SP600125诱导的鲫同源四倍体细胞系转录组学分析
发布时间：2021-03-08 09:41
通过高通量转录组测序技术,比较研究SP600125诱导鲫同源四倍体细胞（SP4n）与鲫二倍体细胞（2n）以及鲫鲤四倍体细胞（JL4n）在转录组水平的表达特征,进一步掌握SP600125对细胞的生物学影响,为深入探讨SP600125的生物学作用及应用提供理论依据。主要研究结果如下:1.SP4n细胞与2n细胞的比较转录组学分析。SP4n细胞比对2n细胞的转录组数据,获得663个差异表达基因,其中显著上调基因255个（38.46%）,显著下调基因408个（61.54%）;GO和KEGG数据库差异富集分析显示,SP4n细胞比对2n细胞的差异表达基因主要与细胞黏附迁移、钙离子调控、能量代谢等密切相关;同时转录组数据及qRT-PCR检验结果均表明,SP4n细胞与2n细胞在主要细胞周期调控相关基因的mRNA表达水平上并无显著差异。2.SP4n细胞与JL4n细胞的比较转录组学分析SP4n细胞比对JL4n细胞的转录组数据,共获得35599个差异表达基因,其中显著上调基因30449个（85.53%）,显著下调的为5150个（14.47%）;KEGG差异富集分析及qRT-PCR结果显示,SP4n细胞与JL4...
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组测序的实验流程
SP600125诱导的鲫同源四倍体细胞系转录组学分析15图2-2拼接SP4nUnigene的长度分布图Figure2-2LengthDistributionofSP4nAll-Unigene在五个数据库中共计Blast注释到的Unigenes有77402个，其中注释比对率最高的为NR数据库中，注释到51751个占总比的66.86%，有44271个注释到SwissProt数据库，占比57.20%，注释率第三的为KEGG数据库（35585，占比45.97%），GO数据库（34101，占比44.06%）略低于KEGG数据库，在KOG数据库中比对率最低，仅占18.39%，具体情况如表2-4：表2-4SP4nUnigene功能注释结果Table2-4TheresultsofSP4nunigenefunctionannotationAnnotateddatabaseAnnotatednumberAnnotatedratioNR5175166.86%KEGG35,58545.97%Swissprot44,27157.20%KOG14,23418.39%GO34,10144.06%AllannotatedUnigenes77402利用GeneOntology（GO）数据库分类功能注释对SP4n转录本进行基因功能分析，可统一的限定和描述样本中基因及蛋白功能的属性。GO总共有三个分类，生物过程BP、细胞组分CC及分子功能MF，我们根据已得到的NR注释信息，使用blast2go软件比对得到unigene的GO注释信息。
硕士学位论文16从注释结果图2-3来看，16671个unigene被分成了64个亚类且又分别聚类到了三个大类。Unigene（包括重复）分别为BP(64233)、CC（20150）、MF（36673）在参与的生物过程这一类中共有25个亚类，unigene数目达1667（10%）以上的就有12个，其中cellularprocess（10684，64.09%）、single-organismprocess（9549,57.28%）和metabolicprocess（8837,53.01%）三个聚类最多。而聚类最少的三个process为biologicalphase（11,0.07%）、cellkilling（13,0.08%）和hormonesecretion（27,0.16%）。在细胞组分大类里面有20个亚类，7个亚类unigene数目超过1667（10%），聚类最多的三个为cell（7600,45.59%）和cellpart（7600,45.59%）以及organelle（5176,31.05%），聚类最少的三个亚类分别是symplast（4,0.02%）、nucleoid（15,0.09%）和extracellularmatrixpart（30,0.18%）。