萝卜高密度遗传图谱构建与红皮性状基因鉴定
发布时间：2021-05-07 01:16
高密度遗传图谱是提高参考基因组组装、基因定位、比较基因组研究的重要工具。萝1、（Raphanus sativus L.）是一种重要的一、二年生十字花科根菜类蔬菜作物。萝卜肉质根营养丰富,药用食疗价值高,不同基因型萝卜品种品质性状存在显著的差异。基于传统分子标记构建的萝卜遗传图谱,由于标记密度低,可利用的功能标记偏少,极大程度上限制了萝卜重要品质性状的基因定位研究。鉴于此,本研究以萝卜高代自交系‘NAU-LB’（白色长圆柱形）和‘NAU-YH’（红色小圆球形）为亲本配制F2群体,通过全基因组重测序与基因分型技术构建萝卜高密度遗传图谱,并对11个品质性状进行了 QTL定位;通过构建的F2、BC1P1和BC1P2作图群体进行遗传分析表明根皮色性状是由单基因控制;基于萝卜三个转录组数据鉴定可变剪切、SNP、InDel、SSR标记;结合BSA-seq与精细作图技术定位红皮基因;主要研究结果如下:1.对‘NAU-LB’、‘NAU-YH’和137个F2单株进行全基因组重测序分别获得了 5.63Gb、7.46Gb、404.44Gb的原始数据。利用BWA软件,将两个亲本测序数据比对到萝卜参考基因组,利用...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词表
第一章 文献综述
1 分子标记技术
1.1 基于杂交技术的第一代分子标记
1.2 基于PCR的第二代分子标记
1.3 基于高通量测序的第三代分子标记
2. 遗传连锁图谱构建
2.1 遗传连锁图谱构建步骤
2.2 基于全基因组重测序构建遗传图谱
2.3 萝卜遗传图谱研究进展
3 萝卜品质性状QTL定位研究进展
3.1 QTL定位原理和方法
3.2 萝卜重要性状QTL定位研究进展
3.3 萝卜根红色性状研究进展
4. 转录组测序和可变剪切
4.1 转录组测序技术简介
4.2 可变剪切研究进展
4.3 转录组测序开发SNP和InDel标记
5. 本研究目的与意义
第二章 萝卜高密遗传图谱构建和品质性状QTL定位
1 材料与方法
1.1 供试材料
1.2 基因组DNA的提取
1.3 高通量基因组测序
1.4 遗传连锁图谱构建
1.5 表型测定
1.6 图谱特征分析
1.7 QTL定位分析
2 结果与分析
2.1 萝卜高密度遗传图谱
2.2 遗传图谱与甘蓝和白菜基因组共线性分析
2.3 萝卜基因组重组特征分析
2.4 基于遗传图谱品质性状基因QTLs定位
3 讨论
3.1 萝卜高密度遗传图谱特征
3.2 萝卜高密度遗传提高基因组组装
3.3 比较分析萝卜与两个芸薹属基因组同源关系
3.4 重组对萝卜遗传研究的影响
3.5 萝卜品质性状QTL定位
第三章 萝卜红皮性状基因鉴定
1 材料与方法
1.1 试验材料和性状统计
1.2 花青素总量测定
1.3 BSA-seq分析
1.4 转录组序列和比对到参考基因组
1.5 可变剪切事件鉴定及验证
1.6 SNP、InDel和SSR鉴定
1.7 DNA多态性引物设计和验证
1.8 分子标记开发
1.9 基因定位
1.10 候选基因克隆
1.11 半定量和定量RT-PCR表达分析
2 结果与分析
2.1 萝卜红皮性状遗传规律
2.2 BSA-seq分析鉴定红皮基因候选区域
2.3 比较转录组鉴定可变剪切和分子标记开发
2.4 萝卜红皮基因定位
2.5 RsMYB90基因克隆及序列分析
2.6 RsMYB90基因表达分析
3 讨论
3.1 可变剪切在转录调控中起着至关重要的作用
3.2 比较转录组分析SNP和InDel特征
3.3 SNP和InDel标记特征和多态性
3.4 萝卜红皮基因定位
3.5 植物皮色调控基因
全文结论
创新之处
参考文献
