金茅黑鸡A系胸肌转录组特征及对重要肉用性状的影响

发布时间：2022-01-09 00:18

　　生长、屠宰及肉品质性状是肉鸡产业重点关注的性状,生长速度、产肉性能及肉品质直接影响产业的经济效益。随着科技的飞速发展,传统育种方法与现代生物技术相结合,将大大缩短育种周期,这也成为当前育种工作的重点。目前关于肉鸡生长发育规律和经济性状遗传机理的研究越来越多,研究的成果正逐步解析这些性状形成的分子奥秘。因此,针对鸡复杂的性状选择合适的研究方法成为科研工作者突破创新必经之路。RNA-seq技术在转录组学研究方面,具有高效快捷、精确度高、技术成本相对较低的优点,可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行全局性检测,它不仅能够分析转录本结构和表达模式,而且还能精确识别cSNP（编码序列单核苷酸多态性）以及可变剪接位点,因此,被认为是研究复杂性状最有效的工具之一。本研究以金茅黑鸡（A系）为试验动物,在生长期采取2周龄、6周龄、10周龄（接近生长拐点）和14周龄（上市日龄）胸肌样本,利用RNA-seq测序和基因共表达研究方法,探索金茅黑鸡生长过程中全基因组范围内基因表达的变化情况,筛选出不同生长阶段特异性基因;在14周龄对金茅黑鸡进行群体屠宰,采取胸肌组织,测定体重、屠宰性状和肉品质性状并进行转录组关... 

【文章来源】：扬州大学江苏省

【文章页数】：102 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图２－８各样品ＦＰＫＭ密度分布对比图??

终采用ＦＤＲ作为差异表达基因筛选的关键指标。火山图（Ｖｏｌｃａｎｏ?Ｐｌｏｔ）可以快速地查看基??因在两个（组）样品中表达水平的差异，以及差异的统计学显著性。４组两两比较形成的表??达火山图（图２－９）。??Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ?Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ?Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ??１?＾?Ｉ?ｒｎ?１?＿??Ｉ?－?Ｉ?－?｜?＝??？?－?．．??ｌ°ｇ２，ＦＣ，?呦阢丨?Ｉ０Ｑ２，ＦＣ）??Ｗ２＿ｖｓ＿Ｗ６?Ｗ２＿ｖｓ＿ＷＩ（）?Ｗ２?ｖｓ?ＷＩ４??Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ?Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ?Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ??？?ｉｔｑｎｉｔＫｍ?５?Ｓ＜〇ｍｎｃａｎｉ?ｇ?Ｓｔ〇ｎＨｔＭ〇ｉ??ｓ?ｆｔＬＳｉ?５?＾?ｓ??＾?＾?ＴｆｔＵＣ?ａ?ＴＢｕｔ??ｉ〇〇２｜ＦＣ｜?ｌ〇８２｜ＦＣ）?ｌ〇〇２（ＦＣ）??Ｗ６?＿ｖｓ＿ＷＩ０?Ｗ６＿ｖｓ＿ＷＩ４?ＷＩＯ?ｖｓ?ＷＩ４??图２－９差异表迗基因的火山图??Ｆｉｇ．２－９?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ?ｏｆ?ｖｏｌｃａｎｉｃ??

ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ，ＧＳ）和模块成员（ＭＭ）值之间的相关性，我们鉴定金茅黑鸡胸肌生长发育过程??中的阶段特异性模块，计算了每个模块中所有基因的基因显著性（ＧＳ）和模块关系值??图２－１１）。ＧＳ定义为基因与生长阶段之间的相关性的绝对值，ＭＭ值则定义为模块??基因表达模式第一主成分与基因表达模式之间的相关性。如果模块中基因ＧＳ值与ＭＭ值??之间高度相关（Ｐ＜〇．〇５），则说明基因与性状显著相关，或者说这些基因可能为阶段特异性??模块中的重要因子。此外，我们以ＭＥ值代表每个模块中基因的表达水平，来计算每个模??块表达水平与不同生长阶段之间的相关性（图２－１２）。本研究中具有高度相关的ＧＳ和ＭＭ??值（Ｐ值＜０．０５）和ｃｏｒ（相关系数）＞０．８的的模块被确定为不同生长阶段特定模块［９４１。ＧＳ＞０．２??和ＭＭ＞０．８的基因在相应模块中被鉴定为枢纽基因。最终，共鉴定出４个阶段特异型模??块，每个生长阶段（Ｗ２，Ｗ６，Ｗ１０，Ｗ１４）鉴定出一个最显著的模块，分别为粉色（Ｗ２）、??

【参考文献】：
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本文编号：3577557