2014-2015年三个越冬地雁形目水鸟禽流感病毒遗传特征与系统进化分析

发布时间：2021-07-30 05:36

　　禽流感病毒（Avian Influenza Virus,AIV）是分节段的单股负链RNA病毒,属于正黏病毒科（Orthomyxoviride）A型流感病毒（Infuenza A Virus,IAV）。该病毒极易变异且具有感染禽类和哺乳动物的能力。野生鸟类特别是雁形目水鸟作为禽流感病毒的自然宿主,在禽流感病毒的感染和传播方面扮演着重要角色。本研究于2014年10月-2015年3月,在上海浦东东滩湿地、湖南东洞庭湖湿地和贵州草海湿地共采集雁形目水鸟咽肛拭样656份,粪便1473份。使用MagMAXTTM Pathogen RNA/DNA Kit试剂盒抽提病毒RNA,使用实时定量荧光RT-PCR对流感病毒的M基因进行检测以筛查阳性样本,然后对阳性样本进行亚型鉴定和物种鉴定,并选取代表毒株进行全基因组测序。通过后期数据分析,对不同样本采集地的病毒感染状况、代表毒株的致病性、核苷酸同源性及系统进化关系进行梳理,并探讨了候鸟迁徙与病毒传播的关系,主要结果整理如下:1.样本采集及病毒感染情况2014年10-11月,本研究于浦东东滩湿地采集雁形目水鸟11种326只次,获得咽肛拭样656份,阳性率为40... 

【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：114 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 流感病毒概述
        1.1.1 分类与命名
        1.1.2 形态结构与化学组成
        1.1.3 抗原变异与分子进化
    1.2 野生鸟类与禽流感病毒
        1.2.1 野生鸟类禽流感病毒概述
        1.2.2 野生鸟类禽流感病毒监测
        1.2.3 禽流感病毒与雁形目水鸟
        1.2.4 候鸟迁徙与病毒传播
    1.3 本研究的目标与意义
    1.4 本研究创新点
    1.5 技术路线
第二章 禽流感样本采集及病毒感染情况
    2.1 研究背景
        2.1.1 浦东东滩湿地概况及当地野鸟禽流感研究
        2.1.2 东洞庭湖湿地概况及当地野鸟禽流感研究
        2.1.3 草海湿地概况及当地野鸟禽流感研究
    2.2 研究方法
        2.2.1 样本采集
        2.2.2 病毒RNA抽提
        2.2.3 实时荧光定量PCR (Real-time RT-PCR)
        2.2.4 一步法(One Step)RT-PCR
        2.2.5 PCR
        2.2.6 粪便样本的物种鉴定
        2.2.7 PCR产物鉴定
        2.2.8 凝胶回收
        2.2.9 测定凝胶回收产物浓度
        2.2.10 测序
    2.3 研究结果
        2.3.1 浦东东滩湿地禽流感病毒感染情况
        2.3.2 东洞庭湿地禽流感病毒感染情况
        2.3.3 草海湿地禽流感病毒感染情况
    2.4 讨论
        2.4.1 浦东东滩湿地禽流感病毒感染情况
        2.4.2 东洞庭湖与草海湿地禽流感病毒感染情况
        2.4.3 病毒阳性率的差异
    2.5 本章小结
第三章 禽流感病毒氨基酸序列特异性位点分析
    3.1 研究背景
        3.1.1 氨基酸序列位点与宿主特异性
        3.1.2 氨基酸序列位点与致病性
    3.2 研究方法
    3.3 研究结果
        3.3.1 裂解位点、受体结合位点及耐药位点分析
        3.3.2 潜在糖基化位点分析
    3.4 讨论
        3.4.1 HA蛋白与宿主特异性/致病性
        3.4.2 NA蛋白与致病性
        3.4.3 其他蛋白与致病性
    3.5 本章小结
第四章 禽流感病毒序列同源性与系统进化分析
    4.1 研究背景
        4.1.1 H5亚型病毒流行情况
        4.1.2 H6亚型病毒流行情况
        4.1.3 H9亚型病毒流行情况
        4.1.4 H8、H11和H12亚型病毒流行情况
    4.2 研究方法
    4.3 研究结果
        4.3.1 禽流感病毒序列同源性分析
        4.3.2 禽流感病毒系统进化分析
    4.4 讨论
        4.4.1 代表毒株的基因来源
        4.4.2 候鸟迁徙与病毒传播
    4.5 本章小结
第五章 结论与展望
    5.1 结论
    5.2 展望
参考文献
附录1 实验材料
附录2 野外采样照片
博士期间科研成果
致谢



本文编号：3310804