博士在读期间发表学术论文
致谢
【参考文献】：
博士论文
[1]陆地棉种内高密度遗传图谱构建及重要农艺性状QTL定位[D]. 贾晓昀.西北农林科技大学 2017
[2]应用生物组学分析鉴定萝卜盐胁迫响应相关基因与miRNA[D]. 孙小川.南京农业大学 2016
[3]桉树高密度遗传图谱构建及生长和材性相关QTL解析[D]. 于晓丽.中国林业科学研究院 2015
[4]MYB对杨梅果实花青素苷合成的调控及其机制[D]. 牛姗姗.浙江大学 2011
本文编号：3172954
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词表
第一章 文献综述
1 分子标记技术
1.1 基于杂交技术的第一代分子标记
1.2 基于PCR的第二代分子标记
1.3 基于高通量测序的第三代分子标记
2. 遗传连锁图谱构建
2.1 遗传连锁图谱构建步骤
2.2 基于全基因组重测序构建遗传图谱
2.3 萝卜遗传图谱研究进展
3 萝卜品质性状QTL定位研究进展
3.1 QTL定位原理和方法
3.2 萝卜重要性状QTL定位研究进展
3.3 萝卜根红色性状研究进展
4. 转录组测序和可变剪切
4.1 转录组测序技术简介
4.2 可变剪切研究进展
4.3 转录组测序开发SNP和InDel标记
5. 本研究目的与意义
第二章 萝卜高密遗传图谱构建和品质性状QTL定位
1 材料与方法
1.1 供试材料
1.2 基因组DNA的提取
1.3 高通量基因组测序
1.4 遗传连锁图谱构建
1.5 表型测定
1.6 图谱特征分析
1.7 QTL定位分析
2 结果与分析
2.1 萝卜高密度遗传图谱
2.2 遗传图谱与甘蓝和白菜基因组共线性分析
2.3 萝卜基因组重组特征分析
2.4 基于遗传图谱品质性状基因QTLs定位
3 讨论
3.1 萝卜高密度遗传图谱特征
3.2 萝卜高密度遗传提高基因组组装
3.3 比较分析萝卜与两个芸薹属基因组同源关系
3.4 重组对萝卜遗传研究的影响
3.5 萝卜品质性状QTL定位
第三章 萝卜红皮性状基因鉴定
1 材料与方法
1.1 试验材料和性状统计
1.2 花青素总量测定
1.3 BSA-seq分析
1.4 转录组序列和比对到参考基因组
1.5 可变剪切事件鉴定及验证
1.6 SNP、InDel和SSR鉴定
1.7 DNA多态性引物设计和验证
1.8 分子标记开发
1.9 基因定位
1.10 候选基因克隆
1.11 半定量和定量RT-PCR表达分析
2 结果与分析
2.1 萝卜红皮性状遗传规律
2.2 BSA-seq分析鉴定红皮基因候选区域
2.3 比较转录组鉴定可变剪切和分子标记开发
2.4 萝卜红皮基因定位
2.5 RsMYB90基因克隆及序列分析
2.6 RsMYB90基因表达分析
3 讨论
3.1 可变剪切在转录调控中起着至关重要的作用
3.2 比较转录组分析SNP和InDel特征
3.3 SNP和InDel标记特征和多态性
3.4 萝卜红皮基因定位
3.5 植物皮色调控基因
全文结论
创新之处
参考文献
博士在读期间发表学术论文
致谢
【参考文献】：
博士论文
[1]陆地棉种内高密度遗传图谱构建及重要农艺性状QTL定位[D]. 贾晓昀.西北农林科技大学 2017
[2]应用生物组学分析鉴定萝卜盐胁迫响应相关基因与miRNA[D]. 孙小川.南京农业大学 2016
[3]桉树高密度遗传图谱构建及生长和材性相关QTL解析[D]. 于晓丽.中国林业科学研究院 2015
[4]MYB对杨梅果实花青素苷合成的调控及其机制[D]. 牛姗姗.浙江大学 2011
本文编号：3172954
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3172954.html
