大豆对大豆疫霉菌侵染响应的转录组学和代谢组学研究
发布时间：2021-11-08 18:33
大豆[Glycine max（L.）Merr]广泛栽培于世界各地,是重要的粮食作物之一,同时也是重要的植物蛋白质来源及食用油的原料。大豆种植过程中经常因为病害导致产量损失,品质降低,从而导致经济损失。其中大豆疫霉根腐病（Phytophthora root rot,简称PRR）是最严重的病害之一。大豆疫霉根腐病是由土传卵菌大豆疫霉菌（Phytophthora sojae Kaufmann&Gerdemann,简称P.sojae）引起的具有毁灭性的病害,在世界各地大豆种植区广泛发生,造成大量的经济损失。利用抗耐品种是防治大豆疫霉根腐病最有效最环保方法。为此研究人员进行了大量的抗源筛选和抗性基因发掘工作并定位到了大量抗性基因（Rps）旨在培育新的抗病品种。然而,对于已定位到的Rps基因的分离克隆、Rps基因介导的分子抗病机制、育种应用等研究还尚少。了解Rps基因介导的分子抗病机制能够为后续的功能研究工作指明方向并为育种工作提供新的思路从而加速育种进程,同时也利于克服完全抗性基因有效时间短、可能造成减产等局限性从而培育具有更持久更光谱抗性且稳产的品种。本研究利用RNA-Seq和GC-M...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：124 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１－３?１９９９至２０１７年代谢组学相关的文献数量统计（中文文献数据源自ＣＮＫＩ数据库，??英文文献数据源自ＳｃｉｅｎｃｅＤｉｒｅｃｔ数据库）??
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?２００?２５０??Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｅ?ｒｅａｄｓ?（Ｒ－３６ｈ－（．＇Ｋ）?Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ?（Ｒ－３６ｈ－ＩＮ）??ｗ?０．１００??０．０８０??！?｜??＿?Ｉ?〇〇＇５?Ｉ?Ｉ??０．０４０?Ｉ?ｊＩ??？．〇＾?ｊ?００－５?Ｉ?Ｉ??＿?ｌ?＾?＝??０?５０?１００?１５０?２００?２５０?０?５０?１００?１５０?２００?２５０??图２－２测序错误率分布图??Ｆｉｇｕｒｅ２－２?Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??横坐标为ｒｅａｄｓ的碱基位置，纵坐标为单碱基错误率（％）。??Ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ?ｉｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ，?ｏｒｄｉｎａｔｅ?ｉｓ?ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?（％）．??３０??
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆品种郑97196对疫霉根腐病的抗性遗传分析及基因定位[J]. 张海鹏,郭娜,牛景萍,黄婧,彭洋,王海棠,赵晋铭,邢邯. 大豆科学. 2016(03)
[2]华南大豆种质对疫霉根腐病的抗性分析[J]. 程艳波,马启彬,牟英辉,谭志远,吴鸿,年海. 中国农业科学. 2015(12)
[3]代谢组学技术及其在中医药研究中的应用[J]. 赵珊,王鹏程,冯健,陈自力,王秋红,匡海学. 中草药. 2015(05)
[4]第三代测序技术及其应用[J]. 张得芳,马秋月,尹佟明,夏涛. 中国生物工程杂志. 2013(05)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]Identification, Genetic Analysis and Mapping of Resistance to Phytophthora sojae of Pm28 in Soybean[J]. WU Xiao-ling1, 2, ZHANG Bao-qiang1, SUN Shi1, ZHAO Jin-ming1, YANG Feng2, GUO Na1, GAI Jun-yi1 and XING Han1 1 Soybean Research Institute, Nanjing Agricultural University/National Center for Soybean Improvement/National Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Nanjing 210095, P.R.China 2 College of Agriculture, Sichuan Agricultural University, Ya’an 625014, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2011(10)
