基因组重测序揭示鸡的遗传多样性和进化选择模式

发布时间：2021-10-20 10:24

　　自红原鸡被驯化以来,家鸡就受到了自然选择和人工选择的双重压力,由此产生了丰富的遗传多样性,为揭示选择塑造遗传变异模式提供了良好的材料。本研究通过对6个代表性藏鸡群体和8个四川盆地特有的地方鸡品种共78只家鸡进行基因组重测序,同时结合报道的5只红色原鸡和8只西双版纳斗鸡基因组重测序数据,进行群体比较基因组学和生物信息学分析,挖掘与鸡遗传多样性、表型性状和高原适应性相关的重要基因及其调控机制。本研究取得的主要研究结果如下:1.鸡的遗传多样性本研究总共获得1.69万亿碱基,每个样本平均覆盖率为18.03层,发现8.53 Mb高度可信的SNP,新发现SNP 1.10 Mb,每个群体鉴定出SNP 3.46-7.52 Mb,每个群体检测到1398-7977个特异性SNP。利用序列多样性统计的方法对每个群体核苷酸可变性（θπ）和多态性（θω）进行分析,结果发现,藏鸡比四川本地鸡品种具有相对更高的遗传多样性。利用皮尔逊相关系数对GC含量和SNP以及插入和缺失（InDel）进行相关性分析,结果显示,在鸡基因组等容线中,SNP数量和GC含量呈正相关（r=0.73,p=0）,在所有鸡群体和单个品种或群体中插... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：143 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

试验的技术路线

38图 2-1 91只鸡的等位基因频率和 17个群体的等位基因数目分布图。图 A、B 和 C 分别代表 91只鸡已知、新发现和总共的 SNP 个数。图 D 和 H 代表累计的 SNP 个数，图 E、F 和 G 分别代表 17个

群体已知、新发现和总共的 SNP 中的等位基因Figure2-1. Allele frequency spectra in 91 birds and Number of alleles distribute in 1 to 17 chickenbreeds/populations. Panel A, B and C represent distribution of allele frequency of known, novel and totalSNPs in 91 birds respectively. Panel D and H is accumulative percentage of SNPs. Panel E, F and Grepresent distribution of alleles of known SNPs, novel SNPs and total SNPs in 1 to 17 chickenbreeds/populations respectively与此同时，通过对不同品种中检测到的 SNP 进行群体间比较分析，每个群体检测到了 1398 到 7977 个特异性的 SNP，其中红色原鸡具有最多的特异性 SNP，具有7977个，彭县黄鸡具有最少的特异性 SNP，具有 1398个（见图 2-2）。


本文编号：3446739