而分子功能大类包括了19个亚类，unigene数目超过1667（10%）的仅有2个亚类分别是binding（9191,55.13%）和catalyticactivity（6282,37.68%），聚类最少的三个亚类（nutrientreservoiractivity，proteintag，metallochaperoneactivity）均只有一个unigene。图2-3SP4nUnigenesGO功能注释Figure2-3SP4nGOannotationofUnigenesKOG是一个真核生物蛋白相邻类的聚簇据库。如图2-4共计匹配到的seq有15060条。[T]信号转导机制和[R]一般功能预测，是富集最多的两类Unigene数目分别为2301，1482。最少的两类为[Y]核结构和[N]细胞运动性，分别包括46，12个Unigene。
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国肿瘤健康教育现状与对策分析[J]. 万绍平,易芳,王青青,李雪纯. 肿瘤预防与治疗. 2019(11)
[2]异丙酚对人肾小管上皮细胞缺氧复氧损伤的保护作用[J]. 曹红,肖业达,汪华新,江慧萍,汪超,姚华,夏建国. 中国临床药理学杂志. 2019(21)
[3]JNK酶活性下调对人前列腺癌、肝细胞癌和乳腺癌细胞生长的抑制作用[J]. 岳圆,徐瀛濂,王晶晶,孙敏英,张泽南,赵馨越,李宗璞,台桂香. 吉林大学学报(医学版). 2019(05)
[4]间歇浸没法和浸泡法诱导木薯多倍体[J]. 符芳宁,黄俞铭,李良香,冯斗. 江苏农业科学. 2019(16)
[5]骨形态发生蛋白9对人牙周膜干细胞增殖分化及信号通路的影响[J]. 朱虹倩. 中国临床药理学杂志. 2019(16)
[6]秋水仙素对马铃薯多倍体诱导的初步研究[J]. 刘磊. 农业科技通讯. 2019(03)
[7]肿瘤生殖学概述[J]. 马丁. 中国实用妇科与产科杂志. 2018(12)
[8]JNK/FOXO3信号通路介导黄连素促人肺腺癌PC-9细胞凋亡的研究[J]. 刘红岗,赖远阳,朱以芳,同李平,董小平,许娟,张勇,郭海华,李小飞,闫小龙. 中国肿瘤临床. 2017(17)
[9]非整倍体与肿瘤细胞致瘤性关系的初步研究[J]. 康燕燕,徐阳. 中国癌症杂志. 2017(02)
[10]丁苯酞对帕金森病细胞模型JNK通路死亡受体途径相关凋亡因子的影响[J]. 陈娟,吴庆文,贾玉凤,程月发,王小伟,郭瑞玉. 医药导报. 2017(02)
博士论文
[1]SP600125诱导鱼类细胞多倍化的分子机制研究[D]. 莫艳秀.湖南师范大学 2019
[2]Hippo信号通路调控肝细胞多倍体和肿瘤发生的机理研究[D]. 张世浩.厦门大学 2017
[3]松萝酸通过ROS诱导乳腺癌细胞凋亡机制的实验研究[D]. 左舒婷.吉林大学 2016
[4]Smad4对胆管癌细胞的双相调控作用[D]. 林有智.华中科技大学 2013
[5]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）细胞培养及细胞系建立研究[D]. 郑媛.中国海洋大学 2012
硕士论文
[1]单独或联合应用柴胡皂苷D和JNK抑制剂SP600125对人骨肉瘤U-20S细胞的影响[D]. 高天.南昌大学 2019
[2]多倍体肿瘤细胞促进食管鳞状细胞癌恶性表型的分子机制研究[D]. 于娟.济宁医学院 2019
[3]Jaspine B衍生物ZE-2抑制胃癌细胞增殖作用机制的研究[D]. 班倩红.郑州大学 2019
[4]蓝萼乙素通过JNK和p38 MAPK通路诱导人宫颈癌细胞凋亡和细胞周期阻滞[D]. 刘莹莹.新乡医学院 2019
[5]前列腺素E1治疗糖尿病肾病新机制—抗肾小管细胞凋亡及其通路研究[D]. 张亚芹.山东大学 2018