[7]大豆品种绥农10抗疫霉根腐病遗传分析及抗病基因的SSR标记[J]. 于安亮,徐鹏飞,王金生,张淑珍,吴俊江,李文滨,陈维元,李宁辉,范素杰,王欣,姜良宇. 中国油料作物学报. 2010(04)
[8]代谢组学及其分析技术[J]. 王斯婷,李晓娜,王皎,凌笑梅. 药物分析杂志. 2010(09)
[9]大豆品种早熟18抗疫霉根腐病基因的SSR分子标记[J]. 姚海燕,王晓鸣,武小菲,肖炎农,朱振东. 植物遗传资源学报. 2010(02)
[10]大豆品种豫豆25抗疫霉根腐病基因的鉴定[J]. 范爱颖,王晓鸣,方小平,武小菲,朱振东. 作物学报. 2009(10)
博士论文
[1]向日葵响应黄萎病菌侵染的转录组分析及抗病相关基因挖掘[D]. 郭树春.内蒙古大学 2017
[2]大豆疫霉根腐病抗源筛选及抗性基因定位[D]. 孙聚涛.南京农业大学 2014
[3]大豆疫霉根腐病抗性评价、基因定位及抗性相关基因的筛选[D]. 武晓玲.南京农业大学 2009
[4]大豆疫霉根腐病抗性的遗传分析及基因定位的初步研究[D]. 孙石.南京农业大学 2008
硕士论文
[1]大豆对大豆疫霉根腐病的抗源筛选、基因定位及抗病相关基因表达分析[D]. 胡冠军.南京农业大学 2013
[2]大豆疫霉侵染过程的分子细胞学研究[D]. 陶恺.南京农业大学 2012
[3]大豆对大豆疫霉根腐病的抗源筛选及抗性遗传分析[D]. 张宝强.南京农业大学 2010
本文编号：3484005
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：124 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１－３?１９９９至２０１７年代谢组学相关的文献数量统计（中文文献数据源自ＣＮＫＩ数据库，??英文文献数据源自ＳｃｉｅｎｃｅＤｉｒｅｃｔ数据库）??
＾?＾?ｆ?ＮＭＲ?＾?ｆ—监督：?ｉ据库：??动物ｆ组织?蛋白质沉淀?ＧＣ－ＭＳ?ＰＣ?Ａ?ＨＭＤＢ??细胞?去除大颗粒物质?ＬＣ－ＭＳ?ＨＣＡ?ＭＥＴＬＩＮ??饬峰物体液?萃取代谢物?ＣＥ－ＭＳ?非监督：?ＫＥＧＧ??Ｌ培养液?衍生化?ＩＲ?ＡＮＮ?ＡＲＭ??Ｖ?Ｊ?Ｖ?Ｊ?ＨＰＬＣ?ＰＬＳ－ＤＡ?ＮＩＳＴ??ＨＰＣＥ?ＯＰＬＳ－ＤＡ?ＨｕｍａｎＣ＼ｃ??ＣＥ－ＵＶ???ＬｉｐｉｄＢａｎｋ??ｖ???Ｊ?ｖ???Ｊ??图１－４代谢组学研究通用流程??Ｆｉｇｕｒｅｌ－４?Ｏｖｅｒｖｉｅｗ?ｏｆ?ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ／ｍｅｔａｂｏｎｏｍｉｃｓ?ｓｔｕｄｉｅｓ?ｆｌｏｗｃｈａｒｔ?ａｎｄ?ｄａｔａ?ａｎａｌｙｓｉｓ??ＮＭＲ能迅速、准确地提供分子的化学结构信息，从而成为物质结构和理化性质??表征分析的常规技术手段。ＮＭＲ技术中主要应用的有氢谱＾Ｈ－ＮＭＲ）、碳谱（１３Ｃ－??ＮＭＲ）和磷谱（３１?Ｐ－ＮＭＲ），其中１?Ｈ－ＮＭＲ因其对含氢化合物均有响应，能完成样品??中大多数化合物的检测所以应用最为广泛（许国旺等，２００７）。ＮＭＲ有一个别的技术??无法比拟的优势，即ＮＭＲ能在不破坏样本且不需样品前处理的前提下完成检测，??因此ＮＭＲ在临床诊断方面应用较多。除了无创性，ＮＭＲ检测还具有无偏向性，较??好的客观性和重现性，操作简易，较高的通量和较低成本等优势。但是同时也有着??不足之处：要求待测物质含有具核磁矩的核素，与质谱法相比检测灵敏度相对较??低、动态范围小等。这些缺陷决定了?ＮＭＲ对于复杂的植物代谢组学研究适用性较??低。目前，色谱技术主要有气相色谱和液
?２００?２５０??Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｅ?ｒｅａｄｓ?（Ｒ－３６ｈ－（．＇Ｋ）?Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ?（Ｒ－３６ｈ－ＩＮ）??ｗ?０．１００??０．０８０??！?｜??＿?Ｉ?〇〇＇５?Ｉ?Ｉ??０．０４０?Ｉ?ｊＩ??？．〇＾?ｊ?００－５?Ｉ?Ｉ??＿?ｌ?＾?＝??０?５０?１００?１５０?２００?２５０?０?５０?１００?１５０?２００?２５０??图２－２测序错误率分布图??Ｆｉｇｕｒｅ２－２?Ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??横坐标为ｒｅａｄｓ的碱基位置，纵坐标为单碱基错误率（％）。??Ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ?ｉｓ?ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ，?ｏｒｄｉｎａｔｅ?ｉｓ?ｅｒｒｏｒ?ｒａｔｅ?（％）．??３０??
