桉树高密度遗传图谱构建及生长和材性相关QTL解析

发布时间：2021-07-19 17:43

　　高密度遗传图谱和数量性状位点（Quantitative trait locus,QTL）定位是基因组学和分子育种研究的有力工具。桉树是全球范围内广泛种植的阔叶树种。本研究致力于桉树遗传图谱构建和重要性状的QTL定位,作图树种为尾叶桉（Eucalyptus urophylla）和细叶桉（E.tereticornis）,作图标记包括多态性阵列技术（Diversity array technology,DAr T）以及基于表达序列标签（Expressed sequence tag,EST）的简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR,也称微卫星）、插入/缺失（Insert-Deletion,In Del）、切割扩增多态性序列（Cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS）和单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）,QTL定位的性状包括树高、胸径、木材基本密度和纤维素含量。主要内容如下:（1）尾叶桉和细叶桉树高、胸径和木材密度的初步定位。对于树高（10、23、32、44和56月生）、... 

【文章来源】：中国林业科学研究院北京市

【文章页数】：142 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究的目的和意义
        1.1.3 项目来源和经费支持
    1.2 国内外研究现状及发展趋势
        1.2.1 桉树简介
        1.2.2 分子标记技术的发展
        1.2.3 分子标记在桉树遗传育种中的应用
        1.2.4 桉树遗传图谱
        1.2.5 QTL定位
    1.3 研究目标和主要研究内容
        1.3.1 研究目标
        1.3.2 主要研究内容
        1.3.3 拟解决的重点问题
    1.4 研究技术路线
第二章 桉树生长和木材密度QTL的初步定位
    2.1 材料与方法
        2.1.1 作图群体与大田试验建立
        2.1.2 分子标记与遗传图谱
        2.1.3 试验方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1.表型分析
        2.2.2 QTL分析
        2.2.3 QTL置信区间内的位置候选基因
    2.3 讨论
    2.4 结论
第三章 桉树EST-InDel标记开发：遗传作图和物理定位
    3.1 材料与方法
        3.1.1 植物材料和DNA提取
        3.1.2 EST-InDel的开发
        3.1.3 跨种扩增和多态性估算
        3.1.4 与巨桉基因组比对
        3.1.5 EST-InDel标记整合到现有的尾叶桉和细叶桉遗传图谱
    3.2 结果与分析
        3.2.1 EST-InDel标记的开发和多态性
        3.2.2 种间通用性研究
        3.2.3 EST-InDels标记的物理定位
        3.2.4 EST-InDel标记的遗传作图
    3.3 讨论
        3.3.1 InDel标记开发与种间通用性
        3.3.2 InDel标记与巨桉基因组比对及遗传作图
    3.4 结论
第四章 桉树EST-SNP标记开发及高密度、高分辨率转录子连锁图谱构建
    4.1 材料与方法
        4.1.1 植物材料与DNA提取
        4.1.2 EST-SNP标记的发现与序列确认
        4.1.3 SNP位点选择与芯片设计
        4.1.4 SNP分型
        4.1.5 遗传图谱构建
    4.2 结果与分析
        4.2.1 引物设计与PCR条件优化
        4.2.2 PCR产物验证与芯片SNP选择
        4.2.3 新开发SNP标记的功能注释
        4.2.4 GoldenGate分型实验
        4.2.5 标记分离分析
        4.2.6 遗传图谱构建
    4.3 讨论
        4.3.1 SNP标记开发
        4.3.2 分型成功率
        4.3.3 尾叶桉和细叶桉遗传图谱
        4.3.4 偏分离标记
    4.4 结论
第五章 桉树生长、木材基本密度和纤维素含量QTL定位
    5.1 材料与方法
        5.1.1 植物材料与遗传图谱
        5.1.2 表型数据测量与分析
        5.1.3 QTL定位
        5.1.4 与巨桉基因组比对查找候选基因
        5.1.5 与初步定位QTL位点比较
    5.2 结果与分析
        5.2.1 表型性状分析
        5.2.2 表型性状QTL分析
        5.2.3 置信区间内的候选基因
        5.2.4 与初步QTL定位结果比较
    5.3 讨论
    5.4 结论
第六章 结论与讨论
    6.1 结论
    6.2 讨论
    6.3 研究意义与应用潜力
    6.4 展望
参考文献
附录
在读期间的学术研究
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]桉树扦插生根和生长性状的QTL定位[J]. 于晓丽,李发根,翁启杰,周长品,甘四明.  林业科学研究. 2011(02)
[2]数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答[J]. 李慧慧,张鲁燕,王建康.  作物学报. 2010(06)
[3]林木根系研究综述[J]. 宋维峰,王希群.  西南林学院学报. 2007(05)
[4]分子生物学技术在桉树育林中的应用[J]. 甘四明,李发根,白嘉雨.  广西林业科学. 2006(04)
[5]尾叶桉×细叶桉杂种无性系扦插生根和生长性状的研究[J]. 甘四明,李梅,李发根,吴坤明,吴菊英,卢国桓,白嘉雨.  林业科学研究. 2006(02)
[6]表达序列标签（EST）分析及其在林木研究中的应用[J]. 李虹,卢孟柱,蒋湘宁.  林业科学研究. 2004(06)
[7]27种引种桉树的园艺观赏价值[J]. 董静曦,吴赤卫.  云南林业科技. 2003(04)
[8]桉树嫩枝扦插育苗技术研究[J]. 莫晓勇,龙腾,彭仕尧,陈文平.  中南林学院学报. 2002(04)
[9]植物QTL定位方法的研究进展[J]. 高用明,朱军.  遗传. 2000(03)
[10]遗传标记的发展[J]. 周延清.  生物学通报. 2000(05)

博士论文
[1]小麦遗传连锁图谱构建及主要农艺和品质性状QTL定位[D]. 王霖.山东农业大学 2012
[2]桉树杂种无性系纸浆材性状的遗传与环境效应研究[D]. 罗建中.南京林业大学 2012
[3]尾叶桉和细叶桉STS标记连锁图谱构建及生长性状QTL定位研究[D]. 李发根.中国林业科学研究院 2010

硕士论文
[1]桉树遗传图谱的EST-CAPS标记整合及生长和扦插性状的QTL定位[D]. 于晓丽.中国林业科学研究院 2012
[2]桉树木质素合成途径两个关键基因的克隆与功能研究[D]. 黄青云.中南林业科技大学 2010
[3]桉树EST-SNP的开发及EST图谱构建[D]. 张晓红.南京林业大学 2009



本文编号：3291140