[6]2005-2009年我国恶性肿瘤疾病负担研究[D]. 张学飞.石河子大学 2016
[7]中国前列腺癌发病及死亡现状和流行趋势分析[D]. 韩苏军.北京协和医学院 2015
[8]2006～2010年某市恶性肿瘤发病和死亡监测状况分析[D]. 李秋月.浙江大学 2013
[9]基于JNK信号转导通路研究环维黄杨星D的肾毒性机制[D]. 何苗.南京中医药大学 2013
[10]JNK信号转导通路在去甲斑蝥素诱导肝癌细胞凋亡中的作用[D]. 蔡慧芸.河北医科大学 2013
本文编号：3070841
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组测序的实验流程
SP600125诱导的鲫同源四倍体细胞系转录组学分析15图2-2拼接SP4nUnigene的长度分布图Figure2-2LengthDistributionofSP4nAll-Unigene在五个数据库中共计Blast注释到的Unigenes有77402个，其中注释比对率最高的为NR数据库中，注释到51751个占总比的66.86%，有44271个注释到SwissProt数据库，占比57.20%，注释率第三的为KEGG数据库（35585，占比45.97%），GO数据库（34101，占比44.06%）略低于KEGG数据库，在KOG数据库中比对率最低，仅占18.39%，具体情况如表2-4：表2-4SP4nUnigene功能注释结果Table2-4TheresultsofSP4nunigenefunctionannotationAnnotateddatabaseAnnotatednumberAnnotatedratioNR5175166.86%KEGG35,58545.97%Swissprot44,27157.20%KOG14,23418.39%GO34,10144.06%AllannotatedUnigenes77402利用GeneOntology（GO）数据库分类功能注释对SP4n转录本进行基因功能分析，可统一的限定和描述样本中基因及蛋白功能的属性。GO总共有三个分类，生物过程BP、细胞组分CC及分子功能MF，我们根据已得到的NR注释信息，使用blast2go软件比对得到unigene的GO注释信息。
硕士学位论文16从注释结果图2-3来看，16671个unigene被分成了64个亚类且又分别聚类到了三个大类。Unigene（包括重复）分别为BP(64233)、CC（20150）、MF（36673）在参与的生物过程这一类中共有25个亚类，unigene数目达1667（10%）以上的就有12个，其中cellularprocess（10684，64.09%）、single-organismprocess（9549,57.28%）和metabolicprocess（8837,53.01%）三个聚类最多。而聚类最少的三个process为biologicalphase（11,0.07%）、cellkilling（13,0.08%）和hormonesecretion（27,0.16%）。在细胞组分大类里面有20个亚类，7个亚类unigene数目超过1667（10%），聚类最多的三个为cell（7600,45.59%）和cellpart（7600,45.59%）以及organelle（5176,31.05%），聚类最少的三个亚类分别是symplast（4,0.02%）、nucleoid（15,0.09%）和extracellularmatrixpart（30,0.18%）。而分子功能大类包括了19个亚类，unigene数目超过1667（10%）的仅有2个亚类分别是binding（9191,55.13%）和catalyticactivity（6282,37.68%），聚类最少的三个亚类（nutrientreservoiractivity，proteintag，metallochaperoneactivity）均只有一个unigene。图2-3SP4nUnigenesGO功能注释Figure2-3SP4nGOannotationofUnigenesKOG是一个真核生物蛋白相邻类的聚簇据库。如图2-4共计匹配到的seq有15060条。[T]信号转导机制和[R]一般功能预测，是富集最多的两类Unigene数目分别为2301，1482。最少的两类为[Y]核结构和[N]细胞运动性，分别包括46，12个Unigene。
