猪全基因组RNA编辑位点组织鉴定及其在背膘厚高低组中的差异分析
发布时间：2022-01-02 21:31
RNA编辑是一种重要的转录后调控机制,可改变氨基酸序列、影响可变剪接、导致内含子滞留、影响RNA稳定性等,为解释诸多复杂生命过程提供了一种方向。与人和鼠相比,对猪中RNA编辑的认识仍十分有限。本研究基于高通量测序技术对猪7种组织中的RNA编辑位点进行鉴定,同时在背膘厚高低组间筛选差异RNA编辑位点,并对RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2进行cDNA全长序列克隆。主要研究内容如下:1、猪7种组织RNA编辑位点鉴定与分析利用RES-Scanner基于链特异性转录组测序和基因组重测序数据检测3头猪大脑、心脏、背部脂肪、肝脏、肺、背最长肌和卵巢中的RNA编辑位点。共检测到74863个非冗余RNA编辑位点,其中92.1%为A-to-G编辑,主要分布于非编码区。在CDS区中共检测到151个A-to-G编辑位点,其中94个可导致氨基酸改变。97.4%的A-to-G位点位于重复序列中,其中88.6%位于PRE-1中。相关性分析发现RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2的表达量与A-to-G编辑位点的数量及总编辑水平存在显著正相关（P<0.05）。脑组织中RNA编辑位点最多,肌肉组织中最少。对...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：147 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
A-to-IRNA编辑示意图（Lorenzinietal.,2018）
14图 2.1 测序方案Fig 2.1 Experimental design for sequencing1.2.3 链特异性 RNA-seq利用上述提取的各样品 RNA，分别构建 21 个链特异性 RNA-seq 文库（图 2.2）。建库
图 2.2 链特异性 RNA-seq 文库构建引自 NEB 官网（https://international.neb.com）Fig. 2.2 Strand-specific RNA sequencing library preparationCiting from New England Biolabs(NEB) official website(https://international.neb.com)
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组测序的发展和应用[J]. 王楚彪,卢万鸿,林彦,罗建中. 桉树科技. 2018(04)
[2]Kiss和CDK7基因在胃癌中的表达及临床意义[J]. 杨安,焦丽玮,王凤娇,秦志山,王亚明,刘平. 山西医科大学学报. 2018(11)
[3]KDM2B基因克隆及其在牦牛组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究[J]. 蔡雯祎,熊显荣,陈通,杨显英,韩杰,阿果约达,李键. 畜牧兽医学报. 2018(03)
[4]肉鸡腹脂双向选择系中RNA编辑位点的鉴定研究[J]. 梁浩,李敏,董翔宇,李辉,杜志强. 畜牧兽医学报. 2017(09)
[5]鸡源ADAR2基因克隆及其抗新城疫病毒作用研究[J]. 张耀丹,汪伟,李继红,刘开春,孟春春,孙英杰,谭磊,宋翠萍,廖瑛,仇旭升,丁铲. 中国动物传染病学报. 2017(02)
[6]基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释[J]. 李小金,钱坤,刘林清,王重龙,周杰. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(06)
[7]基于RNA-seq测序数据鉴定和分析猪基因组可变剪接事件[J]. 冉茂良,陈斌,李智,董莲花,贺长青,柳小春. 中国科学:生命科学. 2016(03)
[8]单分子实时测序技术的原理与应用[J]. 柳延虎,王璐,于黎. 遗传. 2015(03)
[9]Alu元件研究进展[J]. 汤丽梦,浦汪洋,肖莉,李凯,郭紫芬. 生物技术世界. 2014(08)
[10]猪是研究肥胖及代谢综合征的理想模型[J]. 章杰. 养猪. 2014(03)
博士论文
[1]猪12号染色体上增加肌内脂肪含量的因果基因及其因果突变的鉴别与作用机理研究[D]. 熊信威.江西农业大学 2017
