肥尾和瘦尾羊全基因组选择信号检测

发布时间：2020-06-28 21:01

【摘要】：选择信号是生物在人工或自然选择过程中,由于选择作用在基因组上留下的选择印迹,通常情况下表现为染色体长范围的连锁不平衡或者遗传多态性的降低。为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘与不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因。本研究基于蒙古羊(短脂尾)和藏羊(瘦尾)群体的Illumina Ovine SNP 50K芯片分型数据,借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因,并对其中与脂肪代谢相关的基因PPARG、PDGFD在呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系;肥尾)与藏羊(瘦尾)尾脂进行m RNA相对表达量研究。结果如下:(1)465个SNPs受选择,通过基因注释找到448个候选基因,GO功能富集分析表明这些基因主要富集在发育过程、细胞形态建成、大分子分解代谢等条目;并在这些候选基因中筛选出50个与脂类代谢相关的基因,GO功能富集分析发现这些基因主要富集在脂类生物合成过程、磷脂代谢、脂质结合等条目,此外发现4个基因(PPARG、RXRG、SLC27A2和ACSL6)富集到PPAR信号通路。PPARG和PDGFD作为候选基因参与了脂肪代谢过程,可能与尾脂形成有重要关系。(2)对脂肪代谢合成相关重点候选基因PPARG和PDGFD进行尾脂组织相对表达量研究表明:肥瘦尾之间,呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系)PPARG和PDGFD基因表达量均显著高于藏羊(P0.01),而大小肥尾之间,呼伦贝尔羊大尾品系PPARG基因表达量显著高于小尾品系(P0.05),PDGFD基因表达量则无明显差异。本研究采用FST法有效检测到受选择的基因,其中部分基因与绵羊重要性状相关,并通过相对定量实验证明PPARG和PDGFD基因与尾部脂肪沉积密切相关,可以作为尾型选育的候选基因,为绵羊育种及改良提供重要有益参考。
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S826;Q78

【引证文献】