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国肿瘤健康教育现状与对策分析[J]. 万绍平,易芳,王青青,李雪纯. 肿瘤预防与治疗. 2019(11)
[2]异丙酚对人肾小管上皮细胞缺氧复氧损伤的保护作用[J]. 曹红,肖业达,汪华新,江慧萍,汪超,姚华,夏建国. 中国临床药理学杂志. 2019(21)
[3]JNK酶活性下调对人前列腺癌、肝细胞癌和乳腺癌细胞生长的抑制作用[J]. 岳圆,徐瀛濂,王晶晶,孙敏英,张泽南,赵馨越,李宗璞,台桂香. 吉林大学学报(医学版). 2019(05)
[4]间歇浸没法和浸泡法诱导木薯多倍体[J]. 符芳宁,黄俞铭,李良香,冯斗. 江苏农业科学. 2019(16)
[5]骨形态发生蛋白9对人牙周膜干细胞增殖分化及信号通路的影响[J]. 朱虹倩. 中国临床药理学杂志. 2019(16)
[6]秋水仙素对马铃薯多倍体诱导的初步研究[J]. 刘磊. 农业科技通讯. 2019(03)
[7]肿瘤生殖学概述[J]. 马丁. 中国实用妇科与产科杂志. 2018(12)
[8]JNK/FOXO3信号通路介导黄连素促人肺腺癌PC-9细胞凋亡的研究[J]. 刘红岗,赖远阳,朱以芳,同李平,董小平,许娟,张勇,郭海华,李小飞,闫小龙. 中国肿瘤临床. 2017(17)
[9]非整倍体与肿瘤细胞致瘤性关系的初步研究[J]. 康燕燕,徐阳. 中国癌症杂志. 2017(02)
[10]丁苯酞对帕金森病细胞模型JNK通路死亡受体途径相关凋亡因子的影响[J]. 陈娟,吴庆文,贾玉凤,程月发,王小伟,郭瑞玉. 医药导报. 2017(02)
博士论文
[1]SP600125诱导鱼类细胞多倍化的分子机制研究[D]. 莫艳秀.湖南师范大学 2019
[2]Hippo信号通路调控肝细胞多倍体和肿瘤发生的机理研究[D]. 张世浩.厦门大学 2017
[3]松萝酸通过ROS诱导乳腺癌细胞凋亡机制的实验研究[D]. 左舒婷.吉林大学 2016
[4]Smad4对胆管癌细胞的双相调控作用[D]. 林有智.华中科技大学 2013
[5]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）细胞培养及细胞系建立研究[D]. 郑媛.中国海洋大学 2012
硕士论文
[1]单独或联合应用柴胡皂苷D和JNK抑制剂SP600125对人骨肉瘤U-20S细胞的影响[D]. 高天.南昌大学 2019
[2]多倍体肿瘤细胞促进食管鳞状细胞癌恶性表型的分子机制研究[D]. 于娟.济宁医学院 2019
[3]Jaspine B衍生物ZE-2抑制胃癌细胞增殖作用机制的研究[D]. 班倩红.郑州大学 2019
[4]蓝萼乙素通过JNK和p38 MAPK通路诱导人宫颈癌细胞凋亡和细胞周期阻滞[D]. 刘莹莹.新乡医学院 2019
[5]前列腺素E1治疗糖尿病肾病新机制—抗肾小管细胞凋亡及其通路研究[D]. 张亚芹.山东大学 2018
[6]2005-2009年我国恶性肿瘤疾病负担研究[D]. 张学飞.石河子大学 2016
[7]中国前列腺癌发病及死亡现状和流行趋势分析[D]. 韩苏军.北京协和医学院 2015
[8]2006～2010年某市恶性肿瘤发病和死亡监测状况分析[D]. 李秋月.浙江大学 2013
[9]基于JNK信号转导通路研究环维黄杨星D的肾毒性机制[D]. 何苗.南京中医药大学 2013
[10]JNK信号转导通路在去甲斑蝥素诱导肝癌细胞凋亡中的作用[D]. 蔡慧芸.河北医科大学 2013
本文编号：3070841
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