[2]鸡腹脂沉积相关基因和miRNA筛选及BNP基因的功能鉴定[D]. 黄华云.中国农业科学院 2014
[3]RasGRP3和Ca2+调控TLRs触发的天然免疫应答及其机制研究[D]. 唐松青.浙江大学 2014
[4]Gabra-3基因A至ⅠRNA编辑位点的鉴定及其分子机制的研究[D]. 田男.浙江大学 2010
硕士论文
[1]基于大规模高通量RNA-seq数据对大鼠RNA编辑事件的全面探究[D]. 汪浩.华东师范大学 2016
[2]猪Dppa5, FP和MAL2基因遗传多态性与繁殖性状的关联分析[D]. 李稳.中国农业科学院 2011
本文编号：3564907
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：147 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
A-to-IRNA编辑示意图（Lorenzinietal.,2018）
14图 2.1 测序方案Fig 2.1 Experimental design for sequencing1.2.3 链特异性 RNA-seq利用上述提取的各样品 RNA，分别构建 21 个链特异性 RNA-seq 文库（图 2.2）。建库
图 2.2 链特异性 RNA-seq 文库构建引自 NEB 官网（https://international.neb.com）Fig. 2.2 Strand-specific RNA sequencing library preparationCiting from New England Biolabs(NEB) official website(https://international.neb.com)
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组测序的发展和应用[J]. 王楚彪,卢万鸿,林彦,罗建中. 桉树科技. 2018(04)
[2]Kiss和CDK7基因在胃癌中的表达及临床意义[J]. 杨安,焦丽玮,王凤娇,秦志山,王亚明,刘平. 山西医科大学学报. 2018(11)
[3]KDM2B基因克隆及其在牦牛组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究[J]. 蔡雯祎,熊显荣,陈通,杨显英,韩杰,阿果约达,李键. 畜牧兽医学报. 2018(03)
[4]肉鸡腹脂双向选择系中RNA编辑位点的鉴定研究[J]. 梁浩,李敏,董翔宇,李辉,杜志强. 畜牧兽医学报. 2017(09)
[5]鸡源ADAR2基因克隆及其抗新城疫病毒作用研究[J]. 张耀丹,汪伟,李继红,刘开春,孟春春,孙英杰,谭磊,宋翠萍,廖瑛,仇旭升,丁铲. 中国动物传染病学报. 2017(02)
[6]基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释[J]. 李小金,钱坤,刘林清,王重龙,周杰. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(06)
[7]基于RNA-seq测序数据鉴定和分析猪基因组可变剪接事件[J]. 冉茂良,陈斌,李智,董莲花,贺长青,柳小春. 中国科学:生命科学. 2016(03)
[8]单分子实时测序技术的原理与应用[J]. 柳延虎,王璐,于黎. 遗传. 2015(03)
[9]Alu元件研究进展[J]. 汤丽梦,浦汪洋,肖莉,李凯,郭紫芬. 生物技术世界. 2014(08)
[10]猪是研究肥胖及代谢综合征的理想模型[J]. 章杰. 养猪. 2014(03)
博士论文
[1]猪12号染色体上增加肌内脂肪含量的因果基因及其因果突变的鉴别与作用机理研究[D]. 熊信威.江西农业大学 2017
[2]鸡腹脂沉积相关基因和miRNA筛选及BNP基因的功能鉴定[D]. 黄华云.中国农业科学院 2014
[3]RasGRP3和Ca2+调控TLRs触发的天然免疫应答及其机制研究[D]. 唐松青.浙江大学 2014
[4]Gabra-3基因A至ⅠRNA编辑位点的鉴定及其分子机制的研究[D]. 田男.浙江大学 2010
硕士论文
[1]基于大规模高通量RNA-seq数据对大鼠RNA编辑事件的全面探究[D]. 汪浩.华东师范大学 2016
[2]猪Dppa5, FP和MAL2基因遗传多态性与繁殖性状的关联分析[D]. 李稳.中国农业科学院 2011
本文编号：3564907
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3564907.html
最近更新
教材专著
