云岭牛和婆罗门牛性情性状的GWAS研究

发布时间：2021-05-14 20:18

　　家牛性情是指人为操作和环境适应所引起的一系列复杂反应的总称。由于与生产效率、劳动安全和动物福利相关,因此,家牛性情是最令人感兴趣的性状之一。家牛性情性状的特点是难以度量,因此,其背后潜在的遗传机制研究还处于起步阶段。与相对温顺的普通牛而言,婆罗门牛是性情较暴躁的瘤牛品种之一。云岭牛是一个典型的三元杂交品种,包含1/2婆罗门牛、1/4莫累灰牛和1/4云南本地牛血统。本研究以婆罗门牛和云岭牛为对象,测试了211头牛的逃离距离、361头牛的挤压得分和逃离速度、157头牛的5项神经递质浓度、234头牛的15个旷场性状和14个新物体性状,测试的个体之间存在较大的交集。更重要的是,本研究还对其中测试的31头婆罗门牛和131头云岭牛进行了全基因组测序。通过对上述表型性状的全基因组关联（GWAS）分析,取得如下新的结果:1.通过比较云岭牛基因组和云岭牛祖先基因组,发现云岭牛含有44%的欧洲普通牛、48%的印度瘤牛和8%的中国瘤牛血统,表明云岭牛是研究诸如性情一类复杂性状遗传基础的理想群体。利用局部祖先分析技术发现,在云岭牛基因组中,部分欧洲普通牛源、印度瘤牛源和中国瘤牛源的单倍型比例显著高于全基因组水... 

【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：125 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
主要符号对照表
文献综述
    第一章 黄牛性情性状遗传选育的研究进展
        1.1 性情的定义和重要性
        1.2 性情性状的定义和测量
            1.2.1 肉牛的操作性状
            1.2.2 奶牛的挤奶性状
            1.2.3 其他性状
        1.3 品种内或品种间性情性状的遗传变异
            1.3.1 品种差异
            1.3.2 品种内性情性状的遗传变异
            1.3.3 生产性状的选择对性情的影响
            1.3.4 分子方法:QTL和 GWAS
            1.3.5 性情性状在选择育种中的利用
        1.4 性情性状选择的壁垒
        1.5 性情性状选育的前景
        1.6 云岭牛和婆罗门牛的性情
            1.6.1 云岭牛的性情
            1.6.2 婆罗门牛的性情
试验研究
    第二章 云岭牛的全局和局部祖先比例分析
        2.1 引言
        2.2 材料和方法
            2.2.1 样品采集和基因组测序
            2.2.2 reads比对和SNP检测
            2.2.3 核苷酸多样性和连锁不平衡检测
            2.2.4 全局祖先比例分析
            2.2.5 局部祖先比例推断
        2.3 结果与分析
            2.3.1 云岭牛与婆罗门牛全基因组SNP的鉴定和核苷酸多样性
            2.3.2 云岭牛的全局祖先比例
            2.3.3 云岭牛的局部祖先比例
        2.4 讨论
        2.5 小结
    第三章 云岭牛和婆罗门牛逃离反应性状的GWAS分析
        3.1 引言
        3.2 材料与方法
            3.2.1 表型测定
            3.2.2 遗传分析
        3.3 结果与分析
            3.3.1 逃离反应性状的表型变异
            3.3.2 家牛逃离反应性状的相关基因座位
        3.4 讨论
        3.5 小结
    第四章 云岭牛和婆罗门牛神经递质浓度的GWAS分析
        4.1 引言
        4.2 材料和方法
            4.2.1 试验动物
            4.2.2 表型检测和分析
            4.2.3 基因组测序、比对和SNP检测
            4.2.4 GWAS分析
        4.3 结果与分析
            4.3.1 神经递质浓度与家牛体尺性状的关系
            4.3.2 家牛5项神经递质浓度的相关基因座位
        4.4 讨论
        4.5 小结
    第五章 云岭牛和婆罗门牛旷场测试和新物体测试相关性状的GWAS分析
        5.1 引言
        5.2 材料和方法
            5.2.1 动物群体
            5.2.2 性情性状检测
            5.2.3 表型分析
            5.2.4 样品采集、基因组测序和SNP检测
            5.2.5 GWAS分析
            5.2.6 GWAS相关座位的功能注释
            5.2.7 通路分析
            5.2.8 组织特异性表达分析
        5.3 结果与分析
            5.3.1 性情性状的变异及其对家牛体尺性状的影响
            5.3.2 旷场测试相关性状的两品种全基因组关联分析
            5.3.3 新物体测试相关性状的两品种全基因组关联分析
            5.3.4 云岭牛单品种的全基因组关联分析
        5.4 讨论
        5.5 小结
    第六章 结论和创新点
        6.1 结论
        6.2 创新点
参考文献
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]北京地区中国荷斯坦牛性情遗传评估[J]. 常瑶,李想,张海亮,亓建刚,郭刚,刘林,王雅春.  畜牧兽医学报. 2019(04)
[2]奶牛性情评定方法及其影响因素分析[J]. 张驰,罗宇茜,王嘉熠,常瑶,李源韬,苏义童,黄铭逸,徐伟,张海亮,董刚辉,李锡智,王雅春.  畜牧兽医学报. 2018(03)



本文编号：3186266