结肠腺癌代谢特征的转录组学分析

发布时间：2025-02-05 14:24

　　研究目的结肠腺癌(Colon Adenocarcinoma,COAD)是结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)中最常见的病理类型,早期诊断、及时干预以提高COAD患者的生存率是临床面临的一个挑战。代谢改变是癌症的特征之一。本研究通过生物信息学方法,基于公共数据库中COAD患者转录组学数据和代谢相关基因,构建代谢相关ce RNA调控网络和预后模型,以期找到对COAD发生、发展和预后有影响的潜在生物标志物和相关的作用机制,发现COAD代谢相关的转录组特征。研究方法从TCGA数据库和GEO数据库中下载COAD的转录组数据,根据来自MSig DB数据库的代谢基因,通过差异分析获得与COAD相关的差异代谢基因,并通过基因功能富集分析和蛋白互作网络获取核心基因。从TCGA数据库中获取COAD的lnc RNA和mi RNA数据,分别进行差异分析后,结合前述所得差异代谢基因,通过mi Rcode、star Base、mi RDB、mi RTar Base、Target Scan等数据库获取差异lnc RNA和差异mi RNA关系对、差异mi RNA和差异代谢基因关系对,并通过cytosc...

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1-1研究路线图

山西医科大学硕士学位论文9在第四章中，采用单因素Cox回归分析、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）Cox回归分析和多因素Cox回归分析，筛选预后代谢基因、构建代谢预后模型。根据K-M生存分析、风险评分与生存状态分布关系分析、独立预后分析、受试者工作特征曲线下面积（AUROC）以....

图2-1代谢基因表达矩阵（部分）

山西医科大学硕士学位论文1mRNA表达矩阵后，用于后续分析。在GEO数据库中进行检索和筛选，最终确定GSE39582数据集进行后续分析。该数据集使用GPL570平台，来源于法国国家癌症联盟的CIT计划，于2012年7月23日首次提交，最近更新日期为2021年6月18日。该数据集包....

图2-2差异代谢基因的分布情况

山西医科大学硕士学位论文1正后P＜0.05为条件，筛选得到71个差异表达的代谢基因，包括28个上调基因和43个下调基因（图2-2）。图2-2差异代谢基因的分布情况2.2.3结肠腺癌差异代谢基因的功能富集分析利用clusterProfiler软件包对差异代谢基因进行功能富集分析，筛....

图2-3差异代谢基因富集数目最多的前10个BP、CC和MF条目

山西医科大学硕士学位论文1图2-3差异代谢基因富集数目最多的前10个BP、CC和MF条目图2-4按代谢基因富集数目排名前30的KEGG信号通路2.2.4差异代谢基因的蛋白互作网络构建及核心基因筛选利用STRING数据库对71个差异代谢基因构建蛋白互作网络，以可信度＞0.4为阈值，....

本文编号：4029974