析
5.1 材料和方法
5.1.1 家蚕幼虫血淋巴的收集
5.1.2 家蚕幼虫血淋巴小RNA的提取
5.1.3 家蚕幼虫血淋巴小RNA文库的构建
5.1.4 家蚕幼虫血淋巴小RNA的生物信息学分析
5.1.5 家蚕幼虫血淋巴已知miRNA和新miRNA的鉴定
5.1.6 家蚕幼虫血淋巴tRNA衍生片段（tsRNA）的分类鉴定
5.1.7 家蚕幼虫血淋巴中表达量最高且属于3种氨基酸的tsRNA的位置分析
5.1.8 存在家蚕幼虫血淋巴中桑树源miRNA的鉴定
5.2 结果与分析
5.2.1 家蚕幼虫血淋巴小RNA种类和长度分析
5.2.2 家蚕幼虫血淋巴tsRNA归类鉴定
5.2.3 家蚕幼虫血淋巴已知miRNA的鉴定
5.2.4 家蚕幼虫血淋巴新miRNA的鉴定
5.2.5 家蚕幼虫血淋巴中植物源miRNA的鉴定
5.3 小结与讨论
第六章 家蚕体内桑树miRNA的鉴定及miR166b的功能研究
6.1 材料和方法
6.1.1 家蚕天然血淋巴、多种组织的收集
6.1.2 喂食人工合成miR166b的家蚕组织的收集
6.1.3 RNA提取,反转录,T-A克隆和Sanger测序
6.1.4 微滴数字化PCR（ddPCR）检测人工合成的miR166b在家蚕摄食前后的拷贝数
6.1.5 转录组测序材料的准备
6.1.6 喂食人工合成miR166b前后的转录组数据分析
6.1.7 miR166b在30个差异表达基因和家蚕全长cDNA中的靶位点预测
6.1.8 miR166b的候选靶基因和喂食人工合成miR166c或167e的6个差异基因RT-PCR检测
6.1.9 喂食人工合成miR166b之后的表型调查
6.2 结果与分析
6.2.1 利用T-A克隆和Sanger测序验证桑树源的miRNA存在家蚕的血淋巴中
6.2.2 桑树源的miRNA存在家蚕的多个组织中
6.2.3 人工合成的miR166b能进入家蚕体内
6.2.4 miR166b候选靶基因的表达水平不被人工合成miR166b所抑制
6.2.5 家蚕喂食人工合成miR166b后的转录组分析
6.2.6 喂食人工合成miR166b后的家蚕表型调查
6.3 小结与讨论
综合与结论
论文创新点
附录
参考文献
在读期间发表论文及参加课题
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Plant MicroRNAs and Development[J]. Gang Wu. Journal of Genetics and Genomics. 2013(05)
[2]小分子RNA在植物叶发育中的调控作用[J]. 孙宇哲,查玉龙,翁晓燕,朱睦元,韩凝. 中国生物化学与分子生物学报. 2012(08)
本文编号：3073943
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