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆品种郑97196对疫霉根腐病的抗性遗传分析及基因定位[J]. 张海鹏,郭娜,牛景萍,黄婧,彭洋,王海棠,赵晋铭,邢邯. 大豆科学. 2016(03)
[2]华南大豆种质对疫霉根腐病的抗性分析[J]. 程艳波,马启彬,牟英辉,谭志远,吴鸿,年海. 中国农业科学. 2015(12)
[3]代谢组学技术及其在中医药研究中的应用[J]. 赵珊,王鹏程,冯健,陈自力,王秋红,匡海学. 中草药. 2015(05)
[4]第三代测序技术及其应用[J]. 张得芳,马秋月,尹佟明,夏涛. 中国生物工程杂志. 2013(05)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]Identification, Genetic Analysis and Mapping of Resistance to Phytophthora sojae of Pm28 in Soybean[J]. WU Xiao-ling1, 2, ZHANG Bao-qiang1, SUN Shi1, ZHAO Jin-ming1, YANG Feng2, GUO Na1, GAI Jun-yi1 and XING Han1 1 Soybean Research Institute, Nanjing Agricultural University/National Center for Soybean Improvement/National Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Nanjing 210095, P.R.China 2 College of Agriculture, Sichuan Agricultural University, Ya’an 625014, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2011(10)
[7]大豆品种绥农10抗疫霉根腐病遗传分析及抗病基因的SSR标记[J]. 于安亮,徐鹏飞,王金生,张淑珍,吴俊江,李文滨,陈维元,李宁辉,范素杰,王欣,姜良宇. 中国油料作物学报. 2010(04)
[8]代谢组学及其分析技术[J]. 王斯婷,李晓娜,王皎,凌笑梅. 药物分析杂志. 2010(09)
[9]大豆品种早熟18抗疫霉根腐病基因的SSR分子标记[J]. 姚海燕,王晓鸣,武小菲,肖炎农,朱振东. 植物遗传资源学报. 2010(02)
[10]大豆品种豫豆25抗疫霉根腐病基因的鉴定[J]. 范爱颖,王晓鸣,方小平,武小菲,朱振东. 作物学报. 2009(10)
博士论文
[1]向日葵响应黄萎病菌侵染的转录组分析及抗病相关基因挖掘[D]. 郭树春.内蒙古大学 2017
[2]大豆疫霉根腐病抗源筛选及抗性基因定位[D]. 孙聚涛.南京农业大学 2014
[3]大豆疫霉根腐病抗性评价、基因定位及抗性相关基因的筛选[D]. 武晓玲.南京农业大学 2009
[4]大豆疫霉根腐病抗性的遗传分析及基因定位的初步研究[D]. 孙石.南京农业大学 2008
硕士论文
[1]大豆对大豆疫霉根腐病的抗源筛选、基因定位及抗病相关基因表达分析[D]. 胡冠军.南京农业大学 2013
[2]大豆疫霉侵染过程的分子细胞学研究[D]. 陶恺.南京农业大学 2012
[3]大豆对大豆疫霉根腐病的抗源筛选及抗性遗传分析[D]. 张宝强.南京农业大学 2010
本文编号